大企業向け勤怠管理システム12選｜シェアランキング1位はマネフォ17.9%

勤怠管理システムを導入しようと思っても、種類がたくさんあってどうやって選べばいいの？と迷いますよね。そんな声にお応えして「SaaS導入推進者が選ぶサイト第1位^※」のBOXILがおすすめ勤怠管理システムを厳選。チェックしたいサービスの紹介資料をまとめてダウンロードできます。
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^{※2020年9月実施 株式会社ショッパーズアイ「SaaS比較メディアに関するイメージ調査」より}

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大企業が抱える勤怠管理の課題

大企業では、従業員数が多いゆえに勤怠管理が複雑でさまざまな課題が発生しやすい環境にあります。従業員規模が大きいだけでなく、業務形態も多様なので、手作業で対処するにもすぐに限界に達してしまいます。

勤怠や休暇を把握しきれずにミスが発生

従業員が数百～数千人規模になると、一人ひとりの出退勤や残業時間を紙ないしExcelで漏れなく管理するのは困難です。特に製造業や小売業のようにシフト勤務の現場スタッフが多数いる場合、打刻漏れや計算ミスが起こりやすくなります。

担当者の負担が大きいので他の業務をこなせない

各部署からタイムカードや勤務表を回収して本社で集計するには、作業があまりに膨大で労務担当者の負担も大きいです。社員数が多いほど月末の確認作業と修正作業に追われ、他の業務に手が回らないでしょう。

コンプライアンス違反で信用を失いかねない

出退勤や休暇管理がままならない状況では、法令遵守も難しく、未払い残業や過度な長時間労働が発生しかねません。法律に違反することがあれば、信用失墜や行政処分につながるリスクもあります。労務担当者としては、これらのリスクは何としても回避せねばなりません。

勤怠管理システムのメリット

勤怠管理システムを導入することで、管理者側と従業員側の双方にメリットがあります。

管理者側は労働基準法をはじめとした法改正に対応しやすかったり、内部統制を強化できたりします。従業員側は打刻漏れを未然に防げるほか、各種ワークフローを簡単に申請できます。コンプライアンスの徹底や就業規則の複雑化によって多岐にわたる要件を満たすには、勤怠管理システムが欠かせません。

勤怠管理システムの基本機能

勤怠管理システムには出退勤だけでなく、休暇管理、残業時間管理、シフト管理など労務の多様な業務をサポートする機能が搭載されています。なお、給与計算ソフトとの連携や、労務管理システムへの刷新によってさらに全体最適を図れる可能性もあるので、念頭に入れておきましょう。
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【大企業】勤怠管理システムのシェア No.1は「マネーフォワード クラウド勤怠」

BOXILのアンケート^※によると、シェアの最も多かった勤怠管理システムは「マネーフォワード クラウド勤怠」で17.9%、次いで「ジョブカン勤怠管理」が17.2%でした。

シェアの高いサービスは、機能やサポートの充実しているケースが多いうえ、今後も継続して利用できる可能性が高いです。決裁者としては導入および運用に失敗しにくい点を評価できるため、稟議を通しやすいでしょう。

※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の396人へ実施。本調査の期間は2025年1月7日〜9日。本アンケート結果は小数点以下任意の桁を四捨五入しており、合計が100%にならない場合がある

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勤怠管理システムの費用相場

BOXILで取得したアンケート^※によると、大企業(1,000名以上)の費用相場^※1は、初期費用が16万円、年額費用が12万円です。

	初期費用	年間費用
費用相場※1	16万円	12万円
主な価格帯※2	2万円〜100万円	3万5,000円〜50万円

※調査概要：インターネット調査にて勤怠管理システムの導入に携わった全国20〜60代の1,000人へ実施。そのうち、不正な値（有料サービスで0または1,000円以下、有料のSaaSで年間費用が0円）を除外し、得られた601件の回答にもとづいてデータを算出した。従業員数ごとの集計は1,000名以上は172件の回答を集計している。回答期間は2025年3月14日〜15日。
※1「費用相場」は対象となる回答の中央値を指す。
※2「主な価格帯」は対象となる回答の四分位範囲を指す。なお、「主な価格帯」の一部は四捨五入をして整形している。

