大企業向け「請求書発行システム」おすすめ6選！選定のポイントと導入のメリット

請求書発行システムを導入しようと思っても、種類がたくさんあってどうやって選べばいいの？と迷いますよね。そんな声にお応えして「SaaS導入推進者が選ぶサイト第1位^※」のBOXILがおすすめ請求書発行システムを厳選。チェックしたいサービスの紹介資料をまとめてダウンロードできます。
⇒【特典比較表つき】請求書発行システムの資料ダウンロードはこちら（無料）

^{※2020年9月実施 株式会社ショッパーズアイ「SaaS比較メディアに関するイメージ調査」より}

大企業が抱える請求書作成の課題

大企業は取引先が多く、それに伴って請求書周りの業務負担が大きくなりがちです。大企業が抱えやすい請求書発行の課題として次のものがあげられます。

• 取引先が多いため請求書発行に時間がかかる
• 発行作業だけでなく入金確認にも労力がかかる
• 法令順守
• テレワークへの対応

取引先が多いため請求書発行に時間がかかる

大企業では、月ごとに数千件、場合によっては数万件の請求書を作成・発行することがあります。請求書を作成・発行するためには人的リソースが必要であり、多くの時間と労力が必要です。複数の部門をまたいで請求情報を統合する際には、データの重複やミスが発生するリスクもあり、それに対応するためのリソースも必要です。

また、請求書発行では「フォーマット」の問題もあります。取引先によっては独自のフォーマットでの作成を求められたり、相手の支払い条件に合わせる必要があったりします。取引先によって対応内容が違えばそれだけミスも発生しやすく、修正作業にも時間がかかるでしょう。

発行作業だけでなく入金確認にも労力がかかる

大企業が抱える課題は請求書の発行だけではありません。膨大な枚数の請求書に対する入金確認にも時間がかかります。毎月すべての入金がスムーズに行われるとは限らず、入金遅延が起これば催促をしなければなりません。

また、請求した金額が実際に振り込まれたときには「消込（けしこみ）」の作業も必要です。スムーズな消込確認ができないことで遅延や未回収を見逃せば、最終的に自社のキャッシュフローに悪影響を与えます。

法令順守

請求書発行には、インボイス制度をはじめ、さまざまな法令への対応が求められます。インボイス制度の導入により、消費税の適正な記載や適格請求書発行事業者登録番号の明記など、請求書発行における要件が強化されました。また、電子帳簿保存法の改正により、電子的に作成された請求書の保存要件も変化しています。

こうした制度変更に迅速に追従するには、常に最新の情報を把握し、社内の業務ルールやシステムをアップデートしていく体制が必要です。

テレワークへの対応

請求書作成業務の多くは、紙ベースや押印を前提としたプロセスで運用されており、テレワークとの相性が悪いのが課題です。

請求書の原本確認や社内決裁に実印が必要な場合、担当者は出社せざるを得ず、業務の生産性が損なわれます。こうした背景から、請求書発行システムの導入やワークフローのオンライン化、電子契約サービスとの連携など、業務そのもののデジタル化が求められるようになっています。

大企業が請求書発行システムを導入するメリット

大企業が請求書発行システムを導入するメリットとして次のものがあげられます。

• 請求書プロセス効率化によって生産性が高まる
• 入金消込の自動化に対応しているサービスもある
• 販売管理システムや会計ソフトと連携できる
• 法令順守の強化
• テレワーク対応の促進

請求書プロセス効率化によって生産性が高まる

請求書発行システムでは、請求書の作成から発行、送付といったプロセスを自動化できます。フォーマットにしたがって必要項目を入力し、ボタンをクリックするだけで簡単に請求書を発行できるシステムも多いです。

また電子発行だけでなく「郵送」にも対応し、郵送にかかる一連の作業をベンダー側が代行してくれるサービスもあります。請求書の発行や送付業務をベンダーに任せることで自社の負担が軽減できるうえ、入力支援機能によって手作業によるミス軽減にもつながるでしょう。

