【2025年最新】おすすめ請求書発行システム20選｜費用相場・人気シェア・タイプ別選定ポイント

1,756人に調査！ボクシル独自アンケートからわかった、請求書発行システムの費用相場・人気シェアを紹介します。

請求書・見積書・納品書などの書類作成、まだエクセルでおこなっていますか？
書類をいちいちエクセルで作成し、印刷し、発送するのはかなりの手間です。せっかく印刷したのに日付や金額を間違えて、「あーやり直し！」なんてイライラすることも多いのではないでしょうか？

そこで今注目されているのが「請求書発行システム」。書類の作成〜発送までオンラインで行うことで、業務効率化やコスト削減など多くのメリットを受けられます。

「SaaS導入推進者が選ぶサイト第1位」のボクシルが、おすすめ請求書発行システム20選を厳選しました。さらに各システムの機能・料金をまとめた『比較表』もご用意。請求書発行システムをお探しの方は、『比較表』を使って自社に合うシステムを探してみましょう。

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請求書発行システムとは？

請求書発行システムとは、オンライン上で請求書などの書類を作成し、そのまま相手に送付できるシステムです。

必要な情報を入力すれば、見積書・請求書・納品書など求める形式で書類を作成し、さらにその書類を相手に送付するところまで自動化します。

専用のページからダウンロードしてもらったり、メールに添付して送ったり、印刷して郵送したり、相手の意向に合わせて送付の方法を選べるシステムが多いです。

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請求書発行システムの機能

請求書発行システムの主な機能は、請求書作成と請求書送付です。そのほか前後の業務として与信管理や入金消込などがあります。また、請求書発行に関連して請求書受領や案件管理をセットとしたサービスもあります。

請求書発行システムのメリット

請求書発行システムを導入して得られるメリットは次のとおりです。

大量の請求書作成や送付にかかる工数が減る
紙の送付にかかっていた郵送費が削減される
会計ソフトをはじめとしたシステムと連携して転記ミスを減らせる
インボイス制度や電子帳簿保存法といった法律への対応が楽になる
リモートワークでも業務を進められる

請求書の作成および発行が電子化され、コストや負担を減らすことができるでしょう。

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請求書発行システムの費用相場

請求書発行システムの費用相場は、請求書作成100通と仮定した場合に月額0円～5,980円程度です。請求書発行システムを利用する際には、基本的に月額料金が発生します。
サービスによっては初期費用がかかり、100,000円～300,000円程度が相場です。

さらに、請求書の郵送により別途料金が発生する場合もあります。ニーズに合わせて複数のプランから選べたり、オリジナルの料金プランを提案してくれたりすることがあるため、興味のあるサービスは資料請求や問い合わせしてみましょう。

費用項目	相場（請求書の作成が100通の場合）
初期費用	100,000円～300,000円
月額利用料	0円～5,980円

※費用相場は本記事に掲載しているサービスの料金を参考にしています。

請求書発行システムの料金は、請求書の発行数や機能の充実度、サポートの種類に応じて変動します。とくに、カスタマイズしたシステムを導入する場合は、初期費用や月額料金が高くなりがちです。

また、会計システムや販売管理システムなどの別システムとも連携したい場合にも、追加で費用が発生するケースがあります。

請求書発行システムのシェアTOP7

請求書発行システムの導入に携わった1,756人を対象にBOXILが独自アンケート^※1を実施し、導入した請求書発行システムを尋ねました。

上位を占める請求書発行システムは、インボイス制度への完全対応と業務効率化を両立させる機能を備えており、バックオフィス業務の大幅な効率化に貢献しています。楽楽明細は使いやすいインターフェースと柔軟なカスタマイズ性で高い評価を得ており、大量の請求書処理が必要な企業から小規模事業者まで幅広いニーズに応えられる汎用性の高さが人気の理由です。マネーフォワードの各サービスは会計システムとの連携性に優れ、会計業務全体の効率化を実現しています。