大企業の初期費用は、1,000名以下のときと比較して、企業によってばらつきが生じやすいです。約10万円以下が4割を超えているのに対し、100万円以上の企業も3割超います。初期設定の代行や打刻機器の設置があると初期費用は高くなりやすいので注意しましょう。

大企業の年額費用は、10万円〜20万円が一番のボリュームゾーンです。5万円〜50万円で6割ほどが集中して分布しているので、大半の企業はこのなかに収まると考えられます。

なお、企業の公式サイトに記載されている費用と比べると割安に見えますが、これは関連機能もあわせて導入していたりボリュームディスカウントされたりして、割り引かれていると推測されます。
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勤怠管理システムの選び方

就業規則に沿った設定ができるか

勤怠管理システムを選ぶ場合には、自社の就業規則を設定に反映できるかをまずは確認しましょう。就業規則を反映できることで、初めてシステムを実運用できます。たとえば、下記のような特殊な就業規則があれば、要件に漏れなく書き出して、問い合わせましょう。

• 特殊な労働時間制度（例：勤務間インターバル、年間休日変動型）
• 独自の有給付与ルール（例：入社後6か月未満でも有給付与）
• 複雑な残業・休暇管理ルール（例：時間外労働の自動調整）

勤務間インターバルの管理や更衣時間の管理のようなニッチなカスタマイズが可能な「キンタイミライ」、独自の集計ルールや複雑な計算にもExcelのような操作性で対応できる「チムスピ勤怠」など、大企業向けのサービスはカスタマイズに強い傾向にあります。

一方、次のような比較的多くの企業で導入されている制度は、大企業が検討するシステムではほぼ搭載されています。これらはシステムの比較軸にはなりにくいので、その他の項目でシステムを比較しましょう。

• フレックスタイム制度
• 変形労働時間制
• 時差勤務
• 時短勤務
• 裁量労働制

クラウドとオンプレミスのいずれか - 基本はクラウド

勤怠管理システムの導入形態は、大きく分けてクラウド型（SaaS型）とオンプレミス型の2種類です。それぞれメリットとデメリットがあるものの、現在はクラウド型が主流となりつつあります。

クラウド型はインターネット経由でサービスを利用する形態で、サービス提供会社が運用および保守を担当します。一方、オンプレミス型は自社サーバーにソフトウェアをインストールし、自社でシステムを運用します。

	クラウド型	オンプレミス型
初期費用	0円〜数十万円	数十万円〜数百万円
月額費用	1人あたり数百円	0円（維持費はかかる）
使い方	サービス提供会社のサーバーへアクセス	自社サーバーにインストールしてアクセス

クラウド型はサービス提供会社にメンテナンスしてもらえるため、専任の担当者が不要なほか、法改正やセキュリティ対策に伴うアップデートも定期的に実施してくれます。

反対に、オンプレミス型の勤怠管理システムを使うのは、金融機関をはじめとした特に要件が厳しい企業です。近年はクラウド型もセキュリティ水準が向上しているため、上場企業でもクラウド型を選択するケースは増えています。
＞オンプレミス型の勤怠管理システムはこちらで解説

給与計算ソフトをはじめシステム連携がスムーズか

勤怠管理システムは、給与計算への反映までを見通して選定が必要です。大まかには次の優先順位で、システムを比較するとよいです。

1. 給与計算機能を提供しているシリーズ製品でそろえる
2. API連携できるシステムを選ぶ
3. CSV連携できるシステムを選ぶ

1. 給与計算機能を提供しているシリーズ製品でそろえる

マネーフォワード クラウド給与とマネーフォワード クラウド勤怠、ジョブカン給与計算とジョブカン勤怠管理のように、同じシリーズのシステムでそろえると、スムーズに給与計算へと連携できます。たとえば下記の製品にはシリーズがあります。