発行した請求書はシステム上で一元管理でき、検索機能によって必要なときにすぐ取り出せます。ワンプラットフォームで請求書作成から管理まで済ませられることは、生産性の飛躍的な向上につながるでしょう。

入金消込の自動化に対応しているサービスもある

請求書発行システムによっては、入金消込の自動化に対応しているものも。たとえば銀行口座やクレジットカードの入金データと連携し、入金消込作業を自動化するといった仕組みです。

入金消込の確認作業は、月間取引数の多い大企業にとっては大きな負担となります。それを自動化することで経理担当の負担は大幅に軽減されるでしょう。また、入金状況をリアルタイムで把握できるため、資金繰りの改善にもつながります。

販売管理システムや会計ソフトと連携できる

請求書発行システムによっては、会計ソフトや販売管理システムといった外部システムと連携できる場合もあります。たとえば、販売管理システムから出力した帳票データをもとに請求書を自動発行できたり、会計ソフトとの連携によって仕訳業務をシームレスにできたりといった使い方が可能です。

外部システムとの連携によって二重入力の手間を省けるため、さらなる業務効率化が期待できます。データは売上分析や顧客管理にも役立てられるでしょう。さらに、システム間の連携が取れていない場合、監査対応が煩雑になるリスクがあるため、システム導入は監査対応にも役立ちます。

法令順守の強化

法令順守の観点でも、請求書発行システムの導入は有効です。インボイス制度や電子帳簿保存法への対応が求められるなかで、請求書発行システムはこれらの要件を自動で満たす設定が施されている場合が多く、社内での運用負担を軽減できます。請求書発行システムは、法改正にも迅速に対応できる柔軟性を備えており、コンプライアンス強化にもつながります。

テレワーク対応の促進

クラウド請求書発行システムであれば、インターネット環境さえあれば場所を選ばず請求書発行業務を進められます。出社を前提とした業務フローを見直す機会になり、テレワークを含めた柔軟な働き方の実現に寄与します。

大企業が請求書発行システムを選定する際のポイント

大企業が請求書発行システムを選定する際は、いくつかのポイントが存在します。代表的なポイントは次のとおりです。

• 必要な機能を把握する
• 既存システムとの連携性を確認する
• 費用対効果を確認する
• 請求書以外の帳票に対応しているか
• 自社のセキュリティ要件を満たすか

必要な機能を把握する

請求書発行システムといっても、その機能は製品によって大きく異なります。請求書の作成や送付といった基本的な業務に加え、電子帳簿保存法やインボイス制度に対応した電子保存機能、入金状況の管理、通知の自動化といった機能が必要かどうかを確認することが重要です。

自社の業務フローに合った機能をもつ請求書発行システムを選定することで、導入後の運用がスムーズになります。

既存システムとの連携性を確認する

多くの大企業ではすでに会計ソフトや販売管理システム、CRMなどを運用しています。そのため、新たに導入する請求書発行システムが既存の業務システムと連携可能かどうかは、選定の大きなポイントです。

スムーズにデータが連携できれば、二重入力の手間が省けるだけでなく、ミスの防止や業務全体の効率化にもつながります。API連携の可否や、実際の連携実績などを事前に確認しておくと安心でしょう。

費用対効果を確認する

請求書発行システムの導入には、初期費用や月額利用料などのコストが発生します。その一方で、業務効率化による人件費の削減や、ミス削減による損失の回避といった効果も期待できます。

そのため、導入前に複数のシステムを比較検討し、自社の規模やニーズに合った費用対効果の高いシステムを選ぶことが重要です。無料トライアル期間があるシステムであれば、実際に使用感を試してから導入を検討できます。

請求書以外の帳票に対応しているか

請求書発行システムのなかには、請求書だけでなく、見積書や納品書、領収書など多様な帳票の作成・発行に対応しているものもあります。自社の業務内容に合わせて、必要な帳票に対応しているシステムを選ぶことで、業務効率をさらに高められます。

