【30秒で分かるこの記事の結論】
・中小企業の年末調整は紙・Excel運用による業務集中と手戻りが課題
・選定時は「スマホでの入力しやすさ」「給与計算ソフトとの連携」「規模に合った料金体系」を重視
・中小企業向けのおすすめ年末調整システムは「SmartHR」「マネーフォワード クラウド年末調整」「HRMOS年末調整」など
年末調整ソフトには多くの種類があり「どれを選べばいいか」迷いますよね。後から知ったサービスの方が適していることもよくあります。導入の失敗を避けるためにも、まずは各サービスの資料をBOXILでまとめて用意しましょう。
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中小企業が抱える年末調整の課題
年末調整は、年末調整対象者（給与所得者）の申告内容を回収し、確認し、給与計算に反映する必要があります。中小企業では少人数で人事労務を担うケースが多く、作業が特定の担当者に集中しやすい点が課題になりやすいです。
申告書の配布・回収・不備対応に手間がかかる
年末調整では、扶養控除等申告書や保険料控除申告書、住宅ローン控除申告書など、複数の申告書を従業員に配布して回収します。紙やExcelで運用すると、配布方法が部署ごとに異なったり、記入漏れや添付漏れが起きたりして、不備対応が増えやすくなります。
不備が多い状態で締切が近づくと、差し戻しと再回収の往復が増え、確認作業が終わりません。年末調整の処理が遅れると給与計算や源泉徴収票の発行にも影響し、従業員対応の負担が一気に増えます。
年末に業務が集中し、担当者の負荷が高い
年末調整は期限が決まっており、年末年始の休暇や締め処理と重なりやすい業務です。中小企業では人事労務の専任が少なく、通常業務と並行しながら申告書の回収や確認、修正依頼まで進めなければなりません。
業務が集中したまま進めると、残業や対応遅れが増え、ミスに気づく時間も取りにくくなります。担当者の負荷が高い状態が続くと、年末調整だけでなく勤怠締めや給与計算の品質にも影響し、全社の業務が不安定になる恐れがあります。
法改正や控除制度の変更に追いつきにくい
年末調整は税制改正や申告書様式の変更の影響を受けやすく、毎年のように確認すべき点が出てきます。中小企業では最新情報の収集や社内ルールへの落とし込みを担当者が単独で担うことが多く、制度変更を見落としやすい背景があります。
制度の理解が不十分なまま運用すると、案内の誤りや計算ミスが起き、修正対応に追われることになるでしょう。年末調整の処理ミスは従業員の税額に直結するため、問い合わせや再発行が増え、社内の信頼にも影響しかねません。
年末調整システムの導入で中小企業が実現できること
年末調整システムを導入すると、申告の収集から計算、帳票作成までを一元的に管理しやすくなります。紙やExcelに頼らない運用へ切り替えることで、担当者の手作業を減らしつつ、ミスが起きにくい状態を目指せます。
申告書の配布・回収をオンライン化する
従業員はWeb画面やスマートフォンから申告内容を入力でき、必要書類の提出もオンラインで完結させやすくなります。担当者は配布物の準備や印刷、回収後の転記といった作業を減らせるため、年末調整の初動が滞りにくくなります。
オンライン化が進むと、未提出者の把握や再回収の手間が減り、締切に向けた段取りが組みやすくなります。拠点が分かれている会社やリモートワークが混在する会社でも、同じ手順で回収を進められる点がメリットです。
入力不備の自動チェックで差し戻しを減らす
年末調整システムは、必須項目の未入力や数字の形式違いなどを入力時にチェックできるものが多いです。従業員がその場で修正できるため、担当者が内容を確認して差し戻す回数が減りやすくなります。
差し戻しが減ると、締切直前の問い合わせ対応が増えにくく、担当者の確認作業も安定しやすくなります。入力ミスが給与計算や年調還付額の計算に波及しにくくなる点も重要です。
進捗状況を可視化して催促や対応を標準化する
年末調整システムでは、提出状況や不備の有無を一覧で確認できるため、誰がどこで止まっているかを把握しやすくなります。担当者は個別に状況を聞き回らなくても、必要な対応に集中できます。
進捗が見えると、催促のタイミングや連絡手段を統一しやすく、運用が属人化しにくいです。担当者が変わっても同じルールで回せるため、年末の繁忙期でも対応を一定水準で維持しやすくなります。
