【735人調査】勤怠管理システムの失敗例TOP5から学ぶ、正しい選び方と対応策

勤怠管理システムには多くの種類があり「どれを選べばいいか」迷いますよね。後から知ったサービスの方が適していることもよくあります。導入の失敗を避けるためにも、まずは各サービスの資料をBOXILでまとめて用意しましょう。
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【調査結果】勤怠管理システム導入でよくある失敗事例TOP5

BOXILが実施したアンケート^※によると、勤怠管理システムの導入・運用において最も多く挙げられた課題は「旧システムからのデータ移行が大変」でした。次いで、システム連携、費用、操作性、バージョンアップなどが課題として挙げられています。

※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の735人へ実施。本調査の期間は2025年8月1日〜12日。

課題に感じる人が多かったポイントの要因を解説します。

1.旧システムからのデータ移行が大変

勤怠管理システム導入時のデータ移行に苦労している企業が多く見受けられました。
データ移行が大変な理由としては、旧システムにおける表記揺れや、カスタマイズによる複雑なデータ構造などが挙げられます。また、ITに詳しい担当者がいない場合は、移行がより困難になります。

アンケートでは「スケジュール遅延1か月」「初期設定の遅延2か月」といった、システム移行に伴うプロジェクトの遅延を指摘する声が多く寄せられました。
旧システムに起因する問題は解消が難しいものの、移行の難易度を考慮したスケジュールや予算の確保をしておくとよいでしょう。

2.給与・人事・会計といった他システムとの連携が難しい

勤怠管理システムを基幹システムと連携させるのが難しいと感じている担当者は多くいます。独自開発のシステムや従来型システムの場合、データの出力自体が難しく、データの形式や定義を新しいシステムに合わせて統一する必要があります。

アンケートの回答にも「他のシステムとの連携に手間がかかる」「他のシステムとの連動がうまくいかなかった」といった声があり、事前の確認が重要だといえます。
勤怠管理システムの導入後に起こった具体的な問題として、「残業代の計算に差異が生じた」といった回答も38件寄せられました。

連携不整備はコンプライアンス上の問題になりかねません。現在のシステムと導入予定のシステムの双方で、データ連携のしやすさを事前に確認しておきましょう。

3.費用が想定より高い／費用対効果が見えにくい

勤怠管理システムの導入時には、想定外の費用が発生したり、バックオフィス部門であるため費用対効果が見えにくかったりすることがあります。独自の勤務体系や就業手当に対応する際に、オプション費用が発生する場合もあるでしょう。

「予算オーバーが20万円ほどあった」「カスタマイズ費の増大」といったアンケート回答もあり、予期せぬ予算超過が発生しやすいと考えられます。予算編成や見積もりの段階で、要件を厳密に定め、ベンダーと費用をしっかりすり合わせておくことが重要です。

4.従業員が操作方法を理解しづらい

システムによっては直感的に操作できず、従業員から不満が出るかもしれません。機能や料金が要件を満たしていても、現場の従業員にとって使いにくいサービスもあります。

アンケートでは「社員への周知が大変であった」「操作に慣れるまで時間がかかり遅延した」「従業員からの使いにくいといった意見が多数あった」といった、導入後の運用に苦心している声がありました。

操作方法が難しいと感じる原因には、導入後のサポート不足もあります。サポート体制が整っているかどうかも重要です。PCやスマートフォンの操作に不慣れな従業員がいる場合は、操作性の良さとサポート体制に、特に注意しましょう。

5.バージョンアップや保守が困難になった

Excel、自社開発、オンプレミス製品はメンテナンスに社員の工数を要します。法改正や就業規則の変更に伴う追加開発により、仕様が複雑になり扱いきれなくなるケースもあります。

「36協定の内容が反映できない」「度々エラーが発生する」「自社の休憩時間が変更になった時に想定外のカスタマイズが発生した」といったアンケートの回答もあるように、そもそもシステムを適切に使えない状況では、運用方法の見直しが必要になります。

運用変更のたびに追加開発が必要になるサービスは使いにくいです。現場の設定変更で対応できるようなシステムや、ベンダー側が先立って対応してくれるようなシステムを導入する必要があります。

