【料金完全ガイド】おすすめ勤怠管理システム17選｜企業規模ごとの費用相場・月額250円〜の低コストなシステムも紹介

出退勤の記録から集計まで、労務管理の手間を大幅に削減する勤怠管理システム。

人事・労務業務の効率化にとても有効なシステムですが、近年はプランが多様化しています。
導入やリプレイスを検討していても「料金を比較するだけでも大変」「どのシステムを選べば良いかわからない」といった方も多いのではないでしょうか?

そこで「SaaS導入推進者が選ぶサイト第1位」のボクシルは、各システムの説明資料と、料金・機能が一覧で分かる比較表を用意しました。下のボタンから無料でダウンロードできます。

勤怠管理システムのしくみ

従来のタイムカードでは、打刻データの集計や給与計算への反映に多くの手間と時間がかかっていました。
勤怠管理システムを導入すると、従業員はスマホやICカードで簡単に打刻でき、そのデータがクラウド上に自動記録されます。

管理者はリアルタイムで勤怠状況を確認でき、残業時間や有給休暇の管理も一元化。さらに給与システムと連携すれば、計算ミスのない正確な給与処理が可能になります。データの手入力がなくなることで、人事部門の業務効率が大幅に向上します。

ぜひ資料をダウンロードして、各システムの料金プランや機能を比較してみてください。

勤怠管理システムの一般的な料金モデル

勤怠管理システムには大きく分けて4つの料金モデルがあり、それぞれでおすすめの企業が異なります。

①ユーザー数（従業員数）課金型

最も一般的な料金体系で、

②拠点数課金型

複数の店舗や事業所を持つ企業向けに、

③機能別課金型

基本機能（出退勤管理、休暇管理など）は低価格で提供し、

④定額型

従業員数に関わらず、

どの料金モデルが最適かは、企業規模や利用形態によって大きく異なります。また、各システムによって料金に含まれる機能や上限が異なるため、単純な価格比較だけでは適切な判断ができません。

詳細な料金シミュレーションや利用状況に応じた最適なプランは、各システムの資料を見ると詳しく分かります。
ぜひ下のボタンからダウンロードしてみてください。

企業規模別の費用相場は？アンケート調査の結果を公開

勤怠管理システムでは一般的にユーザー数や拠点数に対して課金されるため、企業規模が大きいほど費用相場も上がる傾向にあります。

BOXILは実際に勤怠管理システムを導入している企業のユーザー601名を対象にアンケートを実施し、企業規模ごとの費用相場を調査(※)しました。

調査の結果、1〜99名の小規模〜中小企業で初期費用は2万円・年間費用は5万円。1,000名以上の大企業で初期費用は16万円・年間費用は12万円が相場でした。

※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の1,000人へ実施。そのうち、不正な値（有料サービスで0または1,000円以下、有料のSaaSで年間費用が0円）を除外し、得られた601件の回答にもとづいてデータを算出した。従業員数ごとの集計は1-99名は218件、100-999名は211件、1,000名以上は172件の回答を集計している。回答期間は2025年3月14日〜15日。
※1「費用相場」は対象となる回答の中央値を指す。
※2「主な価格帯」は対象となる回答の四分位範囲を指す。なお、「主な価格帯」の一部は四捨五入をして整形している。

企業規模による初期費用・年間費用の相場の違いは、月に換算すると数千円程度。
近年普及しているクラウド型の勤怠管理システムは安価で利用できるものが多く、どの規模の企業でも低コストで導入を実現しているようです。
より正確な料金プランやシミュレーションは、各システムの資料に詳しく掲載されています。
自社の規模や要件に最も適したシステムを見つけるために、ぜひ資料と比較表をご活用ください。

見落としがちな追加コスト

勤怠管理システム導入を検討する際、初期費用・月額利用料だけで予算を組むと、後から想定外の出費に驚くことがあります。
実際の運用を始めてから「こんな費用が必要だったのか」と困惑しないよう、見落としがちな追加コストについて事前に理解しておきましょう。

①打刻端末・ICカード関連のハードウェア費用

クラウド型のシステムでも、多くの企業では専用の打刻端末を導入しています。スマートフォンやPCからの打刻も可能ですが、製造現場や店舗など現場の特性によっては専用端末が必須となるケースも少なくありません。