控除計算や年調還付の計算を自動化する
従業員が入力した情報をもとに、控除額や年調還付の計算を自動で行えるシステムがあります。担当者は計算の根拠を追う作業が減り、確認に時間を使いやすくなります。
計算を自動化できると、手計算や転記によるミスが起きにくく、修正対応も減り、結果として、給与計算の締め切りに追われる場面を減らせます。
源泉徴収票や各種帳票を自動作成・出力する
年末調整の結果を反映した源泉徴収票や関連帳票を、システム上で作成して出力できるものがあります。手入力で帳票を作る必要が減るため、発行作業の負担を抑えやすいです。
帳票作成を自動化すると、記載ミスや転記ミスが減り、従業員からの再発行依頼も起きにくくなります。電子配布に対応している場合は、印刷や封入の手間も削減しやすいです。
給与計算ソフトや人事労務システムとデータ連携する
年末調整の申告内容や計算結果を、給与計算ソフトや人事労務システムへ連携できると、二重入力を減らせます。データの受け渡しがスムーズになり、年末調整の処理を給与計算へつなげやすくなります。
連携が弱いと、CSVの加工や手入力が増え、ミスの温床になりやすいです。既存システムとの相性を確認しておくと、支障なく運用しやすくなります。
マイナンバーなど機微情報を安全に管理する
年末調整ではマイナンバーや家族情報など、取り扱いに注意が必要な情報が集まります。年末調整システムは権限設定やアクセス制御、操作ログなどを備え、情報管理のルールを日々の運用に組み込みやすくなります。
紙やローカルファイルで管理すると、持ち出しや誤送信、保管ミスといったリスクが残ります。安全な管理体制を整えることで、情報漏えいの不安を減らしつつ、監査や社内説明にも対応しやすくなります。
中小企業が年末調整システムを導入するメリット
年末調整システムは、申告の回収から確認、計算、帳票作成までをひとつの流れで管理しやすくするシステムです。紙やExcel中心の運用で起きやすい手戻りを減らし、限られた人数でも安定して年末調整を回せる状態をつくれます。
紙運用を減らし、回収・確認の工数を削減できる
年末調整の紙運用では、申告書の印刷や配布、回収後の仕分け、転記といった手作業が多く発生しがちです。年末調整システムで申告をオンライン化すると、入力データをそのまま管理できるため、回収や確認にかかる工数を削減しやすくなります。
回収の手間が減ると、担当者は未提出者の特定や督促、問い合わせ対応に追われる場面を減らせます。結果として、年末の繁忙期でも他業務の時間を確保しやすくなり、残業の増加を抑えることにもつながります。
ミスや差し戻しが減り、年末調整の品質が安定する
年末調整では記入漏れや添付漏れ、数字の誤りなどが起きやすく、差し戻しが増えるほど処理が遅れます。年末調整システムには入力不備のチェックやガイド表示が備わっていることが多く、従業員が入力段階で気づけるためミスを減らしやすいです。
差し戻しが減ると、締切直前に修正が集中する状態が起きにくくなります。担当者は例外対応や最終確認に時間を使えるようになり、源泉徴収票の作成や給与計算への反映も予定どおり円滑に進められるようになります。
業務が属人化しにくくなり、担当変更にも強くなる
年末調整を紙やExcelで回していると、管理方法や確認観点が担当者の経験に依存しやすくなります。年末調整システムで手順や進捗管理を仕組み化すると、作業の流れが見える化され、担当者が変わっても同じ運用を再現しやすいです。
属人化が解消されると、引き継ぎで必要な説明が減り、担当変更があっても年末調整の品質が低下しにくくなります。業務が特定の人に集中しにくくなるため、休職や退職などの突発的な変化にも対応可能な体制を整えやすくなります。
中小企業の年末調整システムを選定する際のポイント
年末調整システムは、毎年の運用を前提に選ぶ必要があります。料金だけで判断せず、現場が無理なく回せるか、既存の業務とつながるかまで含めて比較することが重要です。
従業員規模に合う料金体系かを確認する
年末調整システムの費用は、従業員数に応じた従量課金や、利用機能ごとの追加課金など、体系がサービスごとに異なります。中小企業では少人数で始めても、採用や拠点追加で人数が増える可能性があるため、将来の増減に対応できる料金設計が重要です。