その他：「就業規則に対応できない」「集計が自動化できない」など

TOP5以外にも、大きな問題を引き起こしかねない失敗例の回答はさまざまです。中には、「自社の就業規則に対応できない」「集計や締め作業をあまり自動化できず担当者の工数が減らない」など、勤怠管理システムとして機能していない事例も見られます。

件数は少ないものの、次のような回答も寄せられており、実際に使ってみないとわからない不具合が見えてくることもあります。

実際に運用してはじめてわかる不具合もあるため、導入前には無料トライアルやデモで自社のルールに合うか必ず確認しましょう。

【調査結果】導入失敗後の対応は？

勤怠管理システムの導入に「失敗した」と感じている企業が、その後どのような対応を取ったのかを調査した結果を紹介します。どのような改善策に取り組み、システム乗り換え時にどのポイントを重視したのかを解説します。

導入失敗に対して実施している改善策

BOXILが実施したアンケート^※によると、導入後に課題を感じた企業が取った対応策で最も多かったのは「アップデートの適用による機能追加」でした。
次いで、システムの全面的な乗り換え、自社要件に合わせたカスタマイズ、給与・人事・会計など他システムとの連携強化が続きます。

一見するとシステム乗り換えのハードルは高そうですが、クラウド型の勤怠管理システムは初期費用が0円のサービスも多く、比較的スムーズに移行できるのも事実です。課題の内容によっては、思い切って乗り換えを検討することが有効な打ち手といえます。

※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の735人へ実施。本調査の期間は2025年8月1日〜12日。

勤怠管理システム乗り換え時に注意したポイント

BOXILが実施したアンケート^※によると、勤怠管理システムの導入・運用で最も多く挙げられた課題は「導入・運用コストと費用対効果のバランス」でした。
次いで、旧システムからのデータ移行、他システムとのデータ連携、カスタマイズ性、法改正への対応などを不安視する声も目立ちます。

特にセキュリティ面でのバージョンアップや保守管理、法改正への対応は、オンプレミス型や自社開発では情報システム部門に大きな負荷がかかるポイントです。
一方でクラウド型の勤怠管理システムであれば、ベンダー側がアップデートや法対応を進めてくれます。
▼移行先としておすすめの勤怠管理システム5選

※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の735人へ実施。本調査の期間は2025年8月1日〜12日。

失敗例から学ぶ勤怠管理システムの選び方・確認ポイント

ここまで紹介してきた失敗例は、どれも導入前の確認不足や、運用をイメージしきれていなかったことが原因でした。同じつまずきを避けるために、勤怠管理システムを選ぶ際に確認すべき具体的なポイントを紹介します。

初期設定や例外処理込みの総コスト（導入後に発生する想定外の費用を防ぐ）

勤怠管理システムの費用対効果は、月額料金だけでなく初期設定や運用を含めた総コストで判断することが重要です。導入後に想定外の費用が膨らむ背景には、初期設定の複雑さや運用例外の多さ、ベンダーの支援範囲の曖昧さがあります。

選定時には「初期設定・データ移行・教育・保守」の料金内訳が明示されているかを必ず確認しましょう。あわせて、イレギュラーな勤務パターンを設定変更で吸収できるのか、都度の個別開発になるのかも確認すると安心です。

勤怠管理システムの費用相場や料金モデル、費用内訳については、こちらの記事で詳しく解説しています。

【料金比較表】勤怠管理システムの料金相場は年間費用10万円 – 主要30サービスを調査

この記事でわかること ・企業規模ごとの月額/初期費用の相場・導入した場合の向こう3年間のランニングコスト・シミュレーションをもとにした費用対効果の算出方法＞チェックすべきポイントを…

旧システムからのデータ移行のしやすさ（移行工数の削減）

勤怠管理システムを乗り換える際は、これまでの打刻記録や有休残数、所属マスタ、雇用区分などをどう引き継ぐかが重要です。特に長期間利用してきたシステムほど、過去データの欠損や不整合は許されません。

旧システムのデータ構造が複雑な場合や、拠点ごとに異なる仕様で運用していた場合、移行先との整合性を取るだけで多くの工数が発生します。どの範囲をどこまで自動で取り込めるのかを把握していないと、移行作業が担当者の手作業に偏りがちになるでしょう。

