勤怠管理システムとは？機能や導入のメリット・デメリット、事例を紹介

「勤怠管理システムについて知りたいけれど、長い文章を読む時間がない…」方は、勤怠管理システムの概要がわかる解説動画をご覧ください。勤怠管理システムのメリットや機能が、音声と映像で簡単に把握できます。

勤怠管理システムとは

勤怠管理システムは、従来タイムカードとExcelで行っていた社員の勤務時間管理を自動化・効率化するシステムです。

ICカードや生体認証システムを使うことで、入力や報告の手間を省き、正確な勤怠管理が可能です。また、勤怠管理に関する法改正があった際には、法律を厳守した管理ができるよう自動アップデートに対応しているものもあります。

近年は新型コロナウイルス感染症の流行を受けて、出勤打刻と同時に体温測定ができる打刻機など、安全かつ正確な勤務時間管理が可能な勤怠管理システムも増えています。

勤怠管理業務の課題

紙の書類やExcelへの転記が続くと、二重入力や入力漏れが起きやすくなり、差し戻し対応に追われる状況が生まれます。月末の集計を人力でこなす負担も大きく、担当者の残業が常態化するケースも少なくありません。

また、残業の上限規制や割増賃金の判断を手作業で行うと、担当者の判断に依存しやすくなります。結果、抜け漏れが起きやすく、法改正への対応や監査時の確認に不安が残ることが課題になります。

厚労省の調査^※では、長時間労働が疑われる事業場の監督指導で42.4%に違法な時間外労働が見つかりました。さらに、そのうち48.7%が月80時間超であり、勤怠管理そのものが整備されていない、あるいは運用が不十分な企業が相当数にのぼると考えられます。

※出典:厚生労働省「長時間労働が疑われる事業場に対する令和６年度の監督指導結果を公表します｜厚生労働省」（2025年12月1日閲覧）

勤怠管理システムの導入で実現できること

勤怠管理システムを導入すると、勤怠集計や申請処理の自動化によって業務の効率化が可能です。紙書類を使わずに管理できるため、ペーパーレス化も進みます。
さらに、労働時間の把握や法改正への対応がしやすくなり、労務管理を安定させられます。法令遵守に向けた体制づくりにも役立つ仕組みです。

業務効率化とペーパーレス化

業務効率化とペーパーレス化を実現できる点は、勤怠管理システムを導入する大きなメリットです。勤怠情報を紙やExcelで扱う場合は、集計や確認に時間がかかり、担当者の負担も大きいです。

勤怠管理システムを使えば、打刻データは自動で集計され、残業や有給の申請もシステム上で完結します。手作業の工程が減ることで業務が標準化され、属人化の解消にもつながります。

また、ペーパーレス化によって印刷や保管にかかるコストの抑制も可能です。情報共有や検索がしやすくなる点もメリットで、多様な働き方への対応力を高める効果があります。

法令遵守と労務管理の強化

法令遵守と労務管理を確実に強化できる点は、勤怠管理システムを導入する大きな目的です。労働基準法や労働安全衛生法では、タイムカードやPCログなど客観的な方法で労働時間を記録し、一定期間保管することが企業に求められています。

勤怠管理システムを使えば、打刻ミスや記入漏れといった人為的なエラーを防げます。さらに、残業時間の超過や申請状況をアラートで知らせることで、問題が起きる前に早期対応が可能です。

記録は自動で保存され、修正履歴も残るため、監査時の確認がスムーズです。労務トラブルのリスクを下げられる点でも有効で、企業が適切な労働時間管理を行うには、手作業よりも正確性と統一性の高いシステム運用が欠かせません。

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勤怠管理システムに搭載されている機能

勤怠管理システムには、日々の勤怠情報を正確に管理し、労務リスクを減らすための多様な機能が搭載されています。これらの機能は大きく、組織全体の勤怠を管理する「管理者向け」と、日々の打刻や申請を行う「従業員向け」に分けられます。

管理者向け機能

管理者向けの機能には、勤怠集計の自動化による運用負荷の削減や、残業時間のアラートによる法令順守の支援が備わっています。シフトや勤務状況を可視化できるため、労務リスクの早期発見にも役立ちます。

勤怠データ集計と給与ソフト連携

勤怠管理システムでは、就業規則に合わせて端数処理や休憩の自動控除、シフト制や変形労働時間制の計算条件を細かく設定できます。これにより、勤怠データを自動で集計でき、手作業による確認や修正の負担を大きく減らせます。

