【2025年】勤怠管理システムの導入補助金・助成金と対象システムを紹介

勤怠管理システム導入に使える補助金・助成金は2種類

勤怠管理システムの導入には、国の制度として下記2種類の補助金・助成金を利用できます。どちらも中小企業が対象で、導入コストの一部を国が支援する仕組みです。

• IT導入補助金
• 働き方改革推進支援助成金

IT導入補助金は、業務効率化やDX推進を目的とする経済産業省所管の制度です。一方、働き方改革推進支援助成金は、労働環境の改善や長時間労働の削減などを支援する厚生労働省所管の制度です。

申請先、申請条件、補助額の違い

IT導入補助金と働き方改革推進支援助成金はいずれも勤怠管理システムの導入を支援する仕組みですが、目的や対象者、申請先などが異なります。

項目	IT導入補助金	働き方改革推進支援助成金
目的	中小企業のITツール導入、業務効率化、DX推進支援	長時間労働削減、年休取得促進、勤務間インターバル導入などの働き方改革支援
対象者	中小企業・小規模事業者 ※個人事業主も可	中小企業事業主（労災保険適用事業主） ※事業場単位での申請、個人事業主も可
申請先	経済産業省系のIT導入補助金事務局	厚生労働省管轄の都道府県労働局
補助／助成率	1/2〜2/3（企業規模で変動）	3/4〜4/5（導入成果で変動）
ベンダーの指定	あり	なし
主な注意点	・登録外ツールは対象外 ・導入報告期限が厳格	・成果目標の設定と達成が支給条件 ・労災保険加入などの条件あり

▼IT導入補助金の概要、申請スケジュール、申請手順を詳しく見る
▼働き方改革推進支援助成金の概要、申請スケジュール、申請手順を詳しく見る

いずれも導入後の支給となる点に注意

いずれの制度も「導入を先に行い、その後の報告や審査を経て支給される」後払い方式です。つまり、申請が採択された後、まず費用を支払って導入したうえで、成果の報告や確認を経て補助金・助成金が交付されます。

申請から支給までに数か月かかるケースもあります。資金繰りを考慮したうえで、事前にスケジュールを立てておくことが重要です。

また、申請後は必ず採択されるとは限りません。採択率はIT導入補助金のみ公表されており、2024年は合計70,191の申請に対して交付決定数は48,986と、69.79%の採択率^※となりました。

※出典：交付決定事業者一覧および交付申請件数2024 ｜ IT導入補助金2025（2025年11月5日閲覧）

勤怠管理システムに使える「IT導入補助金2025」とは

IT導入補助金は、中小企業や小規模事業者が業務効率化や生産性向上のためにITソフトウェアやクラウドサービスを導入する際、その費用の一部を国が補助する制度です。
勤怠管理システムのような業務効率化に貢献するツールも対象で、補助金を活用することで導入コストを抑えられます。