あらかじめ次のようなポイントを確認しておくと、移行スケジュールや準備工数の見通しが立てやすくなります。

打刻方式の現場適合（打刻エラーや代理打刻対策）

勤怠管理システム導入の典型的な失敗要因は、現場の打刻環境を十分に想定していないことです。電波が不安定な環境でモバイル打刻が使えなかったり、共有端末で代理打刻が横行したりすると、正しい勤怠が記録できません。

導入前には、オフライン打刻が可能か、生体認証やGPSで個人認証ができるかを必ず確認しましょう。複数の打刻方式に対応しているシステムなら、1つの方式でエラーが起きても別の手段で打刻できるため安心です。

丸め、深夜跨ぎなど勤怠ルールの再現性（誤計算や手動入力対策）

「15分単位の丸め」や「深夜勤務の扱い」、「代休・振替休」などのルールをシステム上で再現できないと、残業時間や割増賃金に誤差が生じ、毎月の給与計算で手修正が発生します。

システムを選ぶ際は次のようなポイントを、就業規則と照らし合わせて確認しましょう。

• 丸め単位や残業の端数処理を設定で変更できるか
• 深夜・休日労働を自動判定するロジックが自社の就業規則と合うか
• 規則改定時に自社側だけで設定変更できるか

給与・人事・会計との連携（データ不整合による二重管理を防ぐ）

勤怠管理システムとほかの労務管理システムが分断されていると、残業時間や有休残数に不一致が生じ、毎月の手修正が当たり前になってしまいます。

導入時には、利用中の給与・人事・会計ソフトとAPI連携ができるかを必ず確認してください。APIで自動連携できれば二重入力を防げます。同一ベンダーのシリーズ製品でそろえれば、マスタ管理や問い合わせ窓口も一本化できて便利です。

API連携に強いサービスとしては、 KING OF TIME 、 AKASHI 、 Touch On Time などが挙げられます。

現場の操作性とアクセシビリティ（操作ミスや現場定着の失敗を防ぐ）

勤怠管理システムは、誰でも迷わず打刻や申請ができることが重要です。機能が豊富でも、現場が使いこなせなければ定着せず、紙やExcelに逆戻りしかねません。

導入前には無料トライアルや操作デモを活用し、実際に現場でテストする必要があります。テストの際は、次のようなポイントを確認しましょう。

• 出勤・退勤・申請などの主要な操作が迷わずに完結するか
• PC・スマホ・タブレットなど、端末が変わっても画面が見やすいか
• エラーメッセージに原因と対処内容が具体的に示されているか
• オフライン環境でも打刻できるか

サポート体制と導入伴走（設定・教育不足による運用停滞を防ぐ）

システムの導入直後は、現場からの質問や不具合対応が集中する傾向があります。サポートが弱いと、担当者だけで抱え込み、運用が頓挫してしまうおそれがあります。

単に問い合わせ窓口が設けられているだけでなく、初期設定から定着までどこまで支援してくれるのかを契約前に確認することが重要です。

具体的には、次のようなポイントを確認しましょう。

• 専任のCSやコンサルタントがつくかどうか
• 導入から数か月の定期フォローや伴走プログラムがあるか
• サポート対応はどこまでか（24時間・休日対応など）

【導入後が本番】失敗を防ぎ、運用を定着させる3ステップ

勤怠管理システムはシステム選定も大事ですが、導入した後の動きも大切です。
小さな範囲で試験運用してみたり、従業員に使ってもらいやすい体制を整えたり、改善点がないか適宜洗い出したりすると失敗を大きく減らせます。

1.スモールスタートで課題を洗い出す

まずは一部の拠点や部署から小さく運用を始めてみましょう。最初から全社導入すると、似たような質問や相談が多く発生し、対応に工数がかかってしまうためです。スモールスタートして課題を洗い出した後に、全社展開につなげるのがおすすめです。

2.従業員への丁寧な説明と協力体制の構築

システムを本格導入する際には、従業員に丁寧に説明し、協力体制を築きましょう。
導入目的やメリットが伝わらないと、円滑な利用につながりません。関係者に説明会を開いて趣旨を説明し、ハンズオンで使い方を実演することで、従業員の理解が深まり、実際の利用も促進されます。