自社のセキュリティ要件を満たすか

請求書には顧客情報や金額などの機密情報が含まれるため、セキュリティ対策は重要です。請求書発行システムを選ぶ際には、データの暗号化やアクセス権限の設定など、セキュリティ対策が十分に施されているか確認しましょう。

万が一の事態に備え、データのバックアップ体制が整っていることも確認することも大切です。情報セキュリティに関する国際規格であるISO27001を取得しているシステムであれば、安心して利用できるでしょう。

おすすめ請求書発行システムの比較表

【特典比較表つき】『請求書発行システムの資料16選』 はこちら⇒無料ダウンロード

一覧で料金・機能を比較したい方にはBOXILが作成した比較表がおすすめです。各社サービスを一覧で比較したい方は、下のリンクよりダウンロードしてください。

【特典比較表つき】『請求書発行システムの資料16選』 はこちら⇒無料ダウンロード

^{※ダウンロード可能な資料数は、BOXILでの掲載状況によって増減する場合があります。}

大企業におすすめの請求書発行システム6選

大企業におすすめの請求書発行システムを紹介します。

• 累計導入社数12,000社^※の実績をもつ請求書発行システム
• Webからメール、郵送、FAXまで送信方法の選択肢も多い
• 外部システムとのAPI連携機能も充実している

楽楽明細は、請求書をはじめ納品書、支払明細などの書類をWebで作成し、自動で取引先まで送付できる請求書発行システムです。書類の送付方法はWeb、メール添付、郵送、FAXを選択可能。希望の方法をクリックするだけで請求書が自動発行され、取引先も簡単に受け取れます。

帳票のレイアウトも柔軟に変更可能。書類に反映させる項目や位置などを自由にカスタマイズできるうえ、現在使っているフォーマットもそのまま再現できます。郵送で送付する場合は、チラシやお知らせなど関連書類もまとめて送付可能です。

基幹システムや販売管理システムといった外部システムとの連携機能も充実。APIによってデータベースを連携させることで、請求書発行のステータス確認や帳票データの取り込みなど柔軟な対応が可能です。

※出典：ラクス「楽楽明細 - 電子請求書発行システム | シェアNo.1」（2025年3月25日閲覧）

• 企業のスピーディーな意思決定を支援するサービスが充実
• CSVファイルを取り込むことで簡単に請求書を作成できる
• インボイス制度や電子帳簿保存法にも標準対応している

Bill Oneは、請求書業務を効率化させることで企業のスピーディーな意思決定を支援するサービスです。請求書の受け取りや支払い承認といった「受領」に関する機能がメインですが、2022年より「請求書発行機能」を開始。必要項目を入力したCSVファイルを取り込むことで簡単に請求書を作成できます。

電子発行のみならず郵送も選択可能。郵送業務はベンダー側が代行してくれるため依頼企業の工数はほとんどかかりません。インボイス制度や電子帳簿保存法にもデフォルトで対応。必要項目を入力することで「適格請求書」を発行可能です。また、届いた請求書は電子帳簿保存法の要件を満たしたうえで自動保存されます。作成した請求書や支払済み請求書の検索も簡単です。

• 導入実績は累計10,000社以上^※でサービス継続率も高い
• 取引先がオンライン対応していない場合の郵送代行も可能
• 申請承認や各種ファイルの取り込み、URL共有機能も搭載

バクラク請求書発行は、経費精算や請求書受領、ビジネスカードなどのサービスを提供する「バクラク」シリーズの請求書発行版です。シリーズ累計15,000社以上^※の導入実績があり、高いサービス継続率を誇ります。同サービスでは、請求書をはじめ納品書、見積書といった書類をWeb上で簡単に電子発行が可能。取引先がオンライン請求書に対応していない場合の郵送代行まで行っています。