• マネーフォワード クラウドのシリーズ
• ジョブカンシリーズ
• ジンジャーのシリーズ
• freeeのシリーズ
• 楽楽シリーズ
• KING OF TIME
• 奉行シリーズ
• リシテア シリーズ
• COMPANYシリーズ

2. API連携できるシステムを選ぶ

シリーズでの連携に次いで、おすすめなのがAPI連携です。初期設定をすれば、CSVを手動でインポートおよびエクスポートせずに済むため、負担が減ります。上記で紹介したシリーズで連携できる製品は、他社の給与計算ソフトともAPI連携できるケースが多いです。

3. CSV連携できるシステムを選ぶ

CSV連携はほとんどのシステムが対応している連携方法です。カスタマイズに強い大企業向けの勤怠管理システムは、自社開発の給与計算ソフトとの連携も見込んでいるので、CSV連携で対応するケースがよく見られます。シリーズでの連携やAPI連携には劣るものの、CSVでも運用は可能です。

多くの立場の方にとって使いやすいか

大企業向けの勤怠管理システムは、多くの従業員が操作します。そのため、各従業員にとって打刻や承認がしやすいかは、無料トライアル時によく確認しておきましょう。年齢や役職、ITリテラシーの異なる人それぞれに試してもらうと導入の失敗リスクを低減できます。

幅広い企業に導入されている勤怠管理システム7選

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マネーフォワード クラウド勤怠は、株式会社マネーフォワードが提供するクラウド型勤怠管理システムです。BOXILが実施したアンケートにおいて、シェアが最も大きいサービスです。

マネーフォワード クラウド勤怠の特徴は、多様な働き方に対応する柔軟な機能と、他のマネーフォワード製品との連携による業務効率化にあります。基本勤務制やシフト制はもちろん、裁量労働制、フレックスタイム制、変形労働制など、さまざまな就業ルールに対応。

法令遵守の面では、残業上限管理機能や36協定の遵守状況管理など、労働基準法に準拠した管理が可能です。有給休暇管理も充実しており、柔軟な自動付与ルール設定や時間単位の休暇取得にも対応しています。リアルタイムでの勤怠確認・集計機能により、労働時間の適切な管理や急な人員配置の変更にも迅速に対応できるのが強みです。

また、既存の給与計算システムや人事データベースとの連携がスムーズに行える点も、システム連携を重視する大企業にとってメリットです。特に、「マネーフォワード クラウド給与」をはじめとするマネーフォワード クラウドの各種サービスとの連携により、他システム以上に労務の業務全体を効率化してくれます。

ジョブカン勤怠管理は、株式会社DONUTSが提供するクラウド型勤怠管理システムです。シリーズ累計の導入実績は25万社以上^※、有料利用ユーザー数は300万人^※を突破しており、多くの企業から支持を得ています。

ジョブカン勤怠管理の特徴は、シンプルな操作性と多様な勤務形態への対応です。出勤管理、シフト管理、休暇・申請管理、工数管理といった機能を必要に応じて組み合わせて利用できる柔軟性も魅力です。

法令遵守の面では、社会保険労務士が監修した機能を多数搭載。たとえば、年次有給休暇の5日取得義務化や時間外労働の上限規制にも適切に対応できます。

また、給与奉行クラウドやマネーフォワード クラウド給与などの、主要な給与計算ソフトとのAPI連携も可能で、シームレスなデータ連携を実現できます。

サポート面では、電話、メール、チャットによる無料サポートに加え、初期設定代行サービス（有料）も用意されています。さらに、社労士・税理士等の士業の事務所3,500以上が認定アドバイザーとして登録されており、法的な観点からのアドバイスも受けられます。