3.定期的な利用状況のチェックと改善

システムを本格導入してしばらく経過したら、従業員から使用感に関する意見やデータを収集しましょう。
予定どおりに活用されているか、どのような点が使いにくいと感じられているのかなど、改善できるポイントがないか確認します。形骸化を防ぐためにも、定期的に設定や運用を見直しましょう。

もし導入に失敗したら？今からできる3段階の対処法

勤怠管理システムの導入に失敗したらどうすればよいのでしょうか。「運用が定着しない」「ミスが頻発する」など、現状のシステムに限界を感じたときの対処法を、3段階に分けて紹介します。

1.課題を整理

導入に失敗したと感じたら、まずはそれが具体的にどのような課題なのかを整理しましょう。運用を変更すれば解決できるのか、設定の変更で対応可能か、システムを乗り換えないと難しいかを切り分けるために、課題の洗い出しが重要です。

2.ベンダーに相談

課題を整理できたら、ベンダーに課題を解決できないか相談してみましょう。
もし担当者自身がシステムの設定で解決できそうならそれでも構いません。大事なのはベンダーに相談した結果、そのままのシステムで解消できそうか、新しいシステムの導入が必要か整理することです。

3.システムの乗り換えを検討

もし新しいシステムの導入が必要だと整理ができたら、課題を解決してくれる勤怠管理システムを探しましょう。現在抱えている課題とともに、記事冒頭で紹介したような失敗しやすいポイントを押さえてシステム選定します。

移行先としておすすめの勤怠管理システム5選

勤怠管理システムの選定に悩んでいる方に、BOXILおすすめの勤怠管理システムを紹介します。
いずれもクラウド型のサービスで導入しやすいのが特徴です。システム連携に強かったり、費用が安かったり、人事労務の機能と接続しやすかったりと、それぞれに強みがあります。

※本記事に掲載している料金は、特に注記がない場合は年間契約した場合の1か月あたりの費用を記載しています。また、いずれも税抜です

マネーフォワード クラウド勤怠

マネーフォワード クラウド勤怠

株式会社マネーフォワード

4.13 90件の口コミ

マネーフォワード クラウド勤怠の詳細を見る

良い

• 出退勤や休暇の管理が簡単でわかりやすい
• 勤怠入力時のGPS機能やアラートなど機能が豊富
• 管理機能も充実

気になる

• 企業の就業規則によっては複雑な設定が必要となる
• モバイルアプリの画面が少し見づらい

＞ マネーフォワード クラウド勤怠の価格【導入企業に実際の費用をアンケート】

マネーフォワード クラウド勤怠は、株式会社マネーフォワードが提供するクラウド型勤怠管理システムです。BOXILが実施したアンケートにおいて、シェアが最も大きいサービスです。

マネーフォワード クラウド勤怠の特徴は、多様な働き方に対応する柔軟な機能と、他のマネーフォワード製品との連携による業務効率化にあります。
基本勤務制やシフト制はもちろん、裁量労働制、フレックスタイム制、変形労働制など、さまざまな就業ルールに対応しています。

法令遵守面では、残業上限管理機能や36協定の遵守状況管理など、労働基準法に準拠した管理が可能です。有給休暇管理も充実しており、柔軟な自動付与ルール設定や時間単位の休暇取得にも対応しています。
マネーフォワード クラウドシリーズと連携することで、労務周りの自動化が可能です。
特に給与計算との連携がスムーズで、勤怠締めから給与計算まで一気通貫での業務効率化を実現します。また、人事管理や社会保険、年末調整などの関連サービスとも連携可能で、人事労務業務全体を効率化できます。

ジョブカン勤怠管理

ジョブカン勤怠管理

株式会社DONUTS

4.08 690件の口コミ

ジョブカン勤怠管理の詳細を見る

良い

• 機能が充実しており管理がしやすい
• 構成がシンプルで入力しやすい
• 直感的で理解しやすい操作性
• 必要な機能のみ選択して価格を安くできる

気になる

• スマホからの操作性
• 有給の残りが少しわかりづらい

＞ ジョブカン勤怠管理の価格【導入企業に実際の費用をアンケート】

ジョブカン勤怠管理は、株式会社DONUTSが提供するクラウド型勤怠管理システムです。シリーズ累計の導入実績は25万社以上、有料利用ユーザー数は300万人^※を突破しており、多くの企業から支持を得ています。