※調査概要：インターネット調査にて請求書発行システムの導入に携わった全国20〜60代の1,756人へ実施。本調査の期間は2025年3月18日〜20日。本アンケート結果は小数点以下任意の桁を四捨五入しており、合計が100%にならない場合がある

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請求書発行システムのタイプ

請求書発行システムのタイプは、対応する機能に応じておおまかに次の5タイプに分かれます。

※1 濃い緑が主に搭載されているサービス、緑が搭載されていることがあるサービス、灰色が搭載されていないサービスです
※2 各タイプに搭載している機能は目安です。個別のサービスによっては搭載しているケース、同社関連サービスにて提供されている場合があります

作成と発行タイプ（個人事業主〜中小企業）

個人事業主や中小企業向けの請求書発行システムは、シンプルな操作性と低コストが特徴です。基本的な請求書作成機能に加え、テンプレートや自動計算機能を備え、短時間での請求書発行を可能にします。MakeLeapsやMisocaなどがこのタイプで、フリーランス含め小規模なビジネスに適したサービスです。

作成と発行タイプ（中小企業〜大企業）

中小企業から大企業向けのシステムは、請求書作成だけでなく、複雑なワークフローや複数ユーザーの管理機能を提供します。会計ソフトやERPとの統合が可能で、規模の大きい企業にも対応できる柔軟性が強みです。マネーフォワードクラウド請求書や楽楽明細が該当します。

請求書受領つきタイプ

請求書受領つきのタイプは、請求書発行のみならず請求書受領にも対応してくれるサービスです。OCRで文字起こしできるINVOY、請求書以外の電子帳票にも強いinvoiceAgentなど、傾向が異なるのも特徴です。

配信に強いタイプ

配信に強いタイプはPDFやCSVにてアップロードしたデータをもとに、セキュアな環境にてファイル送信が可能なサービスです。規定の請求書があり配信のみ効率化したい場合、件数が多い・容量が大きい場合などに有効です。

請求代行システム

請求代行システムは、請求業務を外部に委託するサービスです。請求書の発行から送付、入金確認までを一括して代行し、管理コストを削減してくれます。また、与信管理まで対応してくれるサービスが多いため、業務量が多い企業で特に役立ちます。

販売管理システム

販売管理システムは、請求書の作成だけでなく、案件管理や受発注管理など幅広い業務をカバーします。そのため販売プロセス全体の効率化が可能です。在庫を有する企業はもちろん、プロジェクト型のビジネスのような在庫がない企業に適したサービスもあります。

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請求書発行システムの選び方

請求書発行システムの選ぶ際は、次の流れで比較しましょう。

請求書発行システムの導入目的を確認する

請求書発行システムの導入を検討する際は、まず導入目的を明確にしましょう。主な導入目的は次のとおりです。

導入目的	詳細
請求書の発行だけでなく、会計ソフトへの反映をはじめ請求にかかわる業務全般を効率化したい	入金消込や仕訳データ作成といった周辺業務も効率化できる請求書発行システムがおすすめ
大量の請求書をスピーディーに発行および送付したい	数百件、数千件もの請求書を一括で発行・送付できる請求書発行システムがおすすめ
必要な機能を安く利用したい	初期費用やランニングコストを抑えられる請求書発行システムがおすすめ
内部統制やコンプライアンスを強化したい	セキュリティ対策が盤石で、法改正への対応も早い請求書発行システムがおすすめ

請求書発行システムの機能を確認する

請求書発行システムでできること、利用できる機能は次のとおりです。上記の導入目的・課題をどのように解決できるか記載しているため、必要な機能を洗い出しましょう。

【基本的な機能】

機能	詳細
請求書の自動作成	顧客情報、取引の詳細、金額などを入力するだけで、システムが自動でプロフェッショナルな請求書を生成する機能
電子メールによる請求書送付	作成された請求書を電子メールで簡単に送信できる機能
請求書のステータス管理	請求書の作成、送付、支払い状況を追跡し、管理する機能
データインポート	会計ソフトや販売管理システムからのデータをインポートし、請求書作成に利用する機能
複数形式への変換	請求書をPDFやExcelなど、異なるフォーマットに変換する機能

