出退勤の記録から集計まで、労務管理の手間を削減する勤怠管理システム。
近年はどのシステムも多様化しており、「機能や料金を比較するだけでも大変」「どのシステムを選べば良いかわからない」といった方も多いのではないでしょうか?
そこで国内最大級のSaaS比較メディアのBOXILが、おすすめ勤怠管理システム17選を厳選しました。
さらに、各システムの料金・機能をまとめた『比較表』もプレゼント！勤怠管理システムが気になる方は、『比較表』で自社に合うシステムを探してみてください。
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勤怠管理システムのしくみ
従来のタイムカードでは、打刻データの集計や給与計算への反映に多くの手間と時間がかかっていました。
勤怠管理システムを導入すると、従業員はスマホやICカードで簡単に打刻でき、そのデータがクラウド上に自動記録されます。
管理者はリアルタイムで勤怠状況を確認でき、残業時間や有給休暇の管理も一元化。さらに給与システムと連携すれば、計算ミスのない正確な給与処理が可能になります。データの手入力がなくなることで、人事部門の業務効率が大幅に向上します。
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今、勤怠管理システムの導入が進む3つの背景
① 脱アナログ：Excel・紙管理からの移行
アンケート※によれば、勤怠管理システムの新規導入率は従業員1〜9名の企業で78.2%、10〜49名で65.5%と、小規模フェーズで特に高くなっています。これは、従業員が増えるにつれてExcelやタイムカードでの管理が限界を迎え、初めてシステム化に踏み切る企業が多いことを示しています。
また、建設業・運輸業・医療分野では、2024年4月の働き方改革関連法改正（いわゆる「2024年問題」）を契機に、紙・Excel管理からの移行が進みました。このフェーズで重視されるのは、ITに詳しくなくても使えるシンプルさ・低コスト・法改正への自動対応の3点です。
※出典：BOXIL 勤怠管理システム導入者アンケート（2025年1月、n=1,588）
② バックオフィスシステムの統合・連携
従業員100名を超えた企業では、勤怠管理だけでなく給与計算・労務・人事評価といった周辺業務を一元化したいというニーズが高まります。
主要ベンダーの動向を見ても、この流れは顕著です。「勤怠単体導入」から「人事労務統合導入」への潮流が市場全体で進んでいます。
「CSVで書き出して給与ソフトに取り込む」という月末の転記作業を、API連携で自動化できるかどうか。これが、バックオフィス統合を重視する企業の選定基準になっています。
③ パッケージからSaaSへのリプレイス
もう一つの大きな動きが、既存のパッケージ勤怠管理からSaaS型へのリプレイスです。特に中堅・大企業では保守切れ、コスト、法改正対応の手間を理由に、オンプレやパッケージからSaaSへ乗り換える動きが活発化しています。
パッケージ市場が今後年1〜2%で縮小する一方、SaaS市場は年7〜10%で拡大する見込みです。これは新規導入だけでなく、既存ユーザーのSaaSシフトが市場拡大に寄与していることを示唆しています。
パッケージ型とSaaS型の違い
どちらが優れているというものではなく、企業のフェーズ・業種・要件によって適切な選択は異なります。まずは両者の特徴を比較してみましょう。
| 比較軸 | パッケージ（オンプレ含む） | SaaS |
|---|---|---|
| コスト | 初期投資型（ライセンス＋サーバー＋保守費） | サブスクリプション型（月額／年額 × ユーザー数） |
| カスタマイズ性 | 高：自社仕様に作り込みが可能 | 中：標準機能に業務を合わせる／一部カスタマイズ可 |
| 法改正対応 | 手動：パッチ適用・改修コストが発生 | 自動：ベンダー側でアップデート、追加費用なし |
| アクセス性 | 社内ネットワーク限定が多い（VPN必須など） | インターネット環境があればどこでも（スマホ対応） |
| データ連携 | 個別開発が必要なケースが多い | API連携やシリーズ製品間での連携が容易 |
たとえば超大規模かつコンプライアンス要件が極めて厳しい企業（金融・官公庁など）や、24時間稼働の工場のように独自のシフト体系が競争力の源泉になっている企業では、パッケージを使い続ける合理性もあります。一方、成長中の中小・中堅企業やリモートワークを推進している企業では、SaaSのほうがメリットが大きくなる傾向があります。
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勤怠管理システムの費用相場
このように多くのメリットがある勤怠管理システムですが、実際に導入している企業は、どのくらいの費用で運用しているのでしょうか？
ボクシルでは、勤怠管理システムの導入に関わった1,588名を対象にアンケート※を実施し、費用に関する実態を調査しました。その結果がこちらです。
※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の男女1,588人へ実施。スクリーニング期間は2025年1月8日〜9日、本調査の期間は2025年1月8日〜9日。本アンケート結果は小数点以下任意の桁を四捨五入しており、合計が100%にならない場合がある
調査の結果、初期費用0円の企業が約3割（32%）あり、初期投資なしで導入できるサービスが一定数選ばれていることがわかります。
また年額費用の平均は33万円で1か月あたりおよそ3万円ですが、全体の約6割が年額費用5万円以下で利用しており、ランニングコストを抑えています。
予算が少ない場合は機能不足やオプションに注意
費用相場より安い勤怠管理システムは、機能の不足する可能性があるため要件を満たしているか慎重に比較すべきです。
具体的には打刻方法が限定されていて指紋認証やICカード連携がない、シフト管理機能がオプション扱い、残業アラートや36協定管理機能が含まれていない、給与計算システムとの連携に追加料金が必要といったケースが考えられます。また、多拠点展開している企業では拠点ごとの料金が発生する場合もあります。
導入検討時には要件をすべて洗い出したうえで、費用対効果を試算しましょう。
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勤怠管理システムのタイプ
