中小企業におすすめマイナンバー管理システム10選|導入メリットと選び方

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【比較表】マイナンバー管理システム

中小企業のマイナンバー管理は、年末調整のたびに回収漏れや確認作業が膨らみ、保管ルールも属人化しがちです。本記事では、マイナンバー管理システムにより、中小企業の業務がどう変わるのか、導入メリットや選定ポイントとあわせて解説。SmartHRやfreeeなど中小企業におすすめの10製品も紹介します。マイナンバー管理の安全性と効率化を両立したい企業に役立つ内容です。

【30秒で分かるこの記事の結論】
・マイナンバーの紙・Excel管理は紛失・漏えいリスクが高く、廃棄ルールなどの運用も属人化しやすい
・システム導入では、「スマホでのオンライン収集」と「アクセス権限・ログ管理」で安全と効率を両立
・中小企業向けマイナンバー管理システムのおすすめは「SmartHR労務管理」「freee人事労務」「マネーフォワード クラウドマイナンバー」など

マイナンバー管理システムには多くの種類があり「どれを選べばいいか」迷いますよね。後から知ったサービスの方が適していることもよくあります。導入の失敗を避けるためにも、まずは各サービスの資料をBOXILでまとめて用意しましょう。
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目次

中小企業が抱える年末調整の課題

年末調整では、従業員から必要書類を集め、内容を確認し、期限内にミスなく処理する必要があります。中小企業は担当者が少なく、制度変更や個別対応も重なりやすいため、手作業中心の運用だと負荷が一気に高まってしまうでしょう。

この負荷を放置すると、回収遅延や入力ミスが増え、修正対応に追われる可能性があります。結果として、給与計算のやり直しや従業員対応が発生し、繁忙期の業務が回らなくなるおそれもあります。

紙やExcel運用で回収漏れと確認作業が増えやすい

紙の申告書やExcelで年末調整を進めると、提出状況の把握や記入漏れの確認を担当者が都度行う必要があります。従業員の勤務形態が多様だと配布や回収が遅れやすく、ファイルの版管理も絡んで確認作業が増えがちです。

回収漏れを放置すると、締め切り直前に未提出者へ個別連絡が集中し、処理が後ろ倒しになります。記入不備が残ったまま進めると差し戻しが増え、結果として年末調整が間に合わないリスクも高まるでしょう。

マイナンバーの保管方法が属人化し、管理ルールが徹底しにくい

マイナンバーは取り扱いルールが厳しく、保管場所や閲覧手順を明確にして運用する必要があります。中小企業では、担当者の経験に頼って運用が組み立てられやすく、ルールが文書化されないまま属人化することがあります。

属人化を放置すると、担当者の不在や退職時に引き継ぎが進まず、管理が崩れてしまうでしょう。保管のしかたが従業員や拠点でばらつくと、誤って閲覧範囲が広がったり、保管期限の管理が漏れたりするおそれもあります。

参照権限や廃棄手順が曖昧で、監査・事故対応に不安が残る

マイナンバー管理では、誰がいつ参照できるかを絞り、不要になった情報は適切に廃棄する運用が欠かせません。紙や共有フォルダ中心の運用だと、閲覧権限の設計や廃棄の手順が曖昧になり、証跡を残しにくい傾向があります。

運用の曖昧さを放置すると、万一の漏えい疑いが起きた際に、参照履歴や保管状況をすぐに説明できない可能性があります。結果として、社内調査や関係者への説明に時間がかかり、企業としての信頼低下につながるリスクも無視できません。

マイナンバー管理システムの導入で中小企業ができること

マイナンバー管理システムを導入すると、収集から保管、運用管理までの流れを整理しやすくなります。中小企業でも少人数体制のまま、安全性と業務効率の両方を高められるでしょう。

マイナンバーの収集をオンラインで完結し、入力ミスを減らす

マイナンバー管理システムでは、従業員がスマートフォンやPCからマイナンバーを提出できるため、回収をオンラインで完結できます。手書きの読み取りや転記が減るので、数字の打ち間違い、桁不足、別人の情報入力といったミスが起きにくくなります。

