在庫管理システムの費用相場と料金比較・おすすめサービス

在庫管理システムには多くの種類があり「どれを選べばいいか」迷いますよね。後から知ったサービスの方が適していることもよくあります。導入の失敗を避けるためにも、まずは各サービスの資料をBOXILでまとめて用意しましょう。
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在庫管理システムの費用相場

在庫管理システムの費用相場は、初期費用は0円〜90万円程度、月額費用は980円〜10万円程度と非常に幅が広いです。この目安は、主要な在庫管理システム36サービスの料金を調査し、公開されている最も安い価格帯をもとに算出しています。

ただし、実際の料金は各ツールのプラン内容や提供される機能によって異なります。また、企業ごとの要望や課題によっては、別途見積もりが必要となる場合もあります。そのため、気になるサービスについては公式サイトから見積もりや相談を依頼することをおすすめします。

【調査】在庫管理システム36サービスの費用・料金比較表

主要な在庫管理システム36サービスの初期費用と月額費用を調査。公式サイトに記載がないサービスを除くと、次のような傾向が見られました。

• オールインワン型とECサイト・通販特化型は、最安値が10万円以内のサービスが多い
• 製造業特化型は、初期費用が600,000円程度〜。サービスによっては要問い合わせのケースも多い
• 小規模企業向けは、初期費用0円で導入できる手軽なプランが中心
• いずれのタイプでもアカウント数、導入規模、機能の範囲などによって料金が変動する

オールインワン型17サービスの料金表

オールインワン型は、在庫・販売・受発注などの複数業務を一元管理できるタイプです。機能が多く、システム全体のカスタマイズ性も高いため、導入支援や運用サポートの有無によって費用が大きく変わります。

ECサイト・通販特化型10サービスの料金表

ECサイト・通販特化型は、複数のECモールやカートと在庫を自動連携できるタイプです。出荷件数やモール数などの取扱規模に応じて月額費用が変動するケースが多く、従量課金制を採用するサービスもあります。

製造業特化型4サービスの料金表

製造業特化型は、生産管理や原価計算と連携しながら部品・材料を管理できるタイプです。製造ラインとのシステム連携や工程管理などを含むため、導入時の構築費用やカスタマイズ範囲によって価格が大きく変わります。

小規模企業向け5サービスの料金表

小規模企業向けは、低コストで基本的な在庫管理機能を利用できるシンプルなタイプです。ユーザー数や追加機能の有無によって料金が変わりますが、多くのサービスが初期費用無料で、導入しやすい仕組みになっています。

在庫管理システムの料金モデル

在庫管理システムには大きく3つの料金モデルがあり、それぞれおすすめの企業や利用規模が異なります。

1. アカウント数課金モデル

「1ユーザーあたり月額〇円」といった、アカウント数に応じて料金が変わるモデルです。

クラウド型の在庫管理システムに多く見られ、利用者数が増えるほど総コストが上がりますが、ユーザー単価が段階的に割安になるケースもあります。中小企業や複数拠点で利用する企業に適した柔軟な課金方式です。

2. 機能・プラン別課金モデル

提供される機能の範囲によって料金が変わるモデルで、基本機能だけのプランから多機能プランまで段階的に選べる仕組みです。

受発注・販売・生産など、どの業務範囲をカバーするかによって価格が変動します。業務拡大に合わせて上位プランへアップグレードしやすい点が特徴です。

3. 導入・構築費用型モデル

初期導入時にシステム構築やカスタマイズ費用が発生するモデルです。

特に製造業向けやオールインワン型のシステムに多く、業務フローに合わせた設定や基幹システムとの連携などを行うため、初期費用が高くなる傾向にあります。大企業や長期運用を前提とした導入に向いています。

在庫管理システムの費用内訳

在庫管理システムの費用は、初期費用と月額費用（または年額費用）の2つが基本で、さらに必要に応じてオプション費用が発生します。

初期費用

初期費用は無料で導入できるサービスもありますが、データ移行・在庫マスタの登録・システムの初期設定などをベンダーに依頼する場合は別途料金がかかります。

製造業向けやオールインワン型のように、基幹システムや販売管理と連携するタイプでは、導入時にカスタマイズ費用が発生するケースもあります。コストを抑えたい場合は、自社で初期設定を行う体制を整えるのが有効です。

月額費用・年額費用

月額費用（または年額費用）は、アカウント数や在庫拠点の数、利用機能の範囲によって変動します。たとえば、EC連携や自動発注などの追加機能を利用する場合や、ユーザー数が増えるほど料金が上がる傾向にあります。

また、クラウド型ではデータ保存容量やサポート内容によってプランが分かれていることも多く、自社の運用規模に合わせて最適なプランを選ぶことが重要です。

【注意】見落としがちな追加オプション

在庫管理システム導入時、初期費用と月額利用料だけで予算を組んでしまうと、予想外の追加コストが発生して驚くことがあります。実際に運用を始めてから「こんな費用も必要なのか」と困ることがないよう、見落としやすい追加オプションについても事前に確認しておきましょう。