IT導入補助金の対象となるのは、「IT導入補助金の認定ツール・認定ベンダー」に限られます。対象のベンダーは下記で解説しています。

▼IT導入補助金2025が使える勤怠管理システムを見る

IT導入補助金2025の申請条件

補助金の対象となるのは、日本国内に事業所をもつ中小企業や小規模事業者です。業種ごとに資本金や従業員数の基準が設けられています。

詳しい条件は下記に記載のとおりです。中小企業の場合は、「資本金または出資総額」もしくは「常時使用する従業員数」のいずれかが基準を満たしていることが必要です。

中小企業

業種・組織形態	資本金または出資総額	常時使用する従業員数
製造業	3億円以下	300人以下
卸売業	1億円以下	100人以下
サービス業（ソフトウェア、情報処理サービス、旅館業を除く）	5,000万円以下	100人以下
小売業	5,000万円以下	50人以下
ゴム製品製造業（自動車または、航空機用タイヤおよびチューブ製造業ならびに工業用ベルト製造業を除く）	3億円以下	900人以下
ソフトウェア業または情報処理サービス業	3億円以下	300人以下
旅館業	5,000万円以下	200人以下
上記以外	3億円以下	300人以下
医療法人、社会福祉法人	ー	300人以下
学校法人	ー	300人以下
商工会・都道府県商工会連合会、商工会議所	ー	100人以下
中小企業支援法第2条第1項第4号に規定する中小企業団体	ー	主たる業種に記載の従業員規模
特別の法律によって設立された組合またはその連合会	ー	主たる業種に記載の従業員規模
財団法人（一般・公益）、社団法人（一般・公益）	ー	主たる業種に記載の従業員規模
特定非営利法人	ー	主たる業種に記載の従業員規模

小規模事業者

業種・組織形態	常時使用する従業員数
商業・サービス業（宿泊業・娯楽業を除く）	5人以下
宿泊業・娯楽業	20人以下
製造業その他	20人以下

参考：申請の対象となる方 ｜ IT導入補助金2025（2025年11月5日閲覧）

IT導入補助金2025の申請枠

2025年のIT導入補助金には、事業規模や導入するITツールの種類に応じていくつかの申請枠が設けられています。

通常枠、インボイス枠（インボイス対応類型）、インボイス枠（電子取引類型）、セキュリティ対策推進枠、複数社連携IT導入枠の5つがあり、勤怠管理システムの導入には「通常枠」がよく利用されています。

種類	補助の目的	必須補助対象
通常枠	生産性向上のためのITツール導入補助	業務プロセス※を1種類以上保有するソフトウェア
インボイス枠（インボイス対応類型）	インボイス制度へ対応したソフトウェア、PC・ハードウェア導入補助	インボイス制度対応かつ「会計」「受発注」「決済」のうち1種類以上搭載するソフトウェア
インボイス枠（電子取引類型）	インボイス制度対応の受発注ソフトの導入補助	インボイス制度に対応、かつ「受発注」の機能を有しているもの、かつ発注者が受注者にアカウントを無償で発行し、利用させられる機能を有するクラウド型ソフトウェア
セキュリティ対策推進枠	サイバーセキュリティ対策を強化するためのITツールの導入補助	IPA「サイバーセキュリティ お助け隊」サービスリストに掲載かつ、ITツール登録済のサービス
複数社連携IT導入枠	複数事業者による共同IT導入、広域でのデジタル化	基盤導入経費、消費動向等分析経費、その他経費

※(P1)顧客対応·販売支援(P2)決済·債権債務·資金回収管理(P3)供給·在庫·物流(P4)会計·財務·経営(P5)総務·人事·給与·教育訓練·法務·情シス·統合業務(P6)その他業種固有のプロセス

IT導入補助金2025の補助率のめやす

IT導入補助金では、導入するシステムがどれだけの業務をカバーしているかによって、補助金の上限額が変わります。これを判断する基準が「プロセス数」です。
プロセスとは企業内の業務工程を意味し、たとえば「勤怠の打刻」「労働時間の集計」「人事マスタ連携」「給与システムとの連動」などがあたります。

プロセス数	補助額の範囲	補助率（目安・中小企業）
1～3 プロセス	約 5万円〜150万円未満	1／2以内（※条件を満たせば2／3以内）
4 プロセス以上	約 150万円〜450万円以下	1／2以内（※条件を満たせば2／3以内）

※3か⽉以上地域別最低賃⾦+50円以内で雇⽤している従業員が全従業員の30％以上であることを示した場合

申請から支給までの流れ

IT導入補助金を活用して勤怠管理システムを導入する際は下記の流れで進みます。

1. IT導入支援事業者（登録ベンダー）と相談、契約
2. 交付申請（事前申請）
3. 交付決定後、ツール導入を実施し運用開始
4. 導入効果（生産性向上・効率化）や対象経費の実績報告
5. 審査・補助金交付

導入前に申請を済ませておくこと、導入後の実績報告に備えて効果データを残すことが重要です。

IT導入補助金2025の申請は26年1月7日まで

IT導入補助金2025の交付申請期間は複数回分けて行われます。2025年11月時点では、第6次締切分までの申請受付はすでに終了しています。残りの第7次締切分、第8次締切分のスケジュールは下記の通りです。