入力ミスが減らないままだと、確認や差し戻しの工数が増え、年末調整の繁忙期に処理が滞りやすいでしょう。誤った番号を保管してしまうと修正対応が長引き、本人確認や再提出の連絡も増えて現場が疲弊しがちです。

暗号化やアクセス制御で安全に保管し、閲覧履歴も残す

マイナンバー管理システムは、保存データの暗号化やアクセス制御などの仕組みによって、情報を守りやすくします。誰がいつ閲覧したかを履歴として残せるため、運用の透明性を確保しやすい点も重要です。

安全な保管の仕組みがない状態だと、紙の紛失や共有フォルダでの誤共有など、漏えいにつながる経路が増えます。閲覧履歴が追えないと、疑いが生じた際に範囲特定が遅れ、社内調査や説明対応の負担が大きくなります。

必要な担当者だけが必要な期間だけ参照できる権限設計にする

マイナンバー管理システムでは、担当業務に応じて閲覧や操作の権限を細かく設定できる場合があります。参照できる担当者と参照期間を絞り、必要最低限の取り扱いに寄せた運用を組み立てやすくなるでしょう。

権限設計が曖昧だと、関係のない社員まで閲覧できる状態になり、情報管理の前提が崩れます。人の入れ替わりが多い組織ほど権限の棚卸しが追いつかず、いつの間にか不要な権限が残るリスクも高まります。

年末調整や給与計算、労務システムと連携して二重入力を減らす

マイナンバー管理システムが年末調整や給与計算、労務システムと連携できると、同じ情報を複数の台帳に入力する手間を減らせます。担当者が転記する回数が減るため、入力ミスの抑制や処理スピードの向上も期待できます。

連携がない状態だと、同じ従業員情報を複数のシステムに入力することになり、更新漏れや不整合が起きやすくなります。不整合が増えると確認作業に時間が取られ、給与計算のやり直しや問い合わせ対応が発生する可能性があります。

提出依頼やリマインドを自動化し、回収状況を可視化する

マイナンバー管理システムでは、提出依頼の通知や未提出者へのリマインドを自動で送れます。提出状況が一覧で確認できるため、誰の提出が滞っているかを担当者が把握しやすくなります。

リマインドが手作業のままだと、連絡漏れや二重連絡が起きやすく、従業員側の不満にもつながりかねません。回収状況が見えないまま締め切りが近づくと、最後に業務が集中し、ミスや残業が増えやすくなります。

保管期限に合わせて廃棄・削除を運用に組み込み、証跡も残す

マイナンバー管理システムでは、保管期限を意識した運用を組み立てやすく、廃棄や削除の手順をルール化しやすくなります。削除の実施記録や操作履歴が残ると、社内監査や外部からの確認にも対応しやすくなります。

廃棄手順が曖昧なままだと、不要になったマイナンバーを保管し続ける状態になり、リスクだけが積み上がります。証跡が残らない運用では、適切に管理していたことを説明しにくく、万が一のトラブル時に対応が長引くおそれがあります。

中小企業がマイナンバー管理システムを導入するメリット

中小企業がマイナンバー管理システムを導入すると、年末調整で発生しがちな手作業を減らしながら、情報管理の安全性も高めやすくなります。

少人数体制でも運用を回しやすくなり、担当者交代や事業拡大にも備えやすい点がメリットです。

回収から確認までの手間を減らし、年末調整の繁忙期を乗り切りやすい

マイナンバー管理システムを使うと、従業員の提出から担当者の確認までをオンラインでつなげられるため、回収・確認の手間をまとめて減らせます。
提出状況が一覧で見えたり、入力チェックが働いたりすることで、差し戻しや個別連絡が増えにくくなるでしょう。

担当者は未提出者の洗い出しや記入漏れチェックに追われにくくなり、締め切り直前の混乱が軽減されます。結果として、年末調整と給与計算のスケジュールが立てやすくなり、繁忙期でも処理が滞りにくい状態へ近づくでしょう。