拠点数が多い企業では、この端末費用が総コストを大きく押し上げることもあります。また、端末の保守費用や故障時の交換費用も考慮に入れておく必要があるでしょう。

②カスタマイズ対応の費用

多くの企業では既存の勤怠ルールや特殊な勤務体系があり、パッケージのままでは対応できないケースがあります。こうしたカスタマイズ費用は、規模や複雑さによって大きく異なります。

「うちの会社は特殊なので」と考える企業は多いですが、実はほとんどのケースでは既存機能の組み合わせで対応可能です。
無理なカスタマイズはバージョンアップ時の追加費用発生リスクもあるため、各サービスの標準機能を詳しく確認することが重要です。

③システム連携にかかる費用

勤怠管理システムは単体で使うよりも、給与システムや人事システムと連携させることで真価を発揮します。しかし、この連携費用は見積もりに含まれていないこともあります。

特に異なるベンダーのシステム間連携には予想外のコストがかかることがあります。連携方法や連携頻度によって費用が大きく変わるため、導入前に詳細な連携仕様を確認しておきましょう。

④サポート・保守費用の違い

多くのサービスでは基本的なサポートは月額料金に含まれていますが、サポート内容や対応時間には大きな差があります。

これらの追加コストは、サービスによって含まれているもの、オプション扱いのもの、別途見積もりが必要なものと様々です。
総所有コスト（TCO）の観点から適切にシステムを比較して選ぶために、ぜひ各システムの詳細資料をダウンロードしてみてください。

予算が少ない企業でも導入しやすいシステム

低予算でも導入しやすいサービスにはジョブカン勤怠管理、ジンジャー勤怠、freee 勤怠管理Plusなどがあります。

ただし、費用相場より安いシステムやプランを選ぶと機能が不足する可能性があるため、要件を満たしているか慎重に比較すべきです。

具体的には打刻方法が限定されていて指紋認証やICカード連携がない、シフト管理機能がオプション扱い、残業アラートや36協定管理機能が含まれていない、給与計算システムとの連携に追加料金が必要など、前述のようなオプションが別途必要といったケースが考えられます。

導入検討時には要件をすべて洗い出したうえで、費用対効果を試算しましょう。
試算するには各システムの料金プランが一覧で見られる比較表が便利です。ぜひ下のボタンからダウンロードしてみてください。

6日かかった業務が5時間に！成功企業に学ぶ導入効果

勤怠管理システムの効果的な活用の例として、KING OF TIMEの導入事例を紹介します。

6日かかった業務が5時間に！業務効率化と働き方改革を推進

株式会社ユースコミュニケーションズでは、これまで5〜6日かかっていた勤怠管理から給与計算の業務が、KING OF TIME導入後は3〜5時間で完了できるようになり、業務効率化や時短に大きくつながっています。

今まではグループウェアを見て残業や有休管理を確認して、身上情報の変更情報を見て、集計されたExcelを見て、給与計算ソフトを見て、とあっちこっちみる必要があり大変でした。
導入後はKING OF TIMEだけを見ればよい状態に。毎月の業務フローも簡素化されました。

※出典：KING OF TIME公式サイト「勤怠給与計算業務が5日から5Hに。勤怠から広がるDX。株式会社ユースコミュニケーションズ様の導入事例 | 勤怠管理システム」（2025年4月8日閲覧）

システムの導入には手間やコストがかかりますが、それ以上の工数削減や費用削減が見込めるなら導入を前向きに検討すべきです。
システムごとの導入事例や導入効果については、各システムの紹介資料に詳しく掲載されていますのでぜひご覧ください。

勤怠管理システムで人事労務の負担を軽減しませんか？

適切な勤怠管理システム選びのポイントは、単なる月額料金だけでなく、

また、費用だけでなく、自社の業務フローに合った機能を持つシステムを選ぶことが、結果的にコスト効率を高めます。安価なシステムを選んだものの、使いにくさから社内に浸透せず、予想した効果が得られないというケースは少なくありません。

料金プランや機能要件は、各システムの紹介資料により詳しく掲載されています。
各システム料金・機能の一覧比較表も合わせて、ぜひ下のボタンからダウンロードしてご覧ください。