※出典：DONUTS「ジョブカン勤怠管理 公式サイト」2025年4月18日閲覧

ジンジャー勤怠は、jinjer株式会社が提供するクラウド型人事労務システムの一部として機能する勤怠管理システムです。人事労務や給与計算を含めて、複数の業務を一つのデータベースで一元管理する、ジンジャーのシリーズ連携が便利です。同一シリーズ内の情報連携がスムーズで、転記や入力の手間を削減してくれます。

ジンジャー勤怠の特徴は、多様な打刻方法と柔軟な申請・承認フローにあります。PC、スマホ、タブレット、ICカード、さらにはチャットアプリまで、さまざまな方法での打刻に対応しており、最大10段階までの承認フロー設定が可能です。

使いやすさにも配慮がなされており、2ステップでの打刻、3ステップでの申請完了を実現するシンプルな設計を採用しています。また、従業員トップ画面では、打刻、スケジュール、実績、各種申請状況、お知らせ、有休残日数などを一目で把握できるようになっています。

法令遵守面では、時間外労働や年次有給休暇など、勤怠管理に関わる法改正に対応した運用が可能です。特に、2024年問題や医師の働き方改革など、建設業界や医療業界特有の法対応にも対応しています。

freee勤怠管理Plusは、フリー株式会社が提供するクラウド型の勤怠管理システムです。freeeのシリーズには会計ソフトをはじめとしたバックオフィスの製品が揃っており、あわせて利用することで業務を大きく効率化できます。

勤怠管理の効率化という観点では、LINEやLINE WORKS、Slackなどのチャットツールから打刻が可能。従業員に浸透しやすいシステムを展開しています。また、勤怠不備に対する自動連絡機能により、従業員とのコミュニケーションが円滑化されます。

freee勤怠管理Plusの強みは、freee人事労務との連携にもあります。勤怠データを人事労務や給与計算の機能と連携することで、業務を大きく効率化できます。勤怠表からの転記作業が不要になり、人事労務の生産性向上に寄与します。

楽楽勤怠は、株式会社ラクスが提供するクラウド型勤怠管理システムです。企業向けクラウドサービスを多数展開しており、安定性と信頼性を備えたソリューションとして注目を集めています。

月額費用にシステム利用料、データバックアップ、バージョンアップ費用、サポートの利用料が含まれているので、長期的な運用コストの予測が立てやすいのが特徴です。

楽楽勤怠の強みは、専任サポート体制にもあります。導入時には専任の導入コンサルタントがサポートを行い、運用開始後も専用チームがメールで対応します。さらに、オンライン会議ツールや電話でのサポートも提供しており、手厚いサポート体制を整えています。

法令遵守面では、36協定の時間外労働上限規制や、年5日間の年次有給休暇取得管理など、働き方改革関連法に対応した管理機能を備えています。また、アラート機能により、未打刻や残業時間超過などをリアルタイムで検知し、労務リスクの事前回避をサポートします。

KING OF TIMEは、株式会社ヒューマンテクノロジーズが提供するクラウド型勤怠管理システムです。多様な打刻方法と豊富な機能を備え、あらゆる規模の企業や業種に対応できる柔軟性を持つことから、勤怠管理システム市場で大きな導入実績を誇っています。

KING OF TIMEの特徴は、業界最多級の打刻方法を提供していることです。PCパスワード認証、ICカード、生体認証（指紋、指静脈、顔認証など）、スマートフォンアプリ、カメレオンコード、クラウドタイムレコーダーなど、さまざまな打刻方法に対応しています。これにより、オフィスワークからテレワーク、店舗勤務まであらゆる勤務形態に対応できます。

料金面では、初期費用0円、月額1人あたり300円（税抜）というシンプルでわかりやすい料金体系を採用。さらに、すべてのシリーズ製品が追加料金なしで利用できるワンプライス制を導入しており、コストパフォーマンスの高さも主な特徴です。