漏えいリスクを下げ、担当者の心理的負担も軽くなる

マイナンバー管理システムは、暗号化やアクセス制御、閲覧履歴などの機能で、紙や共有フォルダ運用より安全性を高めやすい仕組みです。「誰が触れたか」「どこに保存されているか」を把握しやすくなるため、情報が散らばりにくいことがリスク低減につながります。

保管場所や取り扱いが明確になると、担当者は紛失や誤共有への過度な不安を抱えたまま作業する状況から脱しやすくなります。万が一の問い合わせや内部確認が入っても、履歴や権限設定を根拠に説明できるため、対応に追われる不安も軽くなるでしょう。

運用ルールを標準化でき、引き継ぎや拠点展開にも強くなる

マイナンバー管理システムを導入すると、収集方法、参照範囲、保管期限、廃棄手順といった運用ルールを仕組みとして固めやすくなります。担当者の経験に頼らず、権限や手順をシステム上で統一できるため、運用のばらつきが出にくいことが理由です。

担当者が変わっても、決めたルールに沿って同じ手順で作業できるようになり、引き継ぎの負担が小さくなります。拠点や従業員が増えた場合も、同じ運用を横展開しやすく、管理の品質を保ったまま事業規模を拡大しやすくなるでしょう。

中小企業のマイナンバー管理システムを選定する際のポイント

マイナンバー管理システムは「安全に扱えること」と「現場で運用できること」の両方が欠かせないため、機能の多さだけで選ぶと導入後にギャップが出やすいです。

中小企業は担当者が限られている分、運用負荷とリスクを同時に下げられるかを軸に比較すると、失敗を避けやすくなります。

収集方法が自社に合うか

マイナンバーの収集方法は、回収の手間とミスの発生率を左右するため、最初に確認したい重要ポイントです。従業員の働き方が多様だと、紙配布や対面回収が難しくなり、未提出対応が増えて年末調整の手続きが滞りやすくなります。

具体的には、スマートフォンやPCから提出できるか、本人確認の流れが用意されているか、未提出者へのリマインドができるかを確認すると安心です。拠点勤務やアルバイトが多い場合は、社外からの提出可否や、提出手順のわかりやすさまで見ておくと運用がスムーズです。

保管の安全性とアクセス権限の細かさを確認する

マイナンバーは漏えい時の影響が大きい情報なので、保管の安全性と、閲覧できる人を絞れる仕組みが重要です。紙や共有フォルダの延長のような運用だと、誤共有や紛失が起きやすく、管理状況を説明できない不安も残ります。

具体的には、暗号化の有無、アクセス権限を役割別に設定できるか、閲覧・ダウンロードを制御できるかをチェックしてください。加えて、権限の棚卸しを行いやすい管理画面か、退職者や異動者の権限変更が簡単かも確認しておくと安心です。

証跡管理と監査対応のしやすさで選ぶ

万が一のトラブル時や社内監査では「誰がいつ何をしたか」を示せるかが重要になり、証跡が残る仕組みが判断材料になります。証跡が残らない運用では、漏えいの疑いが起きた際に原因特定が遅れ、説明対応が長引く可能性が高いです。

具体的には、閲覧履歴や操作ログを記録できるか、ログを検索・出力できるか、一定期間のログ保管に対応しているかを確認しましょう。保管期限に沿った削除や廃棄の記録が残せるかも合わせて見ておくと、監査対応が一段としやすくなります。

連携できる業務システムと運用の流れを見ておく

マイナンバー管理は年末調整や給与計算、労務手続きとつながっているため、連携のしやすさが運用負荷を大きく左右します。連携が弱いと二重入力や転記が残り、入力ミスやデータ不整合が起きやすく、担当者の修正対応も増えがちです。

具体的には、利用中の給与計算ソフトや労務システムと連携できるか、APIやCSV連携の範囲はどこまでかを確認してください。あわせて、マイナンバーを参照する業務が何かを洗い出し、収集から利用、廃棄までの流れに無理がないかも見ておくと安心です。

料金体系とサポート範囲が中小企業の体制に合うか

マイナンバー管理システムは、初期費用や月額費用だけでなく、利用人数の増減やオプション追加で総額が変わる場合があります。中小企業では専任担当が置けないことも多く、導入後に困ったときに相談できるサポート体制があるかどうかが、運用の安定につながるポイントです。

