Excel・パッケージ勤怠を、自社タイプに合うSaaSへ。
4タイプから選ぶ勤怠管理システム17選を、料金・機能・シェアで比較しました。
「どれが自社に合うか判断できない」「リプレイス先を絞れない」——脱アナログ／バックオフィス統合／パッケージリプレイス／シフト多拠点の4タイプから逆引きで選定でき、導入経験者1,588人へのアンケートに基づく費用・シェアデータも収録した1冊にまとめました。
この記事でわかること
勤怠管理システムは多様化が進み、「どれが自社に合うか判断できない」「リプレイスの乗り換え先を絞れない」という担当者の声が増えています。国内最大級のSaaS比較メディアBOXILが、おすすめ勤怠管理システム17選の料金・機能比較表とタイプ別の選び方を1冊の資料にまとめました。稟議資料としてそのまま使える構成です。
こんなお悩みはありませんか？
パッケージの保守切れ・法改正対応の改修コストが積み上がっている
▶ 中堅〜大企業・情シス／人事部
フレックス・在宅・シフト制など多様な働き方に今のシステムが追いつかない
▶ IT・製造・サービス／小売・飲食・医療
給与・労務との連携で月末に膨大な手作業が発生している
▶ 100〜500名規模／バックオフィス統合検討中
▼ あなたの目的に合った読み方を選んでください
勤怠管理システム導入で変わること
17選の比較表で費用・機能をまとめて確認
▼ よくある失敗を避ける選び方・自社規模別の費用相場・4タイプ診断まで目次から飛べます
今、勤怠管理システムのリプレイスが進む3つの背景
- ① 脱アナログ：建設・運輸・医療など2024年問題への対応で、紙・Excel管理からの移行が加速。重視されるのはシンプル操作・低コスト・法改正の自動対応の3点。
- ② バックオフィス統合：100名超で給与計算・労務・人事評価との一元化ニーズが高まる。月末のCSV転記をAPI連携で自動化できるかが選定基準。
- ③ パッケージ→SaaSリプレイス：中堅・大企業で保守切れ・法改正改修コストを理由に乗り換えが活発化。移行支援・カスタマイズ性・初期設定代行の有無が決め手。
次に読むなら ▼
- 自社規模の費用感が知りたい → このまま費用相場の章へ
- とにかく製品を比較したい → 17選比較表（無料DL）
目的別の選び方がわかる比較表はこちら
勤怠管理システムの費用相場
ボクシルでは、勤怠管理システムの導入に関わった1,588名を対象にアンケート※を実施し、費用に関する実態を調査しました。
※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の男女1,588人へ実施。スクリーニング期間は2025年1月8日〜9日、本調査の期間は2025年1月8日〜9日。本アンケート結果は小数点以下任意の桁を四捨五入しており、合計が100%にならない場合がある
調査の結果、初期費用0円の企業が約3割（32%）あり、初期投資なしで導入できるサービスが一定数選ばれています。年額費用の平均は33万円で1か月あたりおよそ3万円ですが、全体の約6割が年額費用5万円以下で利用しており、ランニングコストを抑えています。
企業規模別・月額費用の目安
〜50名
月額 1〜2万円1ユーザー 200〜400円目安
初期費用0円のクラウド型が選ばれやすい規模。シンプル操作・スマホ打刻の充実度で選ぶ。
50〜300名
月額 3〜10万円1ユーザー 200〜500円目安
年額平均33万円の中心帯。給与・労務との連携と申請承認ワークフローの対応で差が出る。
300名〜
月額 10万円〜ユーザー数課金が主流
複雑な就業規則・多拠点・シフト制への対応で初期設定費が別途必要。トータルコストで比較を。
▶ 見落としやすい追加コスト：初期設定・データ移行費／オプション機能の課金／サポート費用は月額とは別に発生するケースが多いため、見積もり時に必ず確認しましょう。
さっそく費用を比較してみる
勤怠管理システムのシェア
※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の男女1,588人へ実施。スクリーニング期間は2025年1月8日〜9日、本調査の期間は2025年3月14日〜15日。本アンケート結果は小数点以下任意の桁を四捨五入しており、合計が100%にならない場合がある