外部連携の面でも強く、人事労務・給与計算システム、健康管理、タレントマネジメント、入退室管理、決済端末、給与前払い、アルコール検知、ビジネスチャット、PCログ、シフト管理など、さまざまなサービスとの連携が可能です。これにより、勤怠管理を中心としたトータルな業務効率化を実現できます。

奉行Edge 勤怠管理クラウドは、株式会社オービックビジネスコンサルタントが提供するクラウド型勤怠管理サービスです。従業員の打刻、申請から勤怠集計まで一連の勤怠管理業務をクラウド上で完結できます。

業種や業態ごとの特殊な勤務体系やテレワーク、時差出勤など多様な働き方に柔軟に対応できるうえ、シフト管理や勤怠情報に基づく離職リスクの自動予測機能もあります。

給与奉行クラウドをはじめとした他の奉行シリーズ製品と連携すれば、データベースを統合可能。給与明細電子化、請求書発行、受領書管理、年末調整、マイナンバー管理など労務の業務を網羅的に効率化できます。

グループ企業や上場企業に適した「奉行V ERP クラウド」や、インストールする形式の「奉行V ERP Smart」など関連製品もあるので、自社に適したシリーズ製品を探すとよいでしょう。

カスタマイズに強い大企業向けの勤怠管理システム5選

キンタイミライは、株式会社ネオレックスが提供するクラウド型勤怠管理システムです。10年連続で3,000人以上の大企業に最も多く選ばれており^※、特に従業員規模の大きい企業におすすめのサービスです。ホテルや物流、小売、飲食といった業種を中心に導入されています。

キンタイミライの特徴は、豊富な打刻方式と高度なカスタマイズ性です。11種類の打刻方式と9種類の追加可能機能を組み合わせられます。たとえば、勤務間インターバルの管理、残業の予測値計算、更衣時間の管理のようなニッチな機能もカスタマイズできます。

機能面では、打刻時のアラート機能、通信障害対策、多様な管理・分析機能など、現場の悩みを解決する機能が充実しています。特筆すべきは、リアルタイム人件費管理や予実対比機能など、経営管理にも役立つ分析ツールが搭載されている点です。

SAPやOracle E-Business Suite、給与奉行、COMPANY、弥生給与、OBIC7、POSITIVE、SuperStream、Hi-PerBT 人事給与といった大企業によく導入されている給与計算システムとの連携実績があります。また、人事給与システムからマスタデータを取り込んだり、日払いシステムへデータを連携させたりできます。

※出典：ネオレックス「キンタイミライ 公式サイト」2025年4月18日閲覧

TimePro-VGは、アマノ株式会社が提供する勤怠管理システムで、クラウド型およびオンプレミス型の両方に対応しています。中堅から大手の企業を想定して開発した多彩な機能が特徴です。

休暇管理、時間外上限の規制、有給休暇の取得義務、時間単位の休暇取得、介護看護休暇の時間数取得、勤務間インターバル、フレックスタイム制度、時差勤務、在宅勤務、変形労働時間制など、充実した機能を標準で搭載。

システムのTOP画面では、打刻忘れや未承認データ、過重労働者チェックなど、「やるべきこと」を随時通知します。システムに慣れていない方でも簡単に操作を進められます。

ソフトウェアやハードウェアの保守、保守用の専用サイトなどサポートに手厚いのがポイント。北海道から沖縄まで全国に拠点があり、直接サポートを提供できる環境にあります。従業員数が多く問題の発生しやすい大企業にとって大きな利点です。

導入事例には1,000名以上の行政機関、医療・介護、調剤薬局、建設業などがあり、幅広い業種の企業で活用されています。たとえば、既存インフラを活用したシステム導入で教職員の負担を軽減したり、制度の異なる複数会社の勤務体制に柔軟に対応したりすることで、業務効率化と正確な勤怠管理を実現しています。

チムスピ勤怠は、株式会社チームスピリットが提供するクラウド型勤怠管理システムです。大手企業を中心に2,000社以上の導入実績と55万以上^※の契約ライセンス数を誇り、特に1,000名以上の大規模企業での採用が多いのが特徴です。