具体的には、課金単位が1ユーザーなのか従業員数なのか、最低契約数や最低利用期間があるか、オプションで必要機能が増えないかを確認しましょう。
サポートは、対応時間、問い合わせ方法、導入支援の有無に加え、設定変更や権限設計の相談にどこまで乗ってくれるかもチェックすると安心です。

中小企業におすすめマイナンバー管理システム10選

厳格な管理が求められるマイナンバーに対応した、使いやすいクラウド型システムを紹介します。従業員数が少ない中小企業にも適した機能を備えたサービスです。

  • 従業員が入力または管理者登録可能
  • 閲覧履歴や監査ログを記録
  • 安全に収集・保管し書類出力

SmartHR労務管理のマイナンバー機能では、従業員または管理者が番号を登録・修正でき、登録状況や内容を確認できます。閲覧履歴やダウンロード履歴、削除履歴を記録し、年末調整書類への出力も可能です。

管理者が代理登録できるため従業員の手間を減らせます。必要に応じて番号のダウンロードや削除ができ、更新履歴も残ります。監査対応のための操作ログが充実しており、安全に収集・保管できる点が魅力です。

  • クラウドで収集から廃棄まで完結
  • 無料プランから始められて、低価格
  • 256ビット暗号化通信とアクセス制御

freee人事労務は、マイナンバーの収集から保管、利用、廃棄までをインターネット上で完結できるクラウド型サービスです。無料プランがあり、有料プランも月額2,600円からと低コストで利用できます。

メールで提出依頼を送ると従業員はPCやスマートフォンから登録できます。256ビットSSL暗号化通信やファイアウォールなど金融機関レベルのセキュリティ対策で安心して利用できます。履歴ログやアクセス権限を細かく管理でき、給与計算ソフトと連携してCSV出力や自動反映が行えます。

  • スマホ撮影やワンタイムパスで収集
  • 暗号化と二段階認証で厳重管理
  • 利用ログ自動記録と給与連携

マネーフォワード クラウドマイナンバーでは、本人確認をスマホ撮影で行い、ワンタイムパスワードで取引先や株主からも番号を収集できます。256bit SSL暗号化通信と二段階認証による厳重な管理体制を敷いており、運営スタッフも金融機関出身者が中心のため安心して利用できます。

利用履歴を自動収集してシステム上に保管し、マネーフォワード クラウド給与と連動することで源泉徴収票などの法定調書へ印字が可能です。クラウド上で安全に保管し、保管期限を過ぎた番号は簡単な操作で廃棄できます。

  • 収集から廃棄まで一括管理
  • WAFや二要素認証など高セキュリティ
  • 社労士や税理士と安全に共有

オフィスステーション 労務は、番号の収集・利用・廃棄をひとつのシステムで行えるオールインワン型です。複数のファイアウォールやWAF、ランダムコードによる二要素認証を採用し、ISO 27001と27018の認証を取得するなど金融機関レベルのセキュリティを備えています。

通信とデータは暗号化され、クラウドでバックアップ不要の運用が可能です。社労士や税理士とデータを共有する仕組みが用意され、外部専門家との連携も安全に行えます。

  • 従業員・扶養家族の番号を収集管理
  • 管理者が直接入力や一括CSV取込可能
  • 年末調整や給与モジュールと連動

ジョブカン労務HRは、従業員や扶養家族のマイナンバーを収集・管理できます。ジョブカンの給与計算や年末調整モジュールと連携して番号を自動反映。管理者が直接入力するほか、一括CSV登録やメールによる提出依頼が行え、従業員の提出状況を確認して差し戻しも可能です。

従業員への連絡やリマインドを簡単に行えるので、未提出者への対応が効率化します。マイナンバーはジョブカン内で安全に保管され、年末調整や給与計算の帳票作成をスムーズにします。

