勤怠管理システムは多様化が進み、「どれが自社に合うか判断できない」「リプレイスの乗り換え先を絞れない」という担当者の声が増えています。国内最大級のSaaS比較メディアBOXILが、おすすめ勤怠管理システム17選の料金・機能比較表とタイプ別の選び方を1冊の資料にまとめました。稟議資料としてもそのまま使える構成です。
こんなお悩みはありませんか？
パッケージの保守切れ・法改正対応の改修コストが積み上がっている
フレックス・在宅・シフト制など多様な働き方に今のシステムが追いつかない
給与・労務との連携で月末に膨大な手作業が発生している
比較表＋勤怠管理システム17選はこちら
勤怠管理システム導入で変わること
17選の比較表で費用・機能をまとめて確認
今、勤怠管理システムのリプレイスが進む3つの背景
① 脱アナログ：Excel・紙管理からの移行
建設業・運輸業・医療分野では、2024年4月の働き方改革関連法改正（いわゆる「2024年問題」）を契機に、紙・Excel管理からの移行が一気に進みました。このフェーズで重視されるのは、ITに詳しくなくても使えるシンプルさ・低コスト・法改正への自動対応の3点です。
② バックオフィスシステムの統合・連携
従業員100名を超えた企業では、勤怠管理だけでなく給与計算・労務・人事評価といった周辺業務を一元化したいというニーズが高まります。主要ベンダーの動向を見ても、「勤怠単体導入」から「人事労務統合導入」への潮流が市場全体で進んでいます。
「CSVで書き出して給与ソフトに取り込む」という月末の転記作業を、API連携で自動化できるかどうか。これが、バックオフィス統合を重視する企業の選定基準になっています。
③ パッケージからSaaSへのリプレイス
もう一つの大きな動きが、既存のパッケージ勤怠管理からSaaS型へのリプレイスです。中堅・大企業では保守切れ、コスト、法改正対応の手間を理由に、オンプレやパッケージからSaaSへ乗り換える動きが活発化しています。パッケージ市場が今後年1〜2%で縮小する一方、SaaS市場は年7〜10%で拡大する見込みです。
パッケージ型とSaaS型の違い
| 比較軸 | パッケージ（オンプレ含む） | SaaS |
|---|---|---|
| コスト | 初期投資型（ライセンス＋サーバー＋保守費） | サブスクリプション型（月額／年額 × ユーザー数） |
| カスタマイズ性 | 高：自社仕様に作り込みが可能 | 中：標準機能に業務を合わせる／一部カスタマイズ可 |
| 法改正対応 | 手動：パッチ適用・改修コストが発生 | 自動：ベンダー側でアップデート、追加費用なし |
| アクセス性 | 社内ネットワーク限定が多い（VPN必須など） | インターネット環境があればどこでも（スマホ対応） |
| データ連携 | 個別開発が必要なケースが多い | API連携やシリーズ製品間での連携が容易 |
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勤怠管理システムの費用相場
ボクシルでは、勤怠管理システムの導入に関わった1,588名を対象にアンケート※を実施し、費用に関する実態を調査しました。
※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の男女1,588人へ実施。スクリーニング期間は2025年1月8日〜9日、本調査の期間は2025年1月8日〜9日。本アンケート結果は小数点以下任意の桁を四捨五入しており、合計が100%にならない場合がある
調査の結果、初期費用0円の企業が約3割（32%）あり、初期投資なしで導入できるサービスが一定数選ばれていることがわかります。年額費用の平均は33万円で1か月あたりおよそ3万円ですが、全体の約6割が年額費用5万円以下で利用しており、ランニングコストを抑えています。
さっそく費用を比較してみる
勤怠管理システムのシェア