さらに、集計したデータはAPIやCSVで主要な給与ソフトへ連携可能です。給与計算の入力作業を省けるため、処理のスピードと正確性の両方を高められる点が特徴です。

労働時間のアラート通知（36協定、残業上限対応）

36協定に基づく労働時間の上限を超える前に通知できる点は、勤怠管理システムの大きなメリットです。月の労働時間や残業時間が規定値に近づくと、本人だけでなく上長や人事にもアラートが届くため、早い段階で状況を把握できます。

また、残業を事前承認制に設定することで、申請のない残業発生を防ぎやすくなります。超過リスクを未然に抑えられるため、働きすぎの防止や労務リスクの低減につながる仕組みです。

シフト管理・勤怠状況のリアルタイム把握

勤怠管理システムでは、出勤や退勤、休憩、直行直帰、在宅勤務といったステータスをリアルタイムで把握可能です。誰がどこで勤務しているかを即時に確認でき、打刻漏れがあればすぐに修正できるため、日々の管理が安定します。

シフト制の職場では、必要人数を満たしているかの確認や欠員の検知が自動で行われます。さらに、勤務条件に合わせたシフトの自動割り当ても可能です。急な当日変更が発生した場合でも、反映がすぐに共有されるため、現場の混乱を防げます。

従業員向け機能

従業員向けの機能には、打刻ミスや漏れを防ぐ仕組みがあり、勤務状況を自分で確認しながら管理できるようになります。

打刻機能

打刻機能では、ICカードやPC、スマホ、タブレットに加えて、生体認証やQRコードにも対応しており、状況に合わせてスムーズに打刻できます。混雑による待ち時間が減り、入力ミスも起きにくいです。

さらに、打刻忘れを知らせるプッシュ通知や二重打刻の防止機能が備わっています。出張時や直行直帰の場合の打刻設定にも対応しており、日々の記録を誤りなく残せる仕様が整っています。

休暇・残業申請ワークフロー

休暇・残業申請ワークフローでは、有休や早退、残業などの申請を紙やメールではなく、スマホやPCから簡単な操作で行えます。外出先からでも手続きが完了するため、申請までの手間が大きく減ります。

承認状況もリアルタイムで確認でき、上長への催促は不要です。申請内容や承認履歴がシステム上に記録されることで、「言った・言わない」といった認識違いのトラブルも避けやすく、安心して運用できる点が特徴です。

勤務状況の自己確認

勤務状況の自己確認では、当月の勤務時間や残業時間、有休残数を一目で把握できます。自分の働き方を客観的に確認できるため、健康面への意識づけや勤怠ルール違反の防止にも役立つでしょう。

また、打刻漏れや未承認の申請、休暇申請の抜け漏れといった気づきにくいミスも一覧で確認できます。日々の状況を早い段階で修正できるため、トラブルを未然に防ぎやすく、安定した勤怠管理につながります。

勤怠管理システム導入のメリット

勤怠管理システムを導入することで、次のようなメリットが見込めます。

• 集計業務の自動化によって残業や人件費を削減できる
• 法改正や36協定に自動対応し、労務リスクを予防できる
• 直行直帰や在宅勤務など多様な働き方を正確に管理できる

集計業務の自動化によって残業や人件費を削減できる

勤怠管理システムでは、残業、深夜、休日出勤の割増計算など複雑な集計が自動で処理されます。これまで担当者が手作業で行っていた集計や転記の工程をなくせるため、作業時間の大幅な削減が可能です。

集計に追われて夜間残業や休日出勤が発生していた企業でも、システムの自動処理で締め作業がスムーズに完了します。結果として担当者の負担を軽減でき、人件費の削減にもつながる点が大きなメリットです。

法改正や36協定に自動対応し、労務リスクを予防できる

勤怠管理システムは、割増率の変更や働き方改革関連法の対応をシステム側で自動アップデートします。人事担当者が複雑な計算式を組み直したり、運用ルールを細かく調整したりする必要はありません。法改正のたびに発生していた作業負担を抑えられます。

さらに、残業時間が上限に近づいたタイミングで本人や上長へ通知が届くため、超過前に対応しやすくなります。

直行直帰や在宅勤務など多様な働き方を正確に管理できる

勤怠管理システムは、外出先や自宅でも、スマホやPCから打刻できるため、出社していない社員の勤務状況もリアルタイムで把握できます。直行直帰や在宅勤務が増えた環境でも、働いた時間を正確に記録しやすい点が特徴です。

勤務時間や休憩、残業を実態に沿って管理できることで、不公平感や不信感が生まれにくくなります。目の届かない働き方が増える中でも、透明性を保ちながら運用できるため、安心して多様な勤務形態に対応できます。