費用対効果が高い在庫管理システム14選

在庫管理システムのなかでも費用対効果が高いおすすめのツールを紹介します。各ツールの特徴や詳しい料金プランなどを解説しているので在庫管理システム選びの参考にしてください。

クラウドトーマス

クラウドトーマス

株式会社関通

4.00 3件の口コミ

クラウドトーマスの詳細を見る

クラウドトーマスは、在庫管理をはじめ、入出庫管理やマスタ管理、棚卸管理など、物流現場で必要となる幅広い機能を搭載した在庫管理システムです。BtoC、BtoB問わず、 アパレルや食品、化粧品など、さまざまな分野の在庫管理に対応しています。

SIMカードを用いた運用のため、倉庫のWi-Fi工事が不要です。

また、アプリ版のシステムのため、スマートフォンでの操作が可能です。さらに、スマートフォン端末にスキャナを接続することでハンズフリー作業にも対応しており、必要に応じてハンディターミナルも利用できます。運用に最適な方法で導入が可能です。

クラウドトーマスの料金プラン・価格

mylogi

mylogi

アートトレーディング株式会社

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mylogi は、商品管理から受注、出荷、在庫管理、配送までまとめて管理できるEC特化の物流システムです。

カートシステムやモールシステム、受注システムと連携でき、複数のECサイトの在庫管理も可能です。

小規模や小ロットの在庫管理、多色展開や多サイズの商品管理にも対応できるため、アパレル商品の管理に最適です。
物流システムならではのバーコード管理機能を搭載しているのもポイントです。

mylogiの料金プラン・価格

LOGILESS

LOGILESS

株式会社ロジレス

4.64 14件の口コミ

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LOGILESSは、受注、在庫、出荷を管理できるEC自動出荷システムです。ひとつのシステムで受注から出荷までを管理、自動化でき、日々の出荷オペレーションを、ほぼ自動化された状態で実現できます。

倉庫事業者への在庫状況の確認、品薄商品の把握、売上状況に応じて、倉庫への指示出しが可能です。セット商品マスタの登録や賞味期限管理などにも対応し、アパレルや食品、美容などのEC事業で導入実績があります。

LOGILESSの料金プラン・価格

SKit FLEXi

SKit FLEXi

株式会社エヌ・ティ・ティ・データ・セキスイシステムズ

0.00 0件の口コミ

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SKit FLEXiは、販売・仕入・在庫管理・会計・情報分析など幅広い機能で構成されたERPです。導入開発から運用保守まで対応します。

中堅規模の企業や卸売業を中心に導入実績が多く、あらゆる資材の在庫管理を行えます。個別カスタマイズに対応し、事業規模の拡大や変化にも柔軟に対応できます。

SKit FLEXiの料金プラン・価格

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zaico

zaico

株式会社ZAICO

4.59 17件の口コミ

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zaicoは、シンプルな操作で在庫管理から入出庫管理、棚卸などが行える在庫管理アプリです。製造業や卸売業をはじめ、さまざまな業界の在庫管理の効率化をサポートします。

操作が簡単なため、初心者でも扱いやすく、導入や定着もスムーズに進みます。業務の属人化を解消し、発注管理における人的ミスや欠品の削減、機会損失の防止に寄与します。

入庫や出庫の記録は、スマートフォンでスキャンまたは登録するだけで完了するため、在庫管理にかかる工数を大幅に削減できます。

zaicoの料金プラン・価格

スマートＦ

スマートＦ

株式会社ネクスタ

4.78 36件の口コミ

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スマートFは、豊富な機能と幅広い連携機能であらゆる現場に対応できる柔軟性が特徴の在庫管理システムです。

バーコードとハンディによる在庫管理で、入出庫記録や棚卸しをミスなく行えます。また、発注機能や生産管理、品質管理など必要に応じて連携でき、拡張性にも優れています。

現場理解のある担当者による改善ノウハウの提案や業務改善の運用サポートによって、現場の業務フローや課題の改善が図れます。

スマートFの料金プラン・価格

AnyX

AnyX

AnyMind Japan株式会社

4.00 1件の口コミ

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AnyXは、複数のECチャネルを一元管理できるECマネジメントプラットフォームです。

ECモールや自社ECサイトなど複数の販売チャネルの在庫の入出庫、棚卸や発注、見積もりなどの業務を自動化・効率化できます。

商品別・バリエーション別に粗利・限界利益を含むレポートの自動生成を行え、商品力を正確に分析し適正な利益確保が期待できます。

また、収益と注文状況からクロス分析を行えたり、モール内広告の運用管理を行えたりと、EC運営に必要な機能が網羅されています。

AnyXの料金プラン・価格

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ロジクラ

ロジクラ

株式会社ロジクラ

5.00 1件の口コミ

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ロジクラは、在庫管理や発送業務を効率化する在庫管理システムです。外出先からでもリアルタイムで在庫数の確認ができ、急な在庫確認にも対応できます。