チムスピ勤怠の強みは、クラウドサービスでありながら高度なカスタマイズ性を備えている点です。Excelのような計算式を自由に設定できるため、独自の集計ルールや複雑な計算もシステム内で完結できます。これにより、月次の勤怠集計作業を大幅に削減し、労務担当者の業務効率を飛躍的に向上させられます。

シフト管理機能も充実しており、Excelで運用中のシフト管理表をそのまま取り込めます。また、日ごとのリソース過不足集計や、繁忙期の他店舗支援など、状況に応じたリソースの再編成が可能です。

チムスピ勤怠の特筆すべき点として、Salesforce Platformを採用していることが挙げられ、これにより世界水準のセキュリティ環境でデータを保護しつつ、他のSalesforce製品との親和性も高くなっています。

※チムスピ勤怠「チムスピ勤怠 公式サイト」（2025年4月18日閲覧）

リシテア/就業管理クラウドサービスは、リシテア シリーズの1つで勤怠管理や休暇管理、残業管理にフォーカスを当てた製品です。株式会社日立ソリューションズがサービスを提供しています。

リシテア シリーズは、就業管理クラウドサービスの他に、工数管理、人財戦略、人事・給与管理、汎用ワークフロー、Web明細、従業員エンゲージメントなどを提供しています。合計10以上の機能により、企業はニーズに合わせて必要なサービスを選択し、導入できます。

サポートも充実しており、企業の就業規則をヒアリングしながら設計および設定を進めてくれます。業務に精通したSEと連携しながら、各社が求める要件に合わせてカスタマイズしてくれます。

リシテア/就業管理クラウドサービスは、人事労務に必要な機能を選択して導入したい、大企業におすすめの勤怠管理システムです。

COMPANY 勤怠管理は、大手法人で必要とされる多種多様な勤務形態に柔軟に対応するために開発された、統合人事システム「COMPANYシリーズ」勤怠管理です。日本の大手約1,200法人グループ^※に導入されていて、グループ企業に特におすすめのサービスといえます。

COMPANY 勤怠管理は、フレックスタイム制、裁量労働制、変形労働時間制、在宅勤務など、エクセルで別管理になりがちな勤務形態を一つのシステムで管理できます。たとえば、店舗のシフト作成や工場の交代勤務といった特殊な就業管理にも標準対応しています。

COMPANYの強みは、柔軟性とコスト効率にあります。パラメータ設定のみでスピーディーに変化に対応できるため、社内の制度変更や運用変更にもノーコードで対応可能です。これにより、人事部門が直接設定変更を行え、変化に柔軟かつ素早く対応できます。

COMPANYシリーズは、利用範囲を拡張しても、運用費用が定額なのが特徴です。他にシステムを導入しなくても十分に運用できる拡張性があり、コストを抑えやすいです。

※出典：Works Human Intelligence「導入事例｜大手法人向け人事システム『COMPANY』」2025年4月18日閲覧

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大企業では打刻・シフト管理や残業集計が煩雑化し、手作業のミスとコスト増加が常態化します。勤怠管理システムを導入すれば、多拠点・多様な勤務形態を一元管理可能です。リアルタイムの自動集計やアラート通知を活用することで、業務負荷を劇的に軽減できます。

システム選定では、就業規則に対応できるか、クラウドとオンプレミスのいずれに対応しているかなどを確認しましょう。マネーフォワード クラウド勤怠やジョブカン勤怠管理といったシェアの大きなサービスや、キンタイミライやTimePro-VGなどの大企業に特化したシステムがおすすめです。

BOXILでは、勤怠管理システムのサービス資料をマイページで閲覧やダウンロードができます。請求した資料を使って、チームメンバーや上長へ共有するのもおすすめです。また、マイページでカスタマイズできる比較表を使えば、料金や機能を軸にサービスを見比べられて、稟議の準備に役立つでしょう。