勤怠管理システムを選ぶときは、導入の目的にあわせて候補を絞るとよいでしょう。なかでも、導入者数の多いマネーフォワード クラウド勤怠と、多様な打刻方法と柔軟なカスタマイズ性を備えたジョブカン勤怠管理、シンプルな操作性と低コストが特徴のジンジャー勤怠がおすすめです。
※記載されている会社名および商品・製品・サービス名（ロゴマーク等を含む）は、各社の商標または各権利者の登録商標です。使用上の問題等ある場合は https://smartcamp.co.jp/contact までご連絡ください。
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勤怠管理システムのシェア
アンケート※によると、シェアの最も多かった勤怠管理システムは「マネーフォワード クラウド勤怠」で18.32%、次いで「ジョブカン勤怠管理」が13.73%、次いで「ジンジャー勤怠」が10.71%でした。
続く「HRMOS勤怠」「MINAGINE勤怠管理」と合わせた5システムにて57.37%のシェアを占めています。
シェアの大きいシステムは、機能やサポートの充実しているケースが多いうえ、今後も継続して利用できる可能性が高いです。決済者としては導入および運用に失敗しにくい点を評価できるため、稟議を通しやすいでしょう。
※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の男女1,588人へ実施。スクリーニング期間は2025年1月8日〜9日、本調査の期間は2025年3月14日〜15日。本アンケート結果は小数点以下任意の桁を四捨五入しており、合計が100%にならない場合がある
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勤怠管理システムの選び方
勤怠管理システムの比較ポイント
- 【前提】基本的な出退勤の打刻機能と勤怠データの集計・管理機能は全てのツールに搭載されている
- 【前提】PCやスマホからの打刻機能はほとんどのサービスが対応している
- 給与計算システムとの連携は、サービスによって対応範囲が大きく異なる
- カスタマイズ性は、独自の勤務ルールがある企業ほど重視すべき
詳しく比較したい方向けに、各サービスの紹介資料と自分専用にカスタマイズできる比較表を用意しました。情報の整理にぜひご活用ください。
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アンケートで見る！ユーザーが重視しているポイント
ボクシルが勤怠管理システムの導入に携わった方へ重視していた選定ポイントを尋ねた※ところ、最多は「料金・導入/運用コスト」575人、次いで「操作性の良さ」499人、「導入実績」483人、「業界シェア」421人、「口コミ・評判」354人でした。
※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の男女1,588人へ実施。スクリーニング期間は2025年1月8日〜9日、本調査の期間は2025年1月8日〜9日。本アンケート結果は小数点以下任意の桁を四捨五入しており、合計が100%にならない場合がある
担当者が最も重視するのは「料金・導入/運用コスト」であることがわかります。これは勤怠管理システムが長期的に使用するものであり、初期費用だけでなく継続的なランニングコストが企業経営に影響するためでしょう。
次に「操作性の良さ」が重視されていますが、これは社員全員が日常的に使うシステムだからこそ、誰でも簡単に使いこなせることが求められているのだと考えられます。
ボクシルの比較表では、料金や機能に加え、実際の操作画面のイメージも見比べることが可能です。
これらの情報を総合的に比較しながら、自社に合ったツールを探してみましょう。
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目的別・おすすめの選び方
ここまで見てきた導入背景を踏まえて、企業のフェーズと目的別に、どのような軸で選べばよいかを整理します。以下の3つのうち、自社がどのタイプに近いかを確認してみてください。
【タイプ①】脱アナログ・法令対応を優先したい企業
Excelやタイムカードでの管理が限界に達し、初めて勤怠管理システムを導入するフェーズの企業に向いています。建設業・運送業・医療分野など、2024年問題の対応が必要な業種もこのタイプに含まれます。
- 重視すべきポイント：コスト（初期費用0円〜）、シンプルな操作性、法改正への自動対応、スマホ・ICカード打刻
【タイプ②】バックオフィスシステムを統合したい企業
従業員100名を超え、勤怠データを給与計算・労務・人事評価とシームレスに連携したい企業に向いています。月末のCSV転記作業をなくし、人件費や生産性を経営指標として活用したいケースです。
- 重視すべきポイント：給与／労務／人事評価との連携、シリーズ製品の一覧性、API連携の柔軟性
【タイプ③】パッケージからSaaSへリプレイスしたい企業
既存のパッケージ／オンプレ勤怠管理を利用していて、保守切れ・法改正対応の改修コスト・UIの古さに悩んでいる中堅・大企業に向いています。リモートワークやハイブリッド勤務に対応したい企業もこのタイプです。
- 重視すべきポイント：複雑な就業規則への対応力、カスタマイズ性、リアルタイムな労務分析、ベンダーの移行支援体制
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人事労務の負担を大幅に軽減する
勤怠管理は、タイムカードの打刻ミスや集計作業、シフト調整、有給休暇管理など多くの手作業と時間を必要とします。
特に月末になると集計作業に追われ、残業時間の計算や集計ミスの修正など、人事労務担当者にとって大きな負担となっています。また手作業による集計ミスが給与計算にも影響し、従業員との間にトラブルが生じることもあります。
そんな煩雑な勤怠管理業務も、勤怠管理システムを導入すれば大幅に効率化できます。打刻データの自動集計はもちろん、有給管理や36協定の管理まで自動化でき、労務リスクも低減できます。
また、システム選定で失敗しないためには、各システムの情報収集を念入りに行い、料金や機能、特徴を比較することが重要です。まずは、これまで紹介した選び方を参考に、『比較表』を使って自社に合うシステムを絞り込んでみましょう。
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