【特定の課題・用途・業界に特化した機能】

機能	詳細
郵送代行サービス	電子請求書の印刷と郵送を代行するサービス
モバイルアクセス	スマートフォンやタブレットからでも請求書を作成、送付できる機能
多言語対応	異なる言語で請求書を作成し、国際取引に対応する機能
API連携	他のビジネスツールやシステムとのデータ連携を可能にするAPIの提供
カスタマイズ可能なテンプレート	ブランドや業界の特性に合わせた請求書テンプレートのカスタマイズ機能

請求書の効率的な作成と管理をしたい場合は請求書の自動作成や電子メールによる請求書送付、リモートワークの推進や他サービスとの連携でさらなる効率化を目指したい場合はモバイルアクセスやAPI連携のあるサービスがおすすめです。

請求書発行システムを導入する際の注意点を確認する

請求書発行システムを導入する際、失敗しないために次の項目も確認しておきましょう。

確認事項	詳細
請求書の送付方法はどうなっているか	主要な取引先がWebやメールでの送付のほか、郵送での送付をしているか確認しましょう。システムによっては郵送を代行してもらえます。
ロゴや印影が請求書に必要か	ブランディングやグループ会社の意向によっては必要なので確認しましょう。
取引先や品目の入力補助が必要か	CSVをはじめとしたファイルで一括作成する場合には不要ですが、手入力している場合には確認すると良いでしょう。
請求書の内容をCSVで管理しているか	請求書をリストにもとづいてまとめて作成すれば、数が多くても対応しやすいです。
請求書を同一の企業へ定期的に発行する機会があるか	サブスクリプションモデルのように毎月ないし毎年請求が発生する場合には、定期的に発行してくれる機能が便利です。
合算請求書を作る機会があるか	運用により複数の請求書をまとめる機会があるか確認します。
請求書以外に合わせて発行したい帳票があるか	領収書や納品書といった帳票を発行できるシステムもあるため、合わせて効率化すべきか検討しましょう。
入金消込のシステムをすでに導入しているか	入金消込できるサービスがまだないのであれば、請求書の発行や送付と合わせてこの機会に効率化しましょう。
請求書の受領において手動でデータ入力や払込をしているか	数百件以上の請求書を受領している場合、OCRで読み取ったり払込をしたり会計ソフトへ計上したりする機能によって工数を大きく削減できます。
ワークフローが必要かどうか	請求書の発行や送付において上長へ確認が必要な場合には、ワークフローの機能があると便利です。
実績の管理が必要かどうか	システム上で実績を管理したい場合には必要な機能ですが、会計ソフトやERPで対応可能なら不要です。
電子帳簿保存法への対応を求められているかどうか	ペーパーレスやリモートワークを推し進めるのであれば、あらかじめ電子帳簿保存法への対応も進めておくことをおすすめします。
社内で使用している会計ソフトや販売管理システムとの連携は可能か	会計ソフトをはじめ請求書発行と関連するシステムは、どのツールを使用しているか確認しましょう。また、Excel・CSV読み込みやAPI連携など、サービスによって連携の仕方は異なるので、あらかじめ連携方法を調べておきましょう。
セキュリティ対策は万全か	財務状況や個人情報を扱う領域のため、どのようなセキュリティ対策が組み込まれているかを確認しておきましょう。
サポート体制はあるか	請求書は入力項目が多く、人によっては慣れるまで使いこなすのが難しい場合もあります。導入支援やマニュアルの用意、トラブル時のサポートなどが提供されているかを確認しておきましょう。