アンケート※によると、シェアの最も多かった勤怠管理システムは「マネーフォワード クラウド勤怠」で18.32%、次いで「ジョブカン勤怠管理」が13.73%、「ジンジャー勤怠」が10.71%でした。続く「HRMOS勤怠」「MINAGINE勤怠管理」と合わせた5システムで57.37%のシェアを占めています。
シェアの大きいシステムは、機能やサポートが充実しているケースが多いうえ、今後も継続して利用できる可能性が高いです。決済者としては導入および運用に失敗しにくい点を評価できるため、稟議を通しやすいでしょう。
※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の男女1,588人へ実施。スクリーニング期間は2025年1月8日〜9日、本調査の期間は2025年3月14日〜15日。本アンケート結果は小数点以下任意の桁を四捨五入しており、合計が100%にならない場合がある
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3秒診断：自社のタイプから絞り込む
今の状況に最も近いものを選んでください（複数該当する場合は優先度の高いもの）
脱アナログ
初期導入型
Excel・紙・タイムカードでの管理が限界に達し、初めて勤怠管理システムを導入するフェーズ。建設業・運輸業・医療分野など2024年問題の対応が必要な業種も含む。
重視すべきポイント：初期費用0円〜の低コスト・シンプルな操作性・法改正の自動対応・スマホ／ICカード打刻
バックオフィス
統合型
従業員100名を超え、勤怠データを給与計算・労務・人事評価とシームレスに連携したい企業向け。月末のCSV転記作業をなくし、人件費や生産性を経営指標として活用したいケース。
重視すべきポイント：給与／労務／人事評価との連携・シリーズ製品の一貫性・API連携の柔軟性
パッケージ→SaaS
リプレイス型
既存のパッケージ／オンプレ勤怠管理を利用しており、保守切れ・法改正対応の改修コスト・UIの古さに悩む中堅・大企業向け。リモートワークやハイブリッド勤務への対応も必要。
重視すべきポイント：複雑な就業規則への対応力・カスタマイズ性・リアルタイム労務分析・ベンダーの移行支援体制
シフト・多拠点
特化型
小売・飲食・医療・物流など多拠点展開でシフト制勤務が中心の企業向け。現場のスタッフが打刻しやすく、拠点ごとの集計や複雑なシフト作成に対応できるかが鍵。
重視すべきポイント：シフト作成・自動割り当て機能・多拠点対応・ICカード／顔認証打刻・GPS打刻
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勤怠管理システムの主な機能
多様な打刻方法
PC・スマホ・ICカード・GPS・顔認証・LINEなど、現場の働き方に合わせた打刻手段を選択可能。不正打刻・なりすまし防止にも対応。
労働時間の自動集計
出退勤データをリアルタイムで集計。所定内・残業・深夜・休日など勤務区分ごとの計算を自動化し、月末の手作業を排除。
36協定アラート
月の時間外労働が上限に近づくと担当者・本人に自動通知。36協定違反を未然に防ぎ、労務リスクを継続的に監視。
シフト作成・管理
従業員の希望シフト収集から確定・配布までをオンライン完結。人員過不足のアラートや自動割り当て機能を持つ製品も。
有給休暇管理
有給の自動付与・消滅・残日数管理をシステムが担う。年5日取得義務への対応状況も可視化でき、取得漏れを防止。
申請・承認ワークフロー
残業・休暇・打刻修正の申請と上長承認をスマホ完結。チャットツール（Slack・Teams）と連携してその場で承認できる製品も。
給与計算システム連携
勤怠データをAPI連携またはCSV出力で給与ソフトへ自動転送。自社の給与システムと連携できるかは必ず選定前に確認が必要。
多様な勤務形態対応
フレックスタイム制・変形労働時間制・裁量労働制・みなし残業など、多様な就業ルールを設定・管理。
打刻漏れアラート
出勤打刻がない、または退勤打刻がないまま一定時間が経過した場合に本人・管理者へ自動通知。月末の差し戻し作業を削減。
分析・可視化レポート
部署・拠点・個人ごとの労働時間・残業状況・有給取得率をグラフで可視化。長時間労働の早期把握と改善施策に活用。