勤怠管理システム導入のデメリット

勤怠管理システムには次のようなデメリットもあります。メリットだけでなくデメリットも把握したうえで、導入の検討材料としてください。

• 初期費用や月額料金によって短期的にはコストがかさむ
• 社員への周知や運用定着に時間と労力がかかる

初期費用や月額料金によって短期的にはコストがかさむ

勤怠管理システムを導入すると、初期設定費や月額利用料がかかるため、短期的にはコストが上がったように見えます。特に紙やExcelで運用していた企業ほど、費用負担の増加が気になりやすいでしょう。

しかし、導入後は勤怠集計の手作業が大幅に減り、残業抑制や法令違反のリスク回避にもつながります。結果として人件費やトラブル対応のコストを抑えられるため、半年から1年ほどで十分に投資を回収できるケースが多いです。

社員への周知や運用定着に時間と労力がかかる

勤怠管理システムは便利な仕組みである一方で、紙文化や口頭でのやり取りが残る職場では、新しい操作に抵抗を感じる社員もいます。急にデジタルへ切り替わることで「監視されているようだ」「使いづらい」といった印象を持たれやすい点も課題です。

このような不安を減らすには、使い方マニュアルを整備したり、相談できるサポート窓口を設けたりすることが効果的です。疑問をすぐ解消できる環境があれば定着が進みやすく、スムーズに運用へ移行できます。

勤怠管理システムの費用相場は年間10万円程度

BOXILが行ったアンケート^※によると、勤怠管理システムの費用相場（中央値）は初期費用が5万円、年間費用が10万円でした。年間費用を月額換算すると約8,300円で、一般的な企業にとって導入しやすい水準です。

※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の1,000人へ実施。そのうち、不正な値（有料サービスで0または1,000円以下、有料のSaaSで年間費用が0円）を除外し、得られた601件の回答にもとづいてデータを算出した。

勤怠管理システムの企業規模別の相場

勤怠管理システムの費用相場は、企業規模によって大きく異なります。BOXILのデータをもとに集計すると、次のとおりです。

企業規模	初期費用	年間費用
1名〜99名	2万円	5万円
100名〜999名	5万円	10万円
1,000名以上	16万円	12万円

これらはあくまで参考値で、実際の費用は導入形態や選ぶプランによって上下します。

勤怠管理システムの費用対効果の算出方法

費用対効果を算出する際は、まず現在の勤怠業務にどれだけの工数がかかっているかを金額に置き換えます。たとえば月30時間の作業削減が見込める場合、時給2,000円で計算すると年間72万円の人件費削減です。

次に、残業上限の超過や未払い残業、有休未取得によって発生し得る是正指導や遡及支払い、企業イメージの低下といったリスクを金額として見積もりましょう。これにより、導入しなかった場合の潜在的な損失も明確になります。

最後に、導入にかかる初期費用や月額費用が「何か月で回収できるのか」を示し、加えて長期的な生産性向上や離職防止への効果も含めて経営層に説明します。コストだけでなくリスク低減と未来の価値を示すことが重要です。

勤怠管理システムの選び方

勤怠管理システムを選ぶ際は、まずICカードやPCログなど、客観的な記録に基づいて労働時間を把握できるかを確認します。自己申告のみで管理していると誤差が生じやすく、法令に対応できないためこの点は重要です。

さらに、上限規制や有休取得義務に対応したアラート機能やレポートが搭載されているかも判断基準になります。残業超過や有休未取得を見落とさず、リスクを事前に察知できる仕組みが必要です。

厚労省^※も、客観的な記録を基礎にすることや、自己申告できる時間の上限設定を推奨しています。こうした基準に沿ったシステムを選ぶことで、適切な勤怠管理が実現しやすくなります。

※出典:厚生労働省「厚生労働省・都道府県労働局・労働基準監督署「労働時間の適正な把握 のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」」(2025年12月1日閲覧)

勤怠管理システムの選び方について、より詳しくは下記記事で解説しています。

シェアランキング上位5位の勤怠管理システム

BOXILが行った勤怠管理システムに関するアンケートで、シェア率の高かったサービスを紹介します。なお、アンケート結果は次のとおりです。

製品	シェア率
マネーフォワード クラウド勤怠	18.32%
ジョブカン勤怠管理	17.36%
ジンジャー勤怠	10.71%
HRMOS勤怠	7.37%
MINAGINE勤怠管理	7.24%

• クラウド型の勤怠管理システム
• 多様な就業ルールに柔軟対応
• 給与・会計ソフトとスムーズ連携

マネーフォワード クラウド勤怠は、打刻から申請・承認、勤怠集計までをクラウド上で一元管理できるサービスです。フレックス制や変形労働時間制など複雑な就業ルールにも対応できる柔軟性が評価されています。