最終枠の締切は2026年1月7日（月）17:00までのため、導入を検討している企業は、早めに導入するツールの選定を進めましょう。

「通常枠」締切回	締切日	交付決定日	事業実施期間	事業実績報告期限
7次締切分	2025年12月2日（火）17:00	2026年1月20日（火）（予定）	交付決定～2026年7月31日（金）17:00（予定）	2026年7月31日（金）17:00（予定）
8次締切分	2026年1月7日（水）17:00	2026年2月17日（火）（予定）	交付決定～2026年8月31日（月）17:00（予定）	2026年8月31日（月）17:00（予定）

▼IT導入補助金2025が使える勤怠管理システムを見る

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勤怠管理システムの選び方を詳しく知りたい方は、次の記事も参考にしてください。

勤怠管理システムに使える「働き方改革推進支援助成金」とは

働き方改革推進支援助成金とは、厚生労働省が中小企業事業主を対象に、長時間労働の削減、年次有給休暇の取得促進、勤務間インターバル制度の導入など「働き方改革」に向けた環境整備を支援する制度です。

勤怠管理システムの導入による打刻、残業管理、有給休暇管理、集計・分析といった取組の実現が、制度の趣旨に合致するケースがあります。

働き方改革推進支援助成金の申請条件

働き方改革推進支援助成金の申請にあたっては、申請する事業者が下記の条件を満たしている必要があります。

項目	内容
対象となる事業主	中小企業事業主であること。かつ、労働者災害補償保険（労災保険）の適用事業主であること。
中小企業の定義（業種別）	資本金・使用労働者のいずれかを満たすこと： ・小売・飲食店：資本金5,000万円以下／常時使用労働者50人以下 ・サービス業：資本金5,000万円以下／常時使用労働者100人以下 ・卸売業：資本金1億円以下／常時使用労働者100人以下 ・その他の業種：資本金3億円以下／常時使用労働者300人以下
年次有給休暇制度の整備	交付申請時点で、すべての対象事業場において「年5日の年次有給休暇の取得に向けた就業規則等」を整備していること。
成果目標設定条件	交付申請時点で、所定コースに応じた「成果目標（例：時間外・休日労働の縮減・有休取得促進等）」の設定に向けた条件を満たしていること。

参考：働き方改革推進支援助成金（労働時間短縮・年休促進支援コース） ｜厚生労働省（2025年11月5日閲覧）

働き方改革推進支援助成金の助成コースと対象経費

働き方改革推進支援助成金には4つのコースがありますが、勤怠管理システムの導入に活用できるのは「労働時間短縮・年休促進支援コース」と「勤務間インターバル導入コース」の2つです。（「労働時間適正管理推進コース」は令和5年限りで廃止）

コース名	対象者	対象経費
労働時間短縮・年休促進支援コース	中小企業事業主で、労災保険適用事業主。交付申請時点で「年5日の有休取得に向けた就業規則等整備」がされている事業場	・労務管理用ソフトウェアや機器の導入・更新 ・就業規則、労使協定の作成/変更など制度整備費用
勤務間インターバル導入コース	中小企業事業主で、勤務終了から次の勤務までの休息時間（インターバル）制度を新たに導入・拡大しようとする事業場。	・勤務間インターバル制度を支えるソフト、機器の導入/更新 ・研修、周知、制度導入のための費用

助成金を受けるには、それぞれのコースにおける成果目標をクリアする必要があります。

働き方改革推進支援助成金の助成額のめやす

働き方改革推進支援助成金では、企業規模や取組内容によって助成率や上限額が変わり、下記の範囲で助成を受けられます。

区分	助成率	上限額（目安）
通常の場合	対象経費の 3/4以内	約50〜150万円
小規模企業（常時使用労働者30人以下）で特定取組を実施	対象経費の 4/5以内	約150〜350万円