3秒診断：自社のタイプから絞り込む
▼ 1つ選ぶだけで、自社に合うタイプと選定ポイントが分かります
今の状況に最も近いものを選んでください（複数該当する場合は優先度の高いもの）
脱アナログ
初期導入型
Excel・紙・タイムカードでの管理が限界に達し、初めて勤怠管理システムを導入するフェーズ。建設業・運輸業・医療分野など2024年問題の対応が必要な業種も含む。
重視すべきポイント：初期費用0円〜の低コスト・シンプルな操作性・法改正の自動対応・スマホ／ICカード打刻
▶ このタイプに強い製品の比較表を確認
初期費用0円・シンプル操作の製品を含む17選を1冊で。資料を無料DL
バックオフィス
統合型
従業員100名を超え、勤怠データを給与計算・労務・人事評価とシームレスに連携したい企業向け。月末のCSV転記作業をなくし、人件費や生産性を経営指標として活用したいケース。
重視すべきポイント：給与／労務／人事評価との連携・シリーズ製品の一貫性・API連携の柔軟性
▶ このタイプに強い製品の比較表を確認
給与・労務連携に対応する統合型製品を1冊で。資料を無料DL
パッケージ→SaaS
リプレイス型
既存のパッケージ／オンプレ勤怠管理を利用しており、保守切れ・法改正対応の改修コスト・UIの古さに悩む中堅・大企業向け。リモートワークやハイブリッド勤務への対応も必要。
重視すべきポイント：複雑な就業規則への対応力・カスタマイズ性・リアルタイム労務分析・ベンダーの移行支援体制
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移行支援・カスタマイズ性で強みのある製品を1冊で。資料を無料DL
シフト・多拠点
特化型
小売・飲食・医療・物流など多拠点展開でシフト制勤務が中心の企業向け。現場のスタッフが打刻しやすく、拠点ごとの集計や複雑なシフト作成に対応できるかが鍵。
重視すべきポイント：シフト作成・自動割り当て機能・多拠点対応・ICカード／顔認証打刻・GPS打刻
▶ このタイプに強い製品の比較表を確認
シフト・多拠点対応の強い製品を1冊で。資料を無料DL
4タイプ別の評価軸マトリクス
| 評価軸 | ① 脱アナログ初期導入 | ② バックオフィス統合 | ③ パッケージSaaSリプレイス | ④ シフト・多拠点 |
|---|---|---|---|---|
| 初期費用の安さ | ◎ | ○ | △ | ○ |
| シンプル操作性 | ◎ | ○ | △ | ◎ |
| 法改正の自動対応 | ◎ | ◎ | ◎ | ○ |
| 給与・労務連携 | ○ | ◎ | ◎ | ○ |
| API連携の柔軟性 | △ | ◎ | ◎ | ○ |
| 複雑な就業規則対応 | △ | ○ | ◎ | ○ |
| 移行支援体制 | ○ | ○ | ◎ | ○ |
| シフト作成機能 | △ | △ | ○ | ◎ |
| 多拠点・打刻多様性 | ○ | ○ | ○ | ◎ |
| 有給・36協定管理 | ◎ | ◎ | ◎ | ◎ |
気になるタイプの資料を見てみる
勤怠管理システムの主な機能
多様な打刻方法
PC・スマホ・ICカード・GPS・顔認証・LINEなど、現場の働き方に合わせた打刻手段を選択可能。不正打刻・なりすまし防止にも対応。
労働時間の自動集計
出退勤データをリアルタイムで集計。所定内・残業・深夜・休日など勤務区分ごとの計算を自動化し、月末の手作業を排除。
36協定アラート
月の時間外労働が上限に近づくと担当者・本人に自動通知。36協定違反を未然に防ぎ、労務リスクを継続的に監視。
シフト作成・管理
従業員の希望シフト収集から確定・配布までをオンライン完結。人員過不足のアラートや自動割り当て機能を持つ製品も。
有給休暇管理
有給の自動付与・消滅・残日数管理をシステムが担う。年5日取得義務への対応状況も可視化でき、取得漏れ・問い合わせ集中を防止。
申請・承認ワークフロー
残業・休暇・打刻修正の申請と上長承認をスマホ完結。チャットツール（Slack・Teams）と連携してその場で承認できる製品も。