具体的には、課金単位が「1人あたり」か「組織単位」かを確認し、年末調整の時期だけ費用が上がらないかも見ておくと安心です。初期費用や最低利用人数、オプション料金の有無まで含めて、年間の総額で比較するのが現実的でしょう。
従業員側の入力しやすさとスマホ対応を重視する
年末調整は従業員の入力が起点になるため、入力画面がわかりにくいと未提出や不備が増えやすくなります。中小企業では現場職やパートなどPCを常用しない従業員もいるため、スマートフォンだけで迷わず申告できる設計が重要です。
チェックするポイントは、入力ガイドの有無や、扶養・保険・住宅ローン控除などの設問が流れに沿って表示されるかどうかです。スマートフォンでの画面表示、添付書類の提出方法、ログインの手間も確認し、従業員が迷わず入力を完了できる導線になっているか確認してください。
入力不備チェックや差し戻しなど運用機能を比較する
年末調整は「集めて終わり」ではなく、不備を直してもらい、期限までに完了させる運用が必要です。入力不備の自動チェックや差し戻し機能が充実しているほど、担当者の確認負担が下がり、締切直前の混乱の発生を抑制しやすくなります。
具体的には、必須項目の未入力や数値形式の誤りを入力時に検知できるかを確認します。差し戻し時のコメント記入、未提出者へのリマインド、進捗の一覧表示が使いやすいかも見ておくと、運用のしやすさを判断しやすくなります。
給与計算・人事労務システムとの連携範囲を見極める
年末調整の申告内容や計算結果は、最終的に給与計算へ反映するため、連携が弱いと二重入力やCSV加工が増えます。中小企業では担当者が少ない分、手作業が残るほどミスや手戻りが起きやすくなるため、既存システムとのつながりを重視する必要があります。
確認したいのは、連携対象が給与計算だけなのか、人事労務の従業員マスタまで含むのかです。連携方法がAPIかCSVか、差分更新ができるか、連携時のサポートがあるかまで見ておくと、導入後の負担を見誤るリスクを減らせます。
セキュリティと法改正対応、サポート体制を確認する
年末調整ではマイナンバーや家族情報などの機微情報を扱うため、情報管理の仕組みが弱いとリスクが高まります。さらに、税制改正や申告書様式の変更が起きても運用を止めないためには、法改正対応のスピードとサポート体制の安定感も重要です。
チェックすべき点は、権限設定やアクセス制御、操作ログ、データの暗号化など、基本的なセキュリティ機能が揃っているかどうかです。法改正時の更新実績や案内のわかりやすさ、問い合わせ方法と対応時間、導入時の設定支援があるかも確認しておくと安心です。
中小企業におすすめの年末調整システム9選
少人数の企業でも導入しやすい年末調整システムを紹介します。ペーパーレス化や進捗管理がしやすく、業務負荷を減らしたい企業に適しています。
SmartHR労務管理
- アンケート形式で申告書作成
- スマホアプリやお知らせ機能で提出を催促
- メッセージとAIで問い合わせ対応
SmartHR労務管理は、アンケート形式で申告情報を入力し、最短3分で書類を提出できる年末調整機能が特徴です。お知らせ機能やスマホアプリのプッシュ通知で申告依頼や差し戻しを知らせて未提出を減らします。
メッセージ機能とAIアシスタントにより、個別確認や問い合わせ対応もスムーズで、給与計算や源泉徴収票作成までデータ連携が可能です。
マネーフォワード クラウド年末調整
- アンケート形式で従業員申告
- 年税額の自動計算と帳票出力
- e‑Tax・eLTAX連携で電子申告
マネーフォワード クラウド年末調整は、従業員がアンケートに答えるだけで申告書を作成でき、管理者向けに控除額や所得額の自動計算機能を備えています。
進捗ステータス管理や差分確認、タグ機能により回収や差し戻しが効率化され、添付画像の確認やコメント共有も可能です。e‑Tax・eLTAXと連携した電子申告や各種帳票出力、従業員へのメール通知や専用ID発行にも対応します。
freee人事労務
- LINEやスマートフォンで簡単入力
- 入力状況をリアルタイム表示
- 転記不要でワンクリック計算
freee人事労務の年末調整機能は、LINEやスマートフォンから一問一答形式で回答するだけで書類を作成できます。必要書類の撮影もできるため、従業員の負担を抑えられます。