勤怠管理システムを導入するメリット
月次締め作業のスリム化
打刻データの自動集計により、月末の勤怠集計・転記・突合といった手作業が大幅に減少。締め日前後の残業が解消されやすくなります。
法改正へのコストゼロ対応
SaaS型はベンダーが法改正に合わせてシステムを自動アップデート。パッケージのように改修費用や設定変更の工数が発生せず、常に最新の法令に準拠。
労務リスクの先手管理
36協定アラートや残業時間の可視化により、月の途中で超過リスクを把握できる。問題が起きてから対処するのではなく、未然に防ぐ体制が整います。
場所を選ばない打刻環境
テレワーク・現場作業・外出先どこからでもスマホ・PCで打刻可能。GPS打刻や顔認証でなりすましも防止でき、多様な働き方に対応できます。
よくある失敗パターン
自社の勤務形態と合わない製品を選んでしまった
機能比較や価格だけで選び、実際に使い始めてから「フレックスに対応していない」「シフト管理が別契約」と判明するケース。
無料トライアル中に自社の就業規則どおり設定できるか必ず検証する。勤務形態ごとの対応可否をベンダーに事前確認。
既存の給与システムと連携できず手作業が残った
勤怠管理はシステム化できたが、給与計算ソフトとのデータ連携が非対応で、月末の転記作業がなくならなかった事例。
選定前に「自社が使っている給与ソフトとのAPI連携またはCSV出力形式」をベンダーに具体的に問い合わせる。
現場に浸透せず打刻率が上がらなかった
管理者目線では優れた機能でも、現場の従業員が操作しにくく打刻忘れが頻発。管理者の修正対応が増えて本末転倒になるケース。
従業員が実際に打刻する画面のシンプルさ・スマホ対応・通知機能を重視。トライアル時に現場スタッフにも試してもらう。
勤怠管理システムの選び方
勤怠管理システムの比較ポイント
- 【前提】基本的な出退勤の打刻機能と勤怠データの集計・管理機能は全てのツールに搭載されている
- 【前提】PCやスマホからの打刻機能はほとんどのサービスが対応している
- 給与計算システムとの連携は、サービスによって対応範囲が大きく異なる
- カスタマイズ性は、独自の勤務ルールがある企業ほど重視すべき
アンケートで見る！ユーザーが重視しているポイント
ボクシルが勤怠管理システムの導入に携わった方へ重視していた選定ポイントを尋ねた※ところ、最多は「料金・導入/運用コスト」575人、次いで「操作性の良さ」499人、「導入実績」483人、「業界シェア」421人、「口コミ・評判」354人でした。
※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の男女1,588人へ実施。スクリーニング期間は2025年1月8日〜9日、本調査の期間は2025年1月8日〜9日。本アンケート結果は小数点以下任意の桁を四捨五入しており、合計が100%にならない場合がある
ボクシルの比較表では、料金や機能に加え、実際の操作画面のイメージも見比べることが可能です。これらの情報を総合的に比較しながら、自社に合ったツールを探してみましょう。
『比較表』で料金・操作画面イメージを比べてみる
システム選定時のチェックポイント
打刻方法が現場の働き方に合っているか
現場作業員にはICカード・GPS打刻、リモートワーク中心にはスマホ・Web打刻が適切。導入後に打刻率が下がらない手段を選ぶ。
確認観点: 打刻方法の多様性・スマホ対応給与・労務・人事システムと連携できるか
既存の給与計算ソフトとのAPI連携またはCSV形式の互換性を事前確認。連携不可の場合、月末の手作業は残り続ける。
確認観点: API連携・CSV出力形式自社の勤務形態に完全対応しているか
フレックス・変形労働時間制・裁量労働・シフト制など、自社の就業規則を漏れなく設定できるか。複雑なケースはデモで必ず確認。
確認観点: 勤務形態ごとの設定可否法改正に自動追随するSaaSか確認する
36協定・有給取得義務・時間外上限規制など、年々変わる法令への対応がベンダー側で自動更新されるか。パッケージは要確認。