  • Web提出と代理登録に対応
  • ステータス管理と本人確認を一画面で行える
  • 外部システム連携と履歴記録・完全削除

奉行Edge マイナンバークラウドは、メールで提出依頼を送信し、従業員や支払先がPCやスマートフォンから番号を登録できるほか、管理者による代理入力も可能です。

提出状況の自動記録や未提出者のリスト化、本人確認や差し戻しを一画面で行え、分割暗号化したAzure環境で安全に保管します。CSV出力やAPI連携で基幹システムとつながり、利用や削除の履歴を自動記録し、保管期間経過後はワンクリックで完全に削除できます。

マイナクラウド

  • スマホ収集や連続登録ツール
  • AES暗号化と二要素認証
  • 操作ログ自動保存と権限設定

マイナクラウドは、スマートフォンから番号を提出でき、複数人の番号をまとめて登録できる連続登録ツールが用意されています。通信と保存データをAES暗号化し、二要素認証でアクセスを制限するなど、警備会社SECOMのセキュリティ基準を採用しています。

月額1,000円から導入できる低コストが魅力で、操作ログを自動保存し、税理士や社労士との共有用に権限を細かく設定できるのも特徴です。

MJSマイナンバー

  • ガイドライン準拠の安全運用
  • クラウド・オンプレミス・BPOが選択可能
  • 他のMJSソフトと連携可能

MJSマイナンバーは、特定個人情報の取り扱いに関するガイドラインに準拠したマイナンバー管理システムで、安全性と効率性を両立させています。

オンプレミス版・クラウド版・BPO版が用意され、利用規模や運用体制に応じて選択可能です。MJSの財務・税務ソフトと連携してデータを一元管理できます。ガイドラインに沿った運用ルールが実装されているため、安心して導入できる点が特徴です。

フリーウェイマイナンバー

  • 収集から廃棄までオンライン完結
  • 従業員20名まで無料、以降も低価格
  • AWS採用で暗号化保管と権限制限

フリーウェイマイナンバーは、個人番号の収集・保管・利用・廃棄を効率化するクラウドサービスです。従業員20名まで初期費用0円・月額0円、21名以上でも月額1,980円で利用できます。収集から廃棄までインターネット上で完結し、紙ベースの手間やコストの削減が可能です。

マイナンバーはAWSのクラウド環境で暗号化して保管され、権限を付与された管理者のみ閲覧でき、利用履歴も残ります。従業員がPCやスマートフォンから番号と本人確認書類を提出でき、退職時には廃棄予定日とアラートを設定して削除漏れを防ぎます。

JDL IBEXクラウド組曲Major マイナンバー管理

  • 担当者や保存期間を設定して権限管理
  • 収集シートや通知文を作成できる
  • 入力・OCR・CSVなど多様な登録方法

JDL IBEXクラウド組曲Major マイナンバー管理は、各ソフトウェアと連携しながら個人番号を一括管理するシステムです。会計事務所や顧問先企業の環境に合わせて収集・登録ができます。
個人番号を扱う担当者や権限、保存期間を設定してアクセスを制御でき、収集シートや通知文も簡単に作成できます。

個人番号は入力・OCR読み取り・既存システムからの取り込み・CSVファイルなど多様な方法で登録可能。保存期間が過ぎたデータを条件指定で一括削除できます。操作履歴や参照履歴を管理資料として出力できるため、監査対応にも役立ちます。

システムで中小企業のマイナンバー管理の課題を解決

中小企業のマイナンバー管理は、紙やExcelで回そうとすると、回収漏れや確認作業が増えやすく、保管ルールも属人化しがちです。情報の参照範囲や廃棄手順が曖昧なままだと、監査やトラブル時に説明が追いつかず、担当者の負担も大きくなります。

マイナンバー管理システムを活用すれば、収集をオンラインで完結させ、暗号化やアクセス制御で安全に保管し、履歴も残せます。年末調整や給与計算などと連携できるサービスなら二重入力も減り、繁忙期でも無理のない運用に近づくでしょう。

今回紹介した以外のマイナンバー管理システムを広く比較したい方は、次のボタンから資料をまとめてダウンロードしてみてください。選定の手間を減らしながら、自社に合うサービスを効率よく見極められます。

マイナンバー管理システム選び方ガイド

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