料金面では、中小企業向けに1ユーザーあたり月額200円〜のリーズナブルな料金設定を提供しています。
月額最低利用料金は2,000円で、必要な機能のみを選択して利用できるため、コスト面でも導入しやすいシステムといえます。出勤管理、シフト管理、休暇・申請管理、工数管理といった機能を必要に応じて組み合わせられる柔軟性も魅力です。

ジョブカン勤怠管理の特徴は、シンプルな操作性と多様な勤務形態への対応です。また、給与奉行クラウドやマネーフォワード クラウド給与などの、主要な給与計算ソフトとのAPI連携も可能で、シームレスなデータ連携を実現できます。

サポート面では、電話、メール、チャットによる無料サポートに加え、初期設定代行サービス（有料）も用意されています。
さらに、社労士・税理士などの士業の事務所3,000以上が認定アドバイザーとして登録されており、法的な観点からのアドバイスも受けられます。

ジョブカン勤怠管理は、多様な勤務形態を採用している企業、複数拠点を展開する企業、バックオフィス業務全体の効率化を目指す中小企業に特におすすめです。
シンプルな操作性と豊富な機能、リーズナブルな価格設定、充実したサポート体制を求める企業にとって、検討の価値が高いサービスといえるでしょう。

※出典：ジョブカン「 ジョブカン勤怠管理 公式サイト 」2025年12月12日閲覧

楽楽勤怠

楽楽勤怠

株式会社ラクス

4.42 48件の口コミ

楽楽勤怠の詳細を見る

良い

• 打刻ミスの削減と勤怠管理の自動集計による効率化
• ICカードを使用した簡単な打刻機能
• 勤怠データのリアルタイム管理と不備のアラート表示
• 交通費精算の自動化

気になる

• ユーザー数課金ではなく固定のため、他社と比較すると料金が高く感じる
• クラウド型サービスの操作性にデバイスによる差がある

＞ 楽楽勤怠の価格【導入企業に実際の費用をアンケート】

楽楽勤怠は、株式会社ラクスが提供するクラウド型勤怠管理システムです。企業向けクラウドサービスを多数展開しており、安定性と信頼性を備えたソリューションとして注目を集めています。

料金面では、月額30,000円（税抜）からであり、利用ユーザー数に応じて変動します。
初期費用やオプション費用、打刻機器の購入費用が別途発生する場合がありますが、システム利用料、データバックアップ、バージョンアップ費用、サポートの利用料が月額費用に含まれているため、長期的な運用コストの予測が立てやすいのが特徴です。

楽楽勤怠の強みは、専任サポート体制にもあります。
導入時には専任の導入コンサルタントが約3か月間サポートを行い、運用開始後も専用チームがメールで対応します。さらに、オンライン会議ツールや電話でのサポートも提供しており、手厚いサポート体制を整えています。

法令遵守面では、36協定の時間外労働上限規制や、年5日間の年次有給休暇取得管理など、働き方改革関連法に対応した管理機能を備えています。
また、アラート機能により、未打刻や残業時間超過などをリアルタイムで検知し、労務リスクの事前回避をサポートします。

freee勤怠管理Plus

freee勤怠管理Plus

フリー株式会社

4.16 37件の口コミ

freee勤怠管理Plusの詳細を見る

良い

• 打刻に関してストレスが全く無く、スムーズに行える
• 基本的な操作で困ることがない
• 変更の申請がしやすい
• GPSを活用した在宅勤務や直行直帰の管理
• freeeのほかのツールとの連携が非常に簡単

気になる

• 残業時間や有給残日数が直感的にわかりづらい
• 他サービスとの連携が難しい
• 給与管理との連携が別アカウントになる使いづらさ

＞ freee勤怠管理Plusの価格【導入企業に実際の費用をアンケート】

freee勤怠管理Plusは、フリー株式会社が提供するクラウド型の勤怠管理システムです。中小企業やスタートアップ企業を中心に、多様な働き方に対応した勤怠管理ソリューションとして注目を集めています。