管理者は従業員の入力状況をリアルタイムに確認してリマインドを送れます。登録データをもとに自動計算して転記作業をなくします。書類の提出依頼からスマホ入力、書類作成・電子申告までを3ステップで完結でき、他社給与ソフトとのデータ連携にも対応可能です。
オフィスステーション 年末調整
- ボタンひとつで依頼・進捗確認
- 従業員は最短3分14問で完了
- APIやCSV連携で他社ソフト接続
オフィスステーション年末調整は、担当者がボタンひとつで依頼を送り、従業員の回答をPCやスマートフォンで簡単に確認できるクラウド型ソフトです。
従業員は14の質問に答えるだけで申告書が完成します。計算補助により予備知識が不要で、2回目以降は変更箇所のみの対応で済みます。APIやCSVによる他社システム連携機能が豊富で、給与ソフトや勤怠ソフトとのデータ連携が可能な点も魅力です。
PCA Hub 年末調整
- 紙の配布ゼロで申告書を電子化
- 記入ミスの差し戻しと進捗管理が楽
- PCA給与シリーズに連携し転記不要
PCA Hub 年末調整は、PCA給与シリーズにプラスオンする電子化サービスで、紙の配布や回収をなくし申告情報をWeb入力に置き換えます。
ポップアップ解説で前年の申告データを参照しながら入力できるため、変更箇所のみ修正すればよく、ミスを減らします。進捗管理・差し戻し、メールテンプレート機能が充実し、収集したデータはPCA給与シリーズに連携して電子申告まで一貫して処理が可能です。
ジンジャー人事労務
- Web回答で途中保存できる
- 人事データベースから自動作成・帳票出力
- 給与連携とヘルプでミス削減
ジンジャー人事労務の年調収集オプションは、PCやスマートフォンから出てくる質問に「はい」「いいえ」の選択形式で回答するだけでよく、途中保存もできるため従業員の負担を減らせます。
人事データベースと連動した回答画面で情報が自動反映され、回答内容から年末調整書類が自動作成されてPDF出力も可能です。ヘルプメッセージ設定により記入ミスを防止し、収集データをジンジャー給与に連携することで計算まで一気通貫で行えます。
HRMOS年末調整
- 無料で申告書作成・回収・保管
- 回収状況を一覧管理しリマインド
- CSV出力で給与システム連携
HRMOS年末調整は、完全無料で利用でき、申告書の作成・回収・保管をオンラインで完結させるクラウドサービスです。
従業員は質問に答えるだけで申告書が自動作成され、担当者は提出状況をリアルタイムに確認してリマインドや修正依頼ができます。CSV出力により各種給与計算ソフトとデータ連携でき、スマートフォンやPCから操作できるので初めてのペーパーレス化にも適します。
奉行Edge 年末調整申告書クラウド
- Web提出依頼と電子データ回収
- 提出状況管理と催促・差し戻し機能
- 申告書出力と給与奉行連携
奉行Edge 年末調整申告書クラウドは、法改正に対応した年末調整申告書をWeb上で配布・回収できるサービスです。
提出状況確認や催促通知、差し戻しなどの機能により、進捗管理が効率化され、書類の内容確認もブラウザ上で行えます。申告書データを出力して給与奉行シリーズと連携でき、法定調書クラウドやマイナンバークラウドと組み合わせて業務全体を自動化できます。
ジョブカン年末調整
- アンケート形式で申告書作成
- 税額計算や源泉徴収票自動作成
- ステータス一覧やTodoリストで進捗管理
ジョブカン年末調整は、アンケート形式の質問に答えるだけで申告書が自動作成され、提出期限の設定やリマインド機能で回収を電子化します。
過不足税額を自動計算し、源泉徴収票の作成や給与システムへの反映をワンクリックで行えるため、計算ミスや転記作業をなくせます。ステータス一覧やTodoリストで進捗とタスクを可視化し、CSV出力で他の給与ソフトとも連携可能です。
システムで中小企業の年末調整の課題を解決
中小企業の年末調整は、申告書の回収や不備対応が重なり、年末の限られた時間を圧迫しやすい業務です。年末調整システムを使えば、申告の回収から確認、進捗管理までをオンラインで進められ、担当者の手作業や差し戻しを減らせます。
今回紹介した以外にも、年末調整の進め方や従業員規模により、合うサービスはさまざまです。より自社に合うシステムを比較したい方は、次のボタンから、年末調整システムの資料をまとめてダウンロードしてください。
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