PCやスマートフォン、タブレット、ICカードリーダーなどから打刻でき、オフィス勤務だけでなくテレワークや時差出勤、シフト勤務にも対応しやすい設計です。始業前に打刻機に並ぶ必要がなく、スムーズに出退勤を記録できます。

未打刻や未承認、残業時間の超過などはアラートで自動通知されるため、締め作業前に問題点を把握しやすくなります。長時間労働や有休管理の状況もリアルタイムで可視化でき、法令遵守に向けた運用を支援する仕組みです。

さらに、マネーフォワード クラウド給与や会計ソフトと連携することで、勤怠データをもとにした給与計算や仕訳作成を自動化できます。
バックオフィス全体の業務負荷を減らしたい中小企業〜中堅企業にとって、導入しやすいクラウド型の選択肢といえるでしょう。

• 多彩な打刻方法
• シフトと勤怠を管理
• 必要機能だけ選べる

ジョブカン勤怠管理は、勤怠とシフトをクラウドで管理し、必要な機能だけを選んで使えるサービスです。中小企業から大企業まで幅広い業種で導入しやすい設計です。

ICカードやPC、スマホ、GPS、LINEやSlackなど多様な方法で打刻できます。オフィス勤務、直行直帰、テレワークなど幅広い働き方に対応可能です。

勤怠データは自動集計され、残業時間や有休取得状況をレポートやアラートで把握できます。働き方改革関連法への対応を支援し、コンプライアンス強化に貢献する仕組みです。

ジョブカン給与計算をはじめ、シリーズ製品や他社の給与ソフトとも連携でき、勤怠から給与までのデータ連携を自動化できます。バックオフィス全体の業務効率化を進めたい企業に適した勤怠管理システムといえるでしょう。

• 多彩な打刻方法とマルチデバイス
• 予実管理やアラートで残業を可視化
• ジンジャーシリーズ連携で労務を一元化

ジンジャー勤怠は、シンプルで直感的な画面と充実した機能で、勤怠管理に不慣れな現場でも使いやすいクラウド型システムです。中小企業から大企業まで幅広い導入実績がある点も支持されている理由といえます。

打刻はPCやスマホアプリ、タブレット、ICカードに加え、GPS付き打刻や顔写真付き打刻などにも対応し、直行直帰やテレワーク、店舗シフト勤務など多様な働き方をカバーできます。
ネット接続が不安定な環境向けにオフライン打刻にも対応している点も特徴です。

打刻データや申請情報をもとに労働時間や残業時間を自動集計できます。有休の付与や残数管理、残業や有休未取得のアラート、36協定時間の超過予防といった機能で、法令を意識した勤怠管理をサポートします。

さらに、人事・労務領域をカバーするジンジャーシリーズと連携することで、勤怠情報と、給与計算や人事データとの一元管理が可能です。
導入から運用定着までを支援するサポート体制も用意されており、はじめて勤怠管理システムを導入する企業にも検討しやすいサービスです。

• 30名まで無料で利用可能
• 多彩な打刻方法とスマホ対応
• 低価格で残業・休暇を管理

HRMOS勤怠は、低コストながら勤怠管理に必要な機能を一とおり備えたクラウド型システムです。30名までは無料で利用でき、それ以上も1人あたり月額100円からと導入しやすい価格帯が大きな強みといえるでしょう。

打刻はPCやスマホアプリ、ICカード、共有端末などに対応しており、オフィス勤務から直行直帰、テレワークまで幅広い働き方をカバーします。
SlackやLINEを使った打刻にも対応しているため、既存のコミュニケーションツールと組み合わせて運用しやすいです。

打刻データをもとに勤務時間や残業時間、有休残数を自動集計し、36協定時間の超過や有休未取得をアラートで知らせてくれます。法令を意識した運用を行いやすいです。
日次・月次の勤怠レポートや残業管理レポートも用意されており、長時間労働の傾向を早期に把握できる点も、人事労務担当者にとって心強いでしょう。

勤怠データはCSV出力に加えてAPIでも連携でき、人事労務freeeやマネーフォワード クラウド給与、給与奉行クラウドなど主要な給与計算システムとのデータ連携が可能です。
勤怠から給与計算までの流れを自動化したい企業や、既存の給与ソフトを生かしながら勤怠管理だけクラウド化したい企業に適しています。