※助成上限額は成果目標によって異なり、「成果目標の上限額＋賃金加算額」または「対象経費×助成率」のうちいずれか低い方が支給されます。
結果として導入コストの約75〜80％が助成される可能性があり、制度をうまく活用すれば、初期費用の大部分を削減することができます。

申請から支給までの流れ

勤怠管理システム導入を目的に働き方改革推進支援助成金を活用する際の、主な流れを整理します。

1. 交付申請（事前）：取組計画・成果目標・対象経費を記載し、都道府県労働局へ提出　※交付決定日前の取り組みは対象外
2. 取組実施：勤怠システムを導入し、労働時間削減や有休取得促進の実績を残しつつ運用
3. 支給申請（実績報告）：導入後に成果目標の達成状況・支出証明などを提出
4. 助成金交付：審査に通れば助成金が支給

交付申請書類等の提出は、所在地を管轄する都道府県労働局雇用環境・均等部（室）の窓口、もしくは郵送や電子申請も可能です。
※電子申請にはjGrants（https://www.jgrants-portal.go.jp/ ）の登録が必要

2025年の申し込み受付は25年11月28日まで

令和7年度（2025年度分）の交付申請受付期間は令和7年4月1日（火）〜令和7年11月28日（金）です。予算枠に達した場合、早期に受付終了となる可能性もあります。

勤怠管理システム導入を検討している場合は、申請準備（ツール選定、見積取得、成果目標設計）を早めに進めましょう。

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IT導入補助金2025が使える勤怠管理システム4選

IT導入補助金2025に認定された勤怠管理システムの中から、IT導入支援事業者が公式ベンダーであるサービスを紹介します。

ジョブカン勤怠管理は、変形労働・フレックス・裁量労働など多様な勤務形態に対応するクラウド勤怠管理の定番サービスです。PC・スマホ・ICカードなど多彩な打刻方法を提供し、出勤管理・シフト管理・休暇申請・工数管理を必要に応じて組み合わせて利用可能。働き方改革関連法に完全対応し、年次有給休暇5日取得義務化や時間外労働上限規制もクリア。ISO27001認証取得でセキュリティも万全です。

給与奉行クラウドやマネーフォワード クラウド給与とのAPI連携でデータ入力を自動化し、バックオフィス業務を大幅効率化します。初期費用ゼロ、IT導入補助金で最大80％補助を受けられ、コスト面でも導入しやすいのが魅力です。

マネーフォワード クラウド勤怠は、基本勤務制・シフト制・裁量労働制・フレックスタイム制・変形労働制など多様な働き方に対応するクラウド勤怠管理システムです。リアルタイムでの勤怠確認・集計機能により、労働時間の適切な管理と迅速な人員配置変更を実現。残業上限管理や36協定遵守状況管理で労働基準法に完全準拠し、有給休暇の自動付与ルール設定や時間単位取得にも対応します。

最大の特徴は、給与・経費・会計・人事管理・社会保険・年末調整などマネーフォワードクラウドシリーズとのシームレスな連携です。勤怠データから給与計算・会計仕訳を自動生成し、勤怠締めから給与計算まで一気通貫での業務効率化を実現します。人事労務業務全体をワンプラットフォームで統合し、IT導入補助金最大80％でコストを抑えて導入可能です。

freee勤怠管理Plusは、月額300円の従量課金制で中小企業・スタートアップに最適なクラウド勤怠管理システムです。固定時間制・管理監督者・裁量労働制・変形労働時間制・フレックスタイム制など多様な労働時間制度に対応し、36協定や有給義務化を自動チェックする勤怠アラート機能で法令遵守を徹底サポートします。

労基法準拠の残業計算機能を搭載し、freee人事労務・給与計算ソフトとのシームレス連携でデータ入力を自動化。事業規模の変化に応じて柔軟に利用でき、IT導入補助金の通常枠・インボイス枠両方で申請可能です。