自社のフォーマットに合わせて、レイアウトも柔軟に設定可能です。ほかにも作成した請求書の申請・承認機能や、PDFやCSVでの取り込み機能、URL共有機能なども利用できます。インボイス制度や電子帳簿保存法にも標準対応しており、法令に準拠した請求書作成や管理が可能です。

※出典：LayerX「クラウド型請求書発行システム【バクラク請求書発行】」（2025年3月25日閲覧）

• 帳票の発行・受領・管理を効率化できる電子帳票プラットフォーム
• Peppol（ペポル）のデータ送受信にも対応している
• 相手が適格請求書発行事業者かどうかの確認もできる

invoiceAgent（インボイスエージェント）は、ウイングアーク１ｓｔが運営する電子帳票プラットフォームです。請求書をはじめとする帳票の発行・受領・管理を効率化できます。請求書発行では自社のフォーマットを反映させたうえで、インボイス制度や電子帳簿保存法に則した対応が可能です。Peppol（電子文書をネットワーク上でやり取りするための国際的な標準規格）のデータ送受信にも対応しています。

発行と受領の両方を同じプラットフォームで管理できるため、請求書業務の大幅な工数削減が可能です。受領では、相手が適格請求書発行事業者かどうかの確認もできます。

• 帳票の配信を自動化・電子化してワンクリックで自動送信できる
• 電子ファイルからFAX、郵送までさまざまな送信形式に対応
• 通信暗号化やウイルスチェック、情報トレーサビリティなどセキュリティも強固

@Tovasは、コクヨ株式会社が提供するクラウド型の電子帳票配信システムです。同システムでは、請求書や納品書、注文書といった帳票の配信を自動化・電子化し、ワンクリックで自動送信できます。Webやメールといった電子ファイルはもちろん、FAX、郵送まで送信形式もさまざまです。帳票の販売会社として100年の歴史をもつコクヨ。@Tovasには、これまでの経験や実績を活かした豊富なノウハウが詰まっています。

専任スタッフによるサポート体制も充実。帳票に関する悩みをヒアリングし、課題に合わせた最適なプランを提案してくれます。セキュリティ体制も強固です。すべてのデータ通信にSSL暗号化とウイルスチェックを実施。情報トレーサビリティ（いつ、だれが、何を、どうしたか、どうなったかを記録する手法）も取り入れているため万全です。

• 請求書業務をワンストップで代行するBtoB決済サービス
• 支払い遅延や未回収が起きた場合でも100%^※の保証が付帯
• 与信の難しい相手でも審査のプロが正確かつスピーディーに判断

Paid（ペイド）は、後払いの未回収リスクをゼロにするBtoB決済サービスです。請求書発行はもちろん与信管理から代金回収、入金確認、催促まで、手間のかかる請求書業務をワンストップで代行。

支払い遅延や未回収が発生した場合でも代金を100%^※保証。未回収リスク防止によって企業は積極的に事業拡大、新規開拓を進められます。与信管理の品質も高く、中小企業や個人事業主といった与信の難しい相手でも、審査のプロが正確かつスピーディーに判断します。

※出典：ラクーンフィナンシャル「BtoB後払い/企業間決済・請求代行『Paid（ペイド）』」（2025年3月25日閲覧）

---

請求書発行システムは比較検討して自社に合ったものを選ぼう

大企業は取引先の数が多いため、それだけ請求書業務の負担も大きくなりやすいです。請求書発行システムでは、請求書の作成や発行のほか、郵送代行や消込自動化など、経理担当の負担軽減・業務効率化につながる多くのサービスを利用できます。サービスを選定する際は、次のポイントを意識して選びましょう。

• 必要な機能を把握する
• 既存システムとの連携性を確認する
• 費用対効果を確認する
• 請求書以外の帳票に対応しているか
• 自社のセキュリティ要件を満たすか

請求書発行システムの選び方はシステム比較については次の記事で詳しく解説しています。