料金面では、1人当たり月額300円の従量課金制です。この料金体系により、中小企業やスタートアップ企業でも導入しやすく、事業規模の変化に応じて柔軟に利用できます。
36協定や有給義務化などを自動でチェックする勤怠アラート機能も搭載されており、法令遵守の徹底をサポートします。また、勤怠不備に対する自動連絡機能により、従業員とのコミュニケーションが円滑化されます。

freee勤怠管理Plusの強みは、freee人事労務との連携にもあります。
勤怠データをfreee人事労務や給与計算ソフトと連携することで、給与計算業務を大幅に効率化できます。タイムカードからの転記作業が不要になり、人事労務業務全体の生産性向上に寄与します。

HRMOS勤怠

HRMOS勤怠

株式会社ビズリーチ

4.26 666件の口コミ

HRMOS勤怠の詳細を見る

良い

• Slackから直接打刻ができる利便性
• 無料で利用できる点が小規模チームに適している
• シンプルで使いやすいUI設計
• 管理が楽で、リモートワークでも容易に勤怠管理が可能

気になる

• 有給休暇管理やメールサポートは有料プランのみ
• 一部、一括登録や編集ができない

＞ HRMOS勤怠の価格【導入企業に実際の費用をアンケート】

HRMOS勤怠は、株式会社ビズリーチが提供する先進的なクラウド型勤怠管理システムです。従来の打刻管理にとどまらず、データ分析と人材マネジメントの観点を融合させた次世代の勤怠管理ツールとして注目を集めています。

HRMOS勤怠の特徴は、HRMOSシリーズ間での連携を利用することで、勤怠データを単なる労務管理のツールとしてだけでなく、組織や個人の生産性向上のための戦略的資源として活用できる点です。たとえば、勤務時間とコンディションの相関分析や、ハイパフォーマー分析など、従来の勤怠管理の枠を超えた機能を提供しています。

基本的な勤怠管理機能も充実しており、多様な打刻方法（PC、スマホ、ICカード、チャットツール連携など）や、柔軟なシフト管理、36協定対応、有給休暇管理など、現代の複雑な労務環境に対応できる機能を網羅しています。
さらに、APIを通じて給与計算システムや人事労務システムとの連携も可能です。

HRMOS勤怠の強みは、料金体系にもあります。30名以下の企業は基本機能が無料で利用可能であり、31名以上の企業でも1人あたり月額100円（税抜）からと、非常にコストパフォーマンスに優れています。

法令遵守面では、36協定や労働基準法に対応した管理レポートを提供し、新労働基準法にも対応した残業管理レポートを生成します。さらに、アラート機能により残業超過などをリアルタイムで検知し、労務リスクの事前回避をサポートします。

勤怠管理システムの導入を成功させるには事前調査が肝心

勤怠管理システムを導入する際には、費用やデータ連携にまで注意しましょう。
簡単に比較できる機能や公開されている価格だけを比べていると、導入に失敗する可能性があります。勤怠管理システムの導入を成功させたいなら、自社のタイプや選び方に即したシステム選定が欠かせません。
＞ 勤怠管理システムのタイプ、選び方、おすすめ製品をチェックする

BOXILでは、上記の勤怠管理システムのサービス資料をマイページにて閲覧したりダウンロードしたりできます。請求した資料を使い、チームメンバーや上長へURLにて共有可能です。

また、マイページでカスタマイズできる比較表で、料金や機能軸にてサービスを見比べられれば、稟議にも役立つでしょう。

調査概要

タイトル：勤怠管理システムの導入失敗に関するアンケート調査
調査方法：インターネット調査
調査地域：全国
調査対象：20〜60代 735人
調査期間：2025年8月1日〜8月12日
調査主体：スマートキャンプ株式会社
※本アンケート結果は小数点以下2桁を四捨五入しています。合計が100%にならない場合があります。

【引用に関するお願い】
本調査を引用する際は、出典として「BOXIL」と記載し、ウェブの場合はURL（https://boxil.jp/mag/a10090/）へのリンクも設置してください。

記載例：BOXIL「勤怠管理システムに関するアンケート調査」, 20XX年XX月XX日確認, https://boxil.jp/mag/a10090/

本データに関するお問い合わせは次のメールアドレスにご連絡ください。
BOXILカンパニー メディア＆マーケティング本部 メディア戦略部
boxilmag_pr@smartcamp.co.jp