確認観点: 法改正対応の実績・費用導入後のサポート体制は充実しているか
初期設定代行・運用相談・電話サポートの有無を確認。特に初めての導入や乗り換えでは、専任担当が付くかどうかが定着率に影響する。
確認観点: サポート手段・初期設定代行無料トライアルで現場の使いやすさを確認する
管理者だけでなく、実際に打刻する現場スタッフにもトライアルを使ってもらい、「使いにくい」という声がないかを事前検証。
確認観点: 無料期間・現場スタッフ評価チェックポイントを満たすシステムを一括比較
よくある質問
最も大きく変わるのは「月末の集計・転記作業」です。打刻データが自動集計されるため、Excelへの手入力や給与ソフトへの転記が不要になります。また、有給残日数の確認・36協定の超過チェック・打刻漏れの追いかけといった日常業務も自動化され、担当者の工数が大幅に削減されます。
成長中の中堅企業やリモートワークを推進している企業、法改正対応のコストを削減したい場合はSaaS（クラウド）型が適しています。一方、金融・官公庁など極めて厳しいコンプライアンス要件がある企業や、24時間稼働の独自シフトが競争力の源泉になっている場合はパッケージの継続を検討する合理性があります。まずは自社の要件を整理したうえで判断しましょう。
「現在使っている給与計算ソフト名（例：弥生給与・freee給与・PCA給与など）とのAPI連携またはCSV連携の対応可否」を各ベンダーに直接確認するのが確実です。連携できる場合でも、項目の過不足や文字コードの違いで手作業が残るケースがあるため、サンプルデータを使った検証を依頼することをおすすめします。
はい、小規模企業向けの製品も豊富にあります。無料プランや月額定額（人数問わず一定）のプランを持つサービスもあり、10名以下であれば無料で使い始められる製品も存在します。従業員数が増えた際に上位プランへ切り替えやすい製品を選ぶと、長期的にコストを抑えやすくなります。
難易度は就業規則の複雑さと従業員規模によって異なります。シンプルな就業規則の企業であれば数週間で稼働できる製品が多いです。一方、独自ルールが多い場合は設定工数がかかります。多くのSaaS製品は初期設定代行サービス（有料）を提供しており、移行支援の充実度もベンダー選定の重要な判断軸のひとつです。
管理者目線では「自社の就業規則を正確に設定できるか」「集計結果が既存ルールと合致するか」を確認しましょう。現場目線では「スマホ打刻がスムーズか」「申請・承認の画面が直感的か」を実際のスタッフに試してもらうことが重要です。トライアル終了後にそのままデータを移行できるかも確認しておくと安心です。
まずは資料をまとめてダウンロード
資料に含まれる情報
勤怠管理システム 17選の紹介
シェア・実績・対象規模・価格帯ごとに厳選した17製品を掲載。初めての導入からリプレイスまで幅広く対応。
料金・機能の横断比較表
初期費用・月額・打刻方法・連携対応・36協定機能など、選定に必要な軸を一覧化。そのまま稟議資料に転用可能。
費用相場・シェアデータ（n=1,588）
BOXIL独自アンケートによる費用実態・シェア上位・選定ポイントの調査データ。社内説得の根拠資料に活用できます。
社内提案・稟議にも使える『比較表』はこちら
人事労務の負担を大幅に軽減する
特に月末になると集計作業に追われ、残業時間の計算や集計ミスの修正など、人事労務担当者にとって大きな負担となっています。手作業による集計ミスが給与計算にも影響し、従業員との間にトラブルが生じることもあります。
そんな煩雑な勤怠管理業務も、勤怠管理システムを導入すれば大幅に効率化できます。打刻データの自動集計はもちろん、有給管理や36協定の管理まで自動化でき、労務リスクも低減できます。
システム選定で失敗しないためには、各システムの情報収集を念入りに行い、料金や機能、特徴を比較することが重要です。まずは、これまで紹介した選び方を参考に、『比較表』を使って自社に合うシステムを絞り込んでみましょう。
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