• 不正打刻を防ぐクラウド型勤怠管理システム
• PCログをはじめ客観的記録に対応
• 36協定チェッカーで法令対策

MINAGINE勤怠管理は、不正打刻防止とコンプライアンス強化に特化したクラウド型勤怠管理システムです。PCログ取得や複雑な就業制度への対応力が評価されており、上場企業からベンチャーまで幅広い企業で採用されています。

打刻はICカード端末やPC、スマホにくわえ、PCログを打刻として扱う運用にも対応しています。テレワークや直行直帰でも実態に近い勤務時間を把握しやすい点が特徴です。

36協定チェックレポートや残業時間のアラート機能により、協定時間や上限規制の超過リスクを早期に検知できます。打刻データとPCログの乖離も自動でチェックできるため、サービス残業の抑止や労働時間データの精度向上に役立つ設計です。

初期設定はベンダー側が代行し、ヘルプデスクや設定変更サポート、社労士が在籍する労基対策チームの常設など、サポート体制も充実しています。
CSVやAPI連携にも対応しており、既存の給与システムや人事システムと組み合わせて、勤怠から労務全体の業務効率化を図りたい企業に向くサービスです。

勤怠管理システムの成功・失敗事例

勤怠管理システムの導入成功事例と、よくある失敗事例を紹介します。導入を検討する際の判断材料として、ぜひ役立ててください。

成功事例

コンビニエンスストアや駅の売店を運営するS社では、従業員が紙のタイムカードを印刷して本社へ郵送し、本社の労務担当がすべて手入力で集計していました。このため毎月の作業量が膨大となり、入力ミスによる給与支給の誤りも頻発する状況だったことが大きな課題でした。

勤怠管理システムを導入したことで、店舗の打刻データはオンラインで即時に共有されるように改善。紙のタイムカード出力や運搬、手入力の作業はほぼ不要になりました。結果、本社と店舗双方の負荷を大幅に削減でき、人件費計算もスムーズかつ正確に行える体制へと改善されています。

導入事例についてもっと詳しく知りたい方には、こちらの記事もおすすめです。

よくある失敗事例5つ

BOXILが実施した勤怠管理システム導入に関するアンケートでは、次の5つが課題として多く挙げられました。

• 旧システムからのデータ移行が大変
• 給与・人事・会計といった他システムとの連携が難しい
• 費用が想定より高い／費用対効果が見えにくい
• 従業員が操作方法を理解しづらい
• バージョンアップや保守が困難になった

失敗事例についてはこちらの記事で詳しく紹介しています。失敗を避けたい方、導入に関する不安が大きい方は、ぜひお読みください。

勤怠管理システムに関するよくある質問

勤怠管理システムの導入を検討する際には、企業規模や費用感、無料ツールとの違いなど、さまざまな疑問が生じます。よくある質問に対する回答をまとめました。

勤怠管理システムは小規模企業にも必要？

社員数が少ない企業でも、正確な勤怠管理は重要です。紙やExcelによる管理では、人為的ミスが発生しやすく、対応に時間を取られてしまうことがあります。勤怠管理システムを活用すれば、ミスを防ぎつつ、少人数でもスムーズな労務管理が可能です。

また、従業員が少ない企業ほど、業務の効率化やコア業務への集中が求められるため、勤怠管理の自動化による業務負担の軽減は大きなメリットとなります。

勤怠管理システムとタイムカードの違いは？

タイムカードは出退勤時刻を記録するだけの仕組みで、残業時間や有休取得状況、労働時間の上限管理まではカバーしきれません。

勤怠管理システムであれば、これらを自動計算したりアラートを出したりでき、管理の抜け漏れを防げます。テレワークや直行直帰、シフト勤務など勤務形態や場所が分かれていても、一元的に勤怠を把握できる点が大きな違いです。

勤怠管理システムの導入までにかかる期間は？

勤怠管理システムの導入期間は、システム選定、初期設定、テスト運用まで含めると、中小企業で平均1〜2か月程度かかります。拠点数や就業ルールが多い大企業では、要件整理や検証に時間を要し、3か月前後を見込んでおくとよいでしょう。

あわせて社員への使い方説明やマニュアル整備に1〜2週間ほど確保しておくと、導入直後の混乱を抑え、スムーズに定着しやすくなります。

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その他のよくある質問は次の記事で解説しています。勤怠管理システムを導入するにあたり懸念点がある方はあわせて確認するのがおすすめです。

勤怠管理システムを導入して管理を効率化しよう

勤怠管理システムを導入することで、適切な労働時間管理はもちろん、不正打刻防止やコスト削減、業務効率アップなどのメリットが期待できます。

デメリットはシステム自体よりも「導入における課題」にあることが多いため、今一度、導入のフローや従業員にとってのメリットなどを明確にし、成功へ導きましょう。

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