給与計算システム連携
勤怠データをAPI連携またはCSV出力で給与ソフトへ自動転送。自社の給与システムと連携できるかは必ず選定前に確認が必要。
多様な勤務形態対応
フレックスタイム制・変形労働時間制・裁量労働制・みなし残業など、多様な就業ルールを設定・管理。
打刻漏れアラート
出勤打刻がない、または退勤打刻がないまま一定時間が経過した場合に本人・管理者へ自動通知。月末の差し戻し作業を削減。
分析・可視化レポート
部署・拠点・個人ごとの労働時間・残業状況・有給取得率をグラフで可視化。長時間労働の早期把握と改善施策に活用。
機能別おすすめ製品は比較表でチェック
勤怠管理システムを導入するメリット
月次締め作業のスリム化
打刻データの自動集計により、月末の勤怠集計・転記・突合といった手作業が大幅に減少。締め日前後の残業が解消されやすくなります。
法改正へのコストゼロ対応
SaaS型はベンダーが法改正に合わせてシステムを自動アップデート。パッケージのように改修費用や設定変更の工数が発生せず、常に最新の法令に準拠。
労務リスクの先手管理
36協定アラートや残業時間の可視化により、月の途中で超過リスクを把握できる。問題が起きてから対処するのではなく、未然に防ぐ体制が整います。
場所を選ばない打刻環境
テレワーク・現場作業・外出先どこからでもスマホ・PCで打刻可能。GPS打刻や顔認証でなりすましも防止でき、多様な働き方に対応できます。
よくある失敗パターン
自社の勤務形態と合わない製品を選んでしまった
機能比較や価格だけで選び、実際に使い始めてから「フレックスに対応していない」「シフト管理が別契約」と判明するケース。
無料トライアル中に自社の就業規則どおり設定できるか必ず検証する。勤務形態ごとの対応可否をベンダーに事前確認。
既存の給与システムと連携できず手作業が残った
勤怠管理はシステム化できたが、給与計算ソフトとのデータ連携が非対応で、月末の転記作業がなくならなかった事例。
選定前に「自社が使っている給与ソフトとのAPI連携またはCSV出力形式」をベンダーに具体的に問い合わせる。
現場に浸透せず打刻率が上がらなかった
管理者目線では優れた機能でも、現場の従業員が操作しにくく打刻忘れが頻発。管理者の修正対応が増えて本末転倒になるケース。
従業員が実際に打刻する画面のシンプルさ・スマホ対応・通知機能を重視。トライアル時に現場スタッフにも試してもらう。
▼ 選定前に確認したい10項目チェックリスト
勤怠管理システムの選び方
勤怠管理システムの比較ポイント（スコアリング軸）
- 【前提】基本的な出退勤の打刻機能と勤怠データの集計・管理機能は全てのツールに搭載されている
- 【前提】PCやスマホからの打刻機能はほとんどのサービスが対応している
- 給与計算システムとの連携は、サービスによって対応範囲が大きく異なる（スコア配点を高めに）
- カスタマイズ性は、独自の勤務ルールがある企業ほど重視すべき（スコア配点を高めに）
- サポート体制（初期設定代行・電話／チャット）は、初めての導入・リプレイス時ほど比重が大きい
▶ 17製品×8項目のスコア比較表でこれらの軸をまとめて確認できます。
システム選定時のチェックポイント（優先度別）
給与・労務・人事システムと連携できるか
既存の給与計算ソフトとのAPI連携またはCSV形式の互換性を事前確認。連携不可の場合、月末の手作業は残り続ける。
確認観点: API連携・CSV出力形式自社の勤務形態に完全対応しているか
フレックス・変形労働時間制・裁量労働・シフト制など、自社の就業規則を漏れなく設定できるか。複雑なケースはデモで必ず確認。
確認観点: 勤務形態ごとの設定可否打刻方法が現場の働き方に合っているか
現場作業員にはICカード・GPS打刻、リモートワーク中心にはスマホ・Web打刻が適切。導入後に打刻率が下がらない手段を選ぶ。
確認観点: 打刻方法の多様性・スマホ対応法改正に自動追随するSaaSか確認する
36協定・有給取得義務・時間外上限規制など、年々変わる法令への対応がベンダー側で自動更新されるか。パッケージは要確認。