楽楽勤怠は、出退勤・休暇・残業をワンクリックで集計し、給与計算用CSVを自動出力するクラウド勤怠管理システムです。月額30,000円（税抜）からの明確な料金体系で、システム利用料・データバックアップ・バージョンアップ・サポート費用がすべて含まれ、長期的な運用コスト予測が容易。テレワークにも対応し、多拠点の勤怠データを一元管理できます。

36協定の時間外労働上限規制や年5日間の年次有給休暇取得管理など働き方改革関連法に完全対応し、未打刻や残業時間超過をリアルタイムで検知するアラート機能で労務リスクを事前回避。運用開始後も専用チームがメール・オンライン会議・電話で手厚くサポートしてくれます。安定性と信頼性を重視する企業に最適な勤怠管理ソリューションです。

勤怠管理システムの導入に補助金・助成金を活用した事例

勤怠管理システムの導入に「IT導入補助金」「働き方改革推進支援助成金」を活用した事例を紹介します。

IT導入補助金の活用事例

青森県の小幡建設工業株式会社はIT導入補助金2020（特別枠A類型）を活用し、就業・勤怠管理ソフトを導入しました。

以前は工事現場勤務者がタイムカード打刻のために本社へ往復しており、移動時間が残業扱いになるなど非効率な状況でした。しかしシステム導入によって現場から直接打刻が可能となり、残業時間が3分の1に削減。有給休暇の取得率も向上しました。

さらにIT活用を契機に就業規則を改定し、1時間単位の有休取得制度も導入。勤怠のデジタル化が働き方改革につながった事例です。

※出典：ITツール活用事例 ｜ IT導入補助金2025（2025年11月5日閲覧）

働き方改革推進支援助成金の活用事例

滋賀労働局による「働き方改革推進支援助成金の解説と導入事例について」では、勤怠管理システム導入によって労働時間の適正管理を実現した事例が紹介されています。

ある企業では、複数拠点・多様なシフト形態により勤怠集計の負担が大きく、ミスも発生していました。そこで働き方改革推進支援助成金を活用して勤怠管理システムを導入し、PCやスマートフォンからの打刻をクラウド上で一元管理。データは自動的に給与計算システムと連動し、手作業の集計が不要になりました。

結果として、労働時間や休暇の把握が正確になり、管理部門の業務負担が大幅に軽減。時間外労働の削減と適正な労務管理が進みました。勤怠システム導入が単なる効率化ではなく、労務リスク対策や働き方改革の実現につながる投資となった事例です。

※出典：滋賀労働局 雇用環境・均等室「働き方改革推進支援助成金の解説と導入事例について」（2025年11月5日閲覧）

勤怠管理システムに使える補助金・助成金に関してよくある質問

最後に、勤怠管理システムの導入に使える補助金についてよくある質問を取り上げます。

IT補助金2025の申請はいつまでですか？

IT導入補助金2025の通常枠は、複数回の公募締切が設定されています。現時点で最終の締切日は 2026年1月7日（金）17:00（第8次締切）です。申請は支援事業者を通じて行う必要があり、採択後に導入・実績報告を経て補助金が交付されます。スケジュール変更もあるため、最新情報は公式サイトで必ず確認しましょう。

IT導入補助金は誰でも受けられますか？

IT導入補助金は、中小企業・小規模事業者が対象です。法人・個人事業主いずれも申請可能ですが、資本金や従業員数など中小企業の定義に該当する必要があります。

また、登録済みの「IT導入支援事業者」と連携して申請することが条件です。補助対象は事前登録されたITツールのみなので、導入予定システムが登録済みか確認しましょう。

勤怠管理システムの比較ならBOXIL

中小企業や小規模事業者は、IT導入補助金や働き方改革推進支援助成金を活用することで勤怠管理システムを低コストで導入できます。補助金の対象となっていれば、申請条件や注意点を確認したうえで、ぜひ活用を検討してください。

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