アプリを使用することで、ピッキングやバーコード検品の効率化が可能です。また、アプリ上で追跡番号のスキャンや出荷確定、出荷ステータスの細かな設定ができ、出荷漏れやミスの発生を防止します。

ロジクラの料金プラン・価格

ネクストエンジン

ネクストエンジン

4.00 5件の口コミ

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ネクストエンジンは、複数のネットショップ・ECを一元管理するツールです。

受注処理や在庫管理などの煩雑な作業を自動化することで、本来取り組むべきマーケティングやクリエイティブな業務に時間を充てられるよう、豊富な機能が搭載されています。

アプリで機能のカスタマイズや追加が行えるほか、カートや倉庫連携システム、POSシステム、CRM、決済システムなどとシステムと連携が可能です。EC運営の課題を解決し、自動化や効率化をサポートします。

ネクストエンジンの料金プラン・価格

ロジザードZEROは、BtoC・BtoB物流に対応したクラウド型倉庫管理システムです。

倉庫管理機能のひとつとして、在庫管理機能を利用できます。20年以上

の物流ノウハウと工夫を凝らした機能により、在庫の入出庫や棚卸、発注や見積もりなどの業務の自動化・効率化を促します。

在庫管理では、リアルタイムの在庫状況の把握や自動化された発注プロセスで、ミスや機会損失を防ぎ、業務効率の向上が期待できます。

周辺システムとの連携実績が豊富で、カートシステム、受注管理システム、ERPのほか、後払いサービスやオムニチャネル、分析ツールなど幅広くシステム連携が可能です。

※出典：ロジザード「 クラウドWMSならロジザードZERO｜倉庫管理システムの決定版 」（2025年12月5日閲覧）

ロジザードZEROの料金プラン・価格

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COOOLa

COOOLa

株式会社ブライセン

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COOOLaは、物流・倉庫業務の生産性を高めるクラウド型倉庫管理システムです。

設計から開発までをすべて自社で手がけることで、高品質で使いやすいソフトを実現しています。

柔軟なカスタマイズ性と充実のサポート体制で、業務に最適な機能をカスタマイズできるほか、導入後も専門スタッフが現場へ訪問してサポートするなど手厚い対応が特徴です。

送り状の発行やBIツール機能、物流の画像検品システムなどのオプション機能が充実しており、必要に応じて導入できます。

COOOLaの料金プラン・価格

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FLAM

FLAM

株式会社フリップロジック

4.45 11件の口コミ

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FLAMは、販売・仕入・在庫の一元管理ができる在庫管理システムです。

販売管理の基本的な機能に加えて、セット商品の登録やサブスクリプション制の管理、伝票メールの送信など効率的な業務を行うためのあらゆる機能が備わっています。

また、徹底的な不正アクセス防止と通信データの暗号化、定期的な第三者監査機関によるテストの実施など、一切妥協のない強固なセキュリティ体制を構築しています。

FLAMの料金プラン・価格

高機能クラウドPOSレジ「スマレジ」

高機能クラウドPOSレジ「スマレジ」

株式会社スマレジ

4.12 17件の口コミ

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高機能クラウドPOSレジ「スマレジ」は、iPadで利用できる高機能なクラウド型POSレジです。

在庫管理機能は、実店舗だけでなく複数のECサイトからの受注情報も自動で取り込み、すべての在庫をリアルタイムで一元管理できます。

バーコードリーダーを使った効率的な棚卸、発注ミスの軽減、店舗間移動、仕入れ・出荷履歴の詳細管理を実現します。

ECサイト連携やAPIによる高度な在庫情報連携で、多様な業種における業務効率の大幅な向上が期待できます。従来の高価な専用端末ではなくiPadを活用するため、低コストでの導入が可能です。

高機能クラウドPOSレジ「スマレジ」の料金プラン・価格

nanco

nanco

株式会社Ｎ　ｓｋｅｔｃｈ

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nancoは、スマホアプリで簡単に在庫管理ができる小規模事業者向け在庫管理サービスです。

クラウド同期により、複数拠点の在庫状況もリアルタイムで一元管理できます。

アイテム情報の項目を自由にカスタマイズできるため、業務に合わせた詳細なデータ管理を実現し、効率的な在庫把握と分析を支援します。

nancoの料金プラン・価格

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費用対効果の高い在庫管理システムを導入しよう

在庫管理システムは、在庫管理に関する業務を効率化するツールです。在庫管理システムを導入する際には、費用だけでなく、業種や規模に合った導入形態であるか、必要な機能が備わっているか、他システムと連携できるかなども重要なポイントです。

予算やニーズに合わせて、費用対効果の高い在庫管理システムを導入しましょう。