確認観点: 法改正対応の実績・費用導入後のサポート体制は充実しているか
初期設定代行・運用相談・電話サポートの有無を確認。特に初めての導入や乗り換えでは、専任担当が付くかどうかが定着率に影響する。
確認観点: サポート手段・初期設定代行無料トライアルで現場の使いやすさを確認する
管理者だけでなく、実際に打刻する現場スタッフにもトライアルを使ってもらい、「使いにくい」という声がないかを事前検証。
確認観点: 無料期間・現場スタッフ評価チェックポイントを満たすシステムを一括比較
よくある質問
勤怠管理システムを導入したら、どんな業務が変わりますか？
最も大きく変わるのは「月末の集計・転記作業」です。打刻データが自動集計されるため、Excelへの手入力や給与ソフトへの転記が不要になります。また、有給残日数の確認・36協定の超過チェック・打刻漏れの追いかけといった日常業務も自動化され、担当者の工数が大幅に削減されます。
クラウド型とパッケージ型、どちらを選ぶべきですか？
成長中の中堅企業やリモートワークを推進している企業、法改正対応のコストを削減したい場合はSaaS（クラウド）型が適しています。一方、金融・官公庁など極めて厳しいコンプライアンス要件がある企業や、24時間稼働の独自シフトが競争力の源泉になっている場合はパッケージの継続を検討する合理性があります。まずは自社の要件を整理したうえで判断しましょう。
給与計算ソフトとの連携はどうやって確認すればよいですか？
「現在使っている給与計算ソフト名（例：弥生給与・freee給与・PCA給与など）とのAPI連携またはCSV連携の対応可否」を各ベンダーに直接確認するのが確実です。連携できる場合でも、項目の過不足や文字コードの違いで手作業が残るケースがあるため、サンプルデータを使った検証を依頼することをおすすめします。
従業員数が少ない場合（10名〜30名）でも使えますか？
はい、小規模企業向けの製品も豊富にあります。無料プランや月額定額（人数問わず一定）のプランを持つサービスもあり、10名以下であれば無料で使い始められる製品も存在します。従業員数が増えた際に上位プランへ切り替えやすい製品を選ぶと、長期的にコストを抑えやすくなります。
パッケージからSaaSへ乗り換える際、移行作業はどれくらい大変ですか？
難易度は就業規則の複雑さと従業員規模によって異なります。シンプルな就業規則の企業であれば数週間で稼働できる製品が多いです。一方、独自ルールが多い場合は設定工数がかかります。多くのSaaS製品は初期設定代行サービス（有料）を提供しており、移行支援の充実度もベンダー選定の重要な判断軸のひとつです。
無料トライアルで確認すべきことは何ですか？
管理者目線では「自社の就業規則を正確に設定できるか」「集計結果が既存ルールと合致するか」を確認しましょう。現場目線では「スマホ打刻がスムーズか」「申請・承認の画面が直感的か」を実際のスタッフに試してもらうことが重要です。トライアル終了後にそのままデータを移行できるかも確認しておくと安心です。
有給管理機能はどこまで自動化できますか？
主要なSaaS型勤怠管理システムでは、入社日からの自動付与・繰越・消滅処理までを自動化できます。年5日取得義務への進捗も従業員ごとに可視化されるため、取得漏れの早期発見が容易になります。半休・時間単位有給など特殊な運用にも対応する製品が多いです。
人事労務の負担を大幅に軽減する
特に月末になると集計作業に追われ、残業時間の計算や集計ミスの修正など、人事労務担当者にとって大きな負担となっています。手作業による集計ミスが給与計算にも影響し、従業員との間にトラブルが生じることもあります。
そんな煩雑な勤怠管理業務も、勤怠管理システムを導入すれば大幅に効率化できます。打刻データの自動集計はもちろん、有給管理や36協定の管理まで自動化でき、労務リスクも低減できます。
システム選定で失敗しないためには、各システムの情報収集を念入りに行い、料金や機能、特徴を比較することが重要です。まずは、これまで紹介した選び方を参考に、『比較表』を使って自社に合うシステムを絞り込んでみましょう。
社内提案・稟議にも